ヒトゲノム2次元電気泳動法による疾患関連遺伝子の解明と仮想解析法への展開

利用人类基因组二维电泳阐明疾病相关基因并开发虚拟分析方法

• 批准号: 15012245
• 负责人: 上田 政和
• 金额: $ 3.84万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15012245/
• 关键词: 遺伝子; 癌; ゲノム; 情報工学; RLGS法

乳癌患者から手術時に得られた乳癌組織と正常乳腺組織よりDNAを抽出して、ゲノムを2次元に展開して分析する方法であるRestriction landmark genomic scanning (RLGS)法により得られた両者のプロフィールを比較検討すると複数の症例で共通して変化が認められる4つのスポットが同定された。これらの変化は同様の方法で癌部と非癌部を検討したヒト肝細胞癌やヒト食道癌では認められなかった。2つは癌部のプロフィールで輝度が増強し、2つは癌部で輝度が減少した。ヒト乳癌組織で変化が認められた4つのスポットについて、Not1トラッパーで抽出したDNAを精製した検体でRLGS法を行い、RLGSプロフィールからDNAを切り取り、大腸菌でDNAを増幅したのち塩基配列を決定して解析をした。スポットのうち一つ(A)はヒト1番染色体短腕に存在しているセロトニン受容体6の遺伝子の一部に一致した。もう一つ(B)はヒト4番染色体短腕に存在している塩基配列であったが一致する遺伝子はなく、周辺にも乳癌に関与する可能性のある遺伝子はなかった。また、他のスポット(C)についても直接一致する遺伝子はないがヒト17番染色体長腕に存在し周囲にはGrn7があった。最後のスポット(D)はヒト16番染色体短腕に存在するvoltage-dependent calcium channel α 1H subunit遺伝子の一部に一致した。スポットAとスポットBについてはその発現を、スポットCについてはGrb7遺伝子の発現をRT-PCR法で検討した。Grb7遺伝子は非癌部では全例で発現しなかったが癌部や乳癌細胞株では半数以上で発現が認められた。voltage-dependent calcium channel α 1H subunit遺伝子は非癌部では全例で発現したが癌部では半数の症例のみで発現を認めた。RLGS法により新しい乳癌関連遺伝子の発見が可能となった。今後、さらに臨床特性との関連や生物学的意義を明らかにしたいと考えている。

Breast cancer patients were treated with Restriction landmark genomic scanning (RLGS) to compare and analyze DNA extracted from breast cancer tissues and normal breast tissues. The cancer and non-cancer parts of the liver and esophagus were identified by the same method. 2. The brightness of the cancer part increases, and 2. The brightness of the cancer part decreases. Breast cancer tissue is identified by RLGS, DNA is extracted by RLGS, DNA is extracted by E. coli, DNA is amplified by DNA sequencing, and DNA is analyzed. A) A part of chromosome 6 is identical to chromosome 1. The presence of a short arm of chromosome 4 in the genome is consistent with the occurrence of breast cancer and the possibility of breast cancer. The chromosome length of chromosome 17 is present in the chromosome 7. Finally, a part of the voltage-dependent calcium channel α 1H subunit gene is present in the short arm of chromosome 16. The detection of Grb7 gene by RT-PCR was studied. Grb7 gene was found in all non-cancerous breast cancer cell lines and more than half of the cancerous breast cancer cell lines were found in all non-cancerous breast cancer cells. Voltage-dependent calcium channel α 1H subunit gene is found in all non-cancerous cases and in half cancerous cases. The RLGS method is a new method for detecting breast cancer related genes. In the future, the clinical characteristics and biological significance of the relationship will be clarified.

项目成果

Kitagou M: "Comparison of K-ras point mutation distributions in intraductal papillary-mucinous tumors and ductal adenocarcinoma of the pancreas."Int.J.Cancer. (In press).

Kitagou M：“导管内乳头状粘液性肿瘤和胰腺导管腺癌中 K-ras 点突变分布的比较。”Int.J.Cancer。

Takeuchi H: "Loss of p16 expression is associated with vascular endothelial growth factor expression in squamous cell carcinoma of the esophagus."Int.J.Cancer. (In press).

Takeuchi H：“食管鳞状细胞癌中 p16 表达的缺失与血管内皮生长因子的表达相关。”Int.J.Cancer。

Janssen J.: "MYEOV, a gene at 11q13, is coamplified with CCND1, but epigenetically inactivated in a subset of esophageal squamous cell carcinoma."J.Hum.Genet. 47. 460-464 (2003)

Janssen J.：“MYEOV，11q13 的一个基因，与 CCND1 共扩增，但在食管鳞状细胞癌的一个子集中表观遗传失活。”J.Hum.Genet。