大規模なゲノム関連データに対する多重比較法の研究

大规模基因组相关数据多重比对方法研究

• 批准号: 18700282
• 负责人: 牛嶋 大
• 金额: $ 1.92万
• 依托单位: Japanese Foundation For Cancer Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18700282/
• 关键词: 多重比較; マイクロアレイ; 一塩基多型; ハプロタイプ; 検出力; サンプルサイズ設計; バイオインフォマティクス; 多重検定; サンプルサイズ

検定統計量の相関構造を考慮した場合のFDRの計算法に関しては、所属する癌研究会ゲノムセンターの一塩基多型(SNP)のデータを使用して開発を進めた。遺伝子領域の中のSNPを連鎖不平衡の強いハプロタイプブロックに分け、ブロックごとにFDRを計算して評価する方法を開発した。またハプロタイプブロック同定法における検出力の比較をシミュレーション研究で行った。マイクロアレイ研究におけるサンプルサイズ計算の方法に関しては2007年7月に行われた第5回多重比較国際会議において口頭発表を行い、またサンプルサイズを計算するプログラムを統計解析言語Rを用いて開発し、公開に向けて準備を行った。タンパク発現データと抗癌剤感受性との関連研究を統計数理研究所の江口教授らと共同で行った。術前化学療法でドセタキセルを投与された乳がん患者の膨大なタンパク発現データからドセタキセルの病理学的効果と関連するタンパクを抽出するのにコモンピーク法というアルゴリズムを応用した解析法の提案を行った。この方法と機械学習のアダブーストを組み合わせることにより非常に精度の高い予測のできるタンパクを得ることができた。この研究の成果はCancer Informatics誌に掲載された。

The method of calculating FDR in the case where correlation structure of statistical quantity is considered is related to the development of a multi-type (SNP) data in the cancer research society. A method was developed to evaluate the strong linkage disequilibrium between SNPs in the genetic domain and calculate the FDR between SNPs. A comparative study of the effects of the two methods was carried out. In July 2007, the 5th International Conference on Multiple Comparisons was held in Beijing. Research on the Relationship between Anti-cancer Susceptibility and Anti-cancer Development by Professor Eguchi of Institute of Statistics and Mathematics Preoperative chemotherapy is a method for the diagnosis and treatment of breast cancer. The method of mechanical learning is to combine the two methods of high precision prediction. The results of this research were published in Cancer Informatics.

项目成果

Sample size calculation for microarray data analysis using normal mixture model

使用正态混合模型计算微阵列数据分析的样本量

• 发表时间: 2007
• 作者: Kuroda;M. Hashiguchi;H.;Nakagawa;S.;牛嶋 大
• 通讯作者: 牛嶋 大