真正細菌SRP RNAの多機能性とドメイン構造

真细菌SRP RNA的多功能性和结构域结构

• 批准号: 10174205
• 负责人: 中村 幸治
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: University of Tsukuba
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1998 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-10174205/
• 关键词: 蛋白質合成; 伸長因子EF-G; シグナル認識粒子RNA; 大腸菌; 枯草菌; RNA結合蛋白質; RNA高次機能; 真正細菌

多機能性を持つ真正細菌SRP RNAの構造について変異株を用いた解析を行い、機能発現に必須なドメインを検索した。【1】 大腸菌におけるSRP RNA(4.5S RNA)の活性発現には、高度に保存された22残基の配列を含む47残基あれば十分であり、これまで明らかにされたSRPRNA中でもっとも小型の機能単位であった。【2】 2種類の結合蛋白質(EF-G及び、Ffh)はいずれもこの最小単位のRNAと効率よく結合することがゲルシフト解析からわかったが、それぞれの蛋白質のRNA上の結合部位は異なった。【3】 新たに、乳酸菌、ブドウ状球菌、放線菌から、SRP RNA遺伝子を単離し、構造解析を行ったところ、乳酸菌ではこれまでに構造が明らかにされているグラム陽性細菌のSRP RNAとは構造が異なり、大腸菌型であった。【4】 NMRを用いて、最小ドメインの構造解析を行った。また、結合能を有するEF-G,及び、Ffh蛋白質を添加した時の各残基のケミカルシフトを解析し、結合に関与している残基を明らかにしたところ、変異体を用いた試験管内でのゲルシフト法を用いた結果とほぼ一致する結果を得た。NMRによる詳細な解析が進行中である。

Multi-functional SRP RNA system can be used to analyze the real bacteria, such as the real bacteria, the real bacteria, the real bacteria, [1] the bioactivity of SRPRNA (4.5s RNA) was detected and highly conserved. The 22 residues were highly conserved. The residues containing 47 residues were not detected. The SRPRNA was used to detect the activity of the small machine. [2] two kinds of conjugated proteins (EF-G and Ffh) were used to detect the lowest position of RNA in combination with the analysis of the binding site on the RNA. [3] Lactobacillus, Lactobacillus, Lactococcus spp., Actinomyces spp., SRP RNA spores, Lactobacillus, Lacto [4] the NMR uses the minimum number of data to create an analytical line. The EF-G and binding energy were confirmed by PCR, and the results were consistent with those obtained by the addition of Ffh protein by the analysis of each residue, the combination of DNA and DNA residues, the identification of DNA fragments, and the results of in-tube assay. NMR is currently in the process of parsing.

项目成果

Oguro, A.: "Bacillus subtilis RNaseIII cleaves both 5'- and 3'-sites of the small cytoplasmic RNA precursor" The Journal of Biological Chemistry. 273. 19542-19547 (1998)

Oguro, A.：“枯草芽孢杆菌 RNaseIII 裂解小细胞质 RNA 前体的 5-和 3-位点”《生物化学杂志》。

Bunai, K.: "Enhancing effect of Bacillus subtilis Ffh, a homologue of teh SRP54 subunit of the mammalian signal recognition particle, on the binding of SecA to precursors of secretory proteins in vitro" Journal of Biochemistry(Tokyo). 125. 151-159 (1999)

Bunai, K.：“枯草芽孢杆菌 Ffh（哺乳动物信号识别颗粒 SRP54 亚基的同源物）对 SecA 与分泌蛋白前体的体外结合的增强作用”《生物化学杂志》（东京）。

Nakamura, K.: "Depletion of Escherichia coli 4.5S RNA leads to an increase in the amount of protein elongation factor EF-G associated with ribosomes" European Journal of Biochemistry. 259. 543-550 (1999)

Nakamura, K.：“大肠杆菌 4.5S RNA 的消耗导致与核糖体相关的蛋白质延伸因子 EF-G 数量的增加”《欧洲生物化学杂志》。

Nakamura, K.: "Bacillus subtilis histone-like protein, HBsu, is an integral component of an SRP-like particle that can bind the Alu-domain of small cytoplasmic RNA" The Journal of Biological Chemistry. (印刷中). (1999)

Nakamura, K.：“枯草芽孢杆菌组蛋白样蛋白，HBsu，是 SRP 样颗粒的一个组成部分，可以结合小细胞质 RNA 的 Alu 结构域”《生物化学杂志》（1999 年出版）。 ）