Biobjeによる遺伝子発現制御機構のシミュレーション

使用Biobje模拟基因表达控制机制

基本信息

批准号：
13208005
负责人：
萩原正敏
金额：
$ 4.16万
依托单位：
Tokyo Medical and Dental University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本年度はBiobjeシミュレ-タ-をDrosophilaの概日周期の系に適応し、光に対しての感受性についての〓な研究を行い、シミュレーターの応用へのめどをつけるべく研究を計画した。具体的には、1)理論上、またグラム上の問題がないか、様々な条件の元で検証を行う;2)Drosophilaの概日周期の系に関しての遺伝子の理論実験を行う;3)光による周期のシフトのメカニズムを理論的に探る、などの研究を遂行した。その〓Biobjeシミュレーションにおいての、その方法、アルゴリズムの開発、検証については、完了した。そして、〓用を容易にする為の、条件ファイルの設置、結果ファイルのCSV化(Microsoft Ex. cel対応)も行った。当〓「光による周期のシフトのメカニズム」に注目した「理論実験」を、Biobjeシミュレーターを用いて行う予定で〓が、その前段階として試験的に行った、「機能分子の特性が周期に及ぼす影響」を見る理論実験の結果〓常に興味深く、また、その後行う予定であった「光による周期のシフトのメカニズム」に関わる理論実験に必要〓くの情報が得られる為、こちらを優先して先に行った。そして、その結果をまとめ、複数の学界にて発表した〓究のシミュレーターは、既存の細胞レベルでのシミュレーターとは大きく違った、理論のもとで作成された為、より生物学者にとって理解し易いタイプのシミュレーターとなっている。国内、国外においても、様々な〓の細胞レベルでのシミュレーターが開発されているが、その点において、本研究は注目されており、国内及〓外で特許の対象としての高い評価を得ている。

今年，我们已经对BioBje模拟器对果蝇圆形周期系统的敏感性进行了研究，该研究进行了一项研究以确定模拟器的应用。具体而言，我们进行了研究，例如1）在理论上验证在各种条件下的任何问题； 2）对果蝇昼夜节律系统中基因进行理论实验； 3）关于光线转移机理的理论研究。该方法的开发和验证，BioBJE模拟中的算法已经完成。为了使其更易于使用，我们还安装了条件文件并将结果文件转换为CSV（与MicrosoftEx。Ex。CEL兼容）。计划进行“理论实验”，该实验的重点是使用BioBje模拟器“因光转移的机理”。 BiOBJE模拟器的“功能分子特性对周期的功能对周期的效果”进行的理论实验的结果，并为了获得与“通过光的周期转移机制”相关的理论实验所需的信息，此后，该机制是在此之后携带的，我们对此进行了第一个优先级。结果是在多个学术界编译和发布的，模拟器的模拟器是在理论下创建的，这些模拟器与现有的蜂窝模拟器有很大不同，使它们成为一种更容易让生物学家理解的模拟器。在国内和国际上已经开发了各种蜂窝模拟器，在这方面，这项研究引起了人们的关注，并因国内外的专利而受到高度赞扬。

项目成果

期刊论文数量（5）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Ueda, H.R., Hagiwara, M., Kitano, H.: "Robust oscillations within the interlocked feedback model of Drosophila circadian rhythm"J.Theoret.Biol.. 210. 401-406 (2001)

Ueda, H.R.、Hagiwara, M.、Kitano, H.：“果蝇昼夜节律连锁反馈模型中的稳健振荡”J.Theoret.Biol.. 210. 401-406 (2001)

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

Kamimoto, T., Zama, T., Aoki, R., M11.研究発表(発表予定を含む。但し、投稿中、投稿準備中を除く。)uro, Y., Hagiwara, M.: "Identification of a novel kinesin-related protein, KRMP1, as a target for mitotic peptidyl-prolyl isomerase Pin1"J.Biol.Chem.. 276. 37520-37528 (2001)

Kamimoto，T.，Zama，T.，Aoki，R.，M11。研究演示（包括演示时间表，但不包括提交和提交准备）uro，Y.，Hagiwara，M.：“一种新型驱动蛋白相关的鉴定蛋白质，KRMP1，作为有丝分裂肽基-脯氨酰异构酶 Pin1 的靶标”J.Biol.Chem.. 276. 37520-37528 (2001)