Biobjeによる遺伝子発現制御機構のシミュレーション

使用Biobje模拟基因表达控制机制

• 批准号: 13208005
• 负责人: 萩原 正敏
• 金额: $ 4.16万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13208005/
• 关键词: シミュレーション工学; 生体生命情報学; バーチャルリアリティ; 発現制御

本年度はBiobjeシミュレ-タ-をDrosophilaの概日周期の系に適応し、光に対しての感受性についての〓な研究を行い、シミュレーターの応用へのめどをつけるべく研究を計画した。具体的には、1)理論上、またグラム上の問題がないか、様々な条件の元で検証を行う;2)Drosophilaの概日周期の系に関しての遺伝子の理論実験を行う;3)光による周期のシフトのメカニズムを理論的に探る、などの研究を遂行した。その〓Biobjeシミュレーションにおいての、その方法、アルゴリズムの開発、検証については、完了した。そして、〓用を容易にする為の、条件ファイルの設置、結果ファイルのCSV化(Microsoft Ex. cel対応)も行った。当〓「光による周期のシフトのメカニズム」に注目した「理論実験」を、Biobjeシミュレーターを用いて行う予定で〓が、その前段階として試験的に行った、「機能分子の特性が周期に及ぼす影響」を見る理論実験の結果〓常に興味深く、また、その後行う予定であった「光による周期のシフトのメカニズム」に関わる理論実験に必要〓くの情報が得られる為、こちらを優先して先に行った。そして、その結果をまとめ、複数の学界にて発表した〓究のシミュレーターは、既存の細胞レベルでのシミュレーターとは大きく違った、理論のもとで作成された為、より生物学者にとって理解し易いタイプのシミュレーターとなっている。国内、国外においても、様々な〓の細胞レベルでのシミュレーターが開発されているが、その点において、本研究は注目されており、国内及〓外で特許の対象としての高い評価を得ている。

This year, the Biobje-based Drosophila study was conducted on the basis of the study of the sensitivity of light and light to the study of the use of light. Specifically, 1) theoretically, the problems in the framework are solved, and the elements of sample conditions are verified;2) the theoretical implementation of the inheritance of Drosophila's daily cycle system is carried out;3) the theoretical exploration and research of the light cycle theory are carried out. Biobje Biobje Easy to use, easy to configure, easy to configure, easy to configure (Microsoft Ex. cell phone. When the "light cycle" is noted, the "theoretical implementation" is noted, and the "Biobje" is used in the "predetermined implementation", the "pre-order" and the "trial implementation" are noted, and the theoretical implementation results are often interesting. The first step is to set the time limit for the first step. The results of this study are as follows: 1. A number of academic circles have developed research methods, existing cellular systems have developed theories, and biologists have developed theories to understand them. In this study, we focused on the development of cell culture in China and abroad, and obtained the high evaluation results of cell culture in China and abroad.

项目成果

Osada, M., Inaba, R., Shinohara, H., Hagiwara, M., Nakamura, M., Ikawa, Y: "Regulatory Domain of Protein Stability of Human P51/TAP63, a P53 Homologue"Biochem. & Biophys.Res.Comm.. 283. 1135-1141 (2001)

Osada, M.、Inaba, R.、Shinohara, H.、Hagiwara, M.、Nakamura, M.、Ikawa, Y：“人 P51/TAP63（P53 同源物）蛋白质稳定性的调节域”Biochem。

Ueda, H.R., Hagiwara, M., Kitano, H.: "Robust oscillations within the interlocked feedback model of Drosophila circadian rhythm"J.Theoret.Biol.. 210. 401-406 (2001)

Ueda, H.R.、Hagiwara, M.、Kitano, H.：“果蝇昼夜节律连锁反馈模型中的稳健振荡”J.Theoret.Biol.. 210. 401-406 (2001)

Kamimoto, T., Zama, T., Aoki, R., M11.研究発表(発表予定を含む。但し、投稿中、投稿準備中を除く。)uro, Y., Hagiwara, M.: "Identification of a novel kinesin-related protein, KRMP1, as a target for mitotic peptidyl-prolyl isomerase Pin1"J.Biol.Chem.. 276. 37520-37528 (2001)

Kamimoto，T.，Zama，T.，Aoki，R.，M11。研究演示（包括演示时间表，但不包括提交和提交准备）uro，Y.，Hagiwara，M.：“一种新型驱动蛋白相关的鉴定蛋白质，KRMP1，作为有丝分裂肽基-脯氨酰异构酶 Pin1 的靶标”J.Biol.Chem.. 276. 37520-37528 (2001)

Kojima, T., Zama, T., Wada, K., Onogi, H., Hagiwara, M.: "Cloning of Human PRP4 Reveals Interaction with Clk1"J.Biol.Chem.. 276. 32247-32256 (2001)

Kojima, T.、Zama, T.、Wada, K.、Onogi, H.、Hagiwara, M.：“克隆人 PRP4 揭示与 Clk1 的相互作用”J.Biol.Chem.. 276. 32247-32256 (2001)

Aratani, S., Fujii, R., Oishi, T., Fujita, H., Amano, T., Ohshima, T., Hagiwara, M., Fukamizu, A., Nakajima, T.: "1. Dual roles of RNA helicase A on CREB-dependent transcription"Mol.Cell.Biol.. 21. 4460-4469 (2001)

Aratani, S.、Fujii, R.、Oishi, T.、Fujita, H.、Amano, T.、Ohshima, T.、Hagiwara, M.、Fukamizu, A.、Nakajima, T.：“1. 双重角色