近縁種間での網羅的遺伝子比較解析に基づいた、原核生物のゲノブ進化機構の研究

基于近缘种间综合遗传比较分析的原核生物进化机制研究

• 批准号: 04J04982
• 负责人: 中村 洋路
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-04J04982/
• 关键词: 水平遺伝子移行; マルコフモデル; 完全ゲノム配列; 遺伝子融合; 遺伝子分裂; 原核生物; 病原性; 転写調節

前年度までに研究代表者は、マルコフモデルを用いて半自動的かつ網羅的に原核生物ゲノムから水平移行遺伝子を検出する方法(Nakamura Y, et al., Nature Genetics, 2004)の改良に着手してきたが、本年度においてその作業を十分な段階まで達成することができた。従来までの手法では、各遺伝子が水平移行遺伝子かどうかを判定する指標値(HT index)が、その遺伝子の長さに大きく依存してしまい、その結果短い塩基長の遺伝子を偽陽性即ち誤って水平移行遺伝子として検出する傾向があった。本年度では、その欠点を克服するために、遺伝子長の関数として標準化された指標(Standardized HT index)を新たに提案し、これにより遺伝子長に依存した統計的有意水準を設定できるようにした。この標準化HT indexを用いて、より高い信頼性に基づいて水平移行遺伝子を検出することが可能となり、上記にあげた偽陽性の問題も解決された。この新しい手法の応用として、はじめに腸内細菌27種を用いて条件検討した後、約460種の原核生物ゲノム配列を用いて水平移行遺伝子のリストを作成した。上記の作業と並行して、国立遺伝学研究所と共同で水平遺伝子移行の研究を行い、本研究課題に関連して得られたデータを提供した。その成果は国際学術雑誌Molecular Biology and Evolutionに発表された。また、前年度研究代表者は、ドイツ・デュッセルドルフ大学に長期滞在して遺伝子融合・遺伝子分裂に関する共同研究を行ったが、本年度においてその成果をまとめ、Society for Molecular Biology and Evolutionの年次大会(SMBE 2006 Annual Meeting)にて口頭発表を行った。さらに論文をMolecular Biology and Evolution誌に発表した。

In the previous year, the research representative of the previous year, and many researchers have used the prokaryotes of the semi-automatic Internet to transfer the sub-cluster method (Nakamura Y, et al., Nature Genetics, 2004) to improve the performance of the research representative of the previous year. In the current year, there have been significant changes in the number of operations in the Internet. In order to determine the index flag (HT index), the long-term dependence of each child, the error of the horizontal movement of the target, the long-term dependence of the index, the long-term dependence of the target, the error of the horizontal movement of the target, the error of the horizontal movement of the target, the sensitivity of the index, the long-term dependence of the index, the error of the horizontal movement of the target, the error of the horizontal movement of the target, the error of the horizontal movement of the target, and the long-term dependence of the target, that is, the error index. For the current year, we need to overcome the number of people who are in need of information, the number of children who are responsible for standardization (Standardized HT index), the proposal for new information, and the intentional level setting for the statistics of long-term dependency statistics. To standardize the HT index, you can use the following information: data, etc. After using the new technique, the bacteria 27 of the fungus were used in the study, and then the prokaryotes were arranged in a row of about 460 after the condition was used. The students of the National Institute of Polytechnic Sciences and the National Institute of Pedagogical Sciences have conducted parallel research programs, and the research projects of this project have been offered in parallel with each other. The International Journal of International Science and Technology (Molecular Biology and Evolution) has published a list of achievements. The research representative of the previous year, the research representative of the previous year, Please read the text, Molecular Biology and Evolution, and table.