仮想ヒトゲノム2次元電気泳動法による疾患関連遺伝子の解明

利用虚拟人类基因组二维电泳阐明疾病相关基因

• 批准号: 13204079
• 负责人: 上田 政和
• 金额: $ 3.52万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13204079/
• 关键词: RLGS; ヒトゲノム; 肝細胞癌; 大腸癌; 大腸菌; human tandem repeat; centromeric Not1 cluster

成果の内容:肝細胞癌症例ではヒトゲノム2次元電気泳動法(RLGS)で検出されるDNA変化数と再発とに密接な関連があり,変化数が多くなるほど早期に再発を来していた.さらに,肝細胞癌に特異的なDNA変化をRLGS法により2個同定し,クローニングしその塩基配列を決定しホモロジー検索を行ったところ,human tandem repeatとcentromeric Not1 clusterに一致していた.ところで,human tandem repeatとcentromeric Not1 clusterの変化は脱メチル化によるもので脱メチル化の程度が高度であるほど早期再発を来していた.既に全塩基配列が決定されている大腸菌株E.ColiK12W3110株よりDNAを抽出し,RLGS法を施行しRLGSプロフィールを得た.また,既に解析された全塩基配列をコンピューターにより,制限酵素により切断されるDNA断片長から2次元電気泳動法における移動度を計算し大腸菌仮想ゲノムRLGSプロフィールを作成し,両者の方法で得られたプロフィールを比較しそれぞれに対応するスポットを同定した.その結果は大腸菌ゲノム上の特定のスポット3個をクローニングしその塩基配列を決定して,この3個と対応する大腸菌仮想ゲノムRLGSプロフィール上の3点の塩基配列を比較検討したところ塩基配列は100%一致した.

Results の content: the liver cell cancer cases で は ヒ ト ゲ ノ ム 2 dimensional 気 swimming method (RLGS) で 検 out さ れ る DNA - the count と 発 と に contact な masato even が あ り, - the number more than が く な る ほ ど again early に 発 を to し て い た. さ ら に, hepatocellular carcinoma に な DNA variations of specific を RLGS method に よ り two し, ク ロ ー ニ ン グ し そ の salt base with column を decided し ホ モ ロ ジ ー 検 cable line を っ た と こ ろ, human tandem repeat と centromeric Not1 cluster に consistent し て い た. と こ ろ で, human tandem repeat と centromeric Not1 Cluster の variations change は メ off チ ル change に よ る も の で メ off チ ル change の degree が highly で あ る ほ ど again early 発 を to し て い た. Both に salt base full column が decided さ れ て い る coliform strains oliK12W3110 strains of e.c. with our fabrication: よ り to extract DNA を し, execute し RLGS method を RLGS プ ロ フ ィ ー ル を た. ま た, both に parsing さ れ た salt base full column を コ ン ピ ュ ー タ ー に よ り, system of limited enzyme に よ り cut さ れ る DNA break long か ら 2 yuan electric 気 swimming Dynamic method に お け る mobile degrees を computing し coliform 仮 think ゲ ノ ム RLGS プ ロ フ ィ ー ル を し consummate, who struck で の method ら れ た プ ロ フ ィ ー ル を compare し そ れ ぞ れ に 応 seaborne す る ス ポ ッ ト を with fixed し た. そ の results は coliform ゲ ノ ム の on specific の ス ポ ッ ト three を ク ロ ー ニ ン グ し そ の salt base with column を decided し て, こ の. 3 A と 応 seaborne す る coliform 仮 think ゲ ノ ム RLGS プ ロ フ ィ ー ル の の 3 points on the salt base with column を compare beg し 検 た と こ ろ salt base consistent with 100% は し た.

项目成果

Takeuchi H., et al: "Further evidence that altered p16/CDKN2 gene expression is associated with lymph node metastasis in squamous cell carcinoma of the esophagus"Oncology Reports. 8. 627-632 (2001)

Takeuchi H. 等人：“进一步的证据表明 p16/CDKN2 基因表达的改变与食管鳞状细胞癌的淋巴结转移有关”《肿瘤学报告》。

Itano O., et al: "Correlation of postoperative recurrence in hepatocellular carcinoma with demethylation of repetitive sequences"Oncogene. (in press).

Itano O.等人：“肝细胞癌术后复发与重复序列去甲基化的相关性”Oncogene。