The establishment of accurate sequencing and genotyping systems of genes encoding drug metabolizing enzyme and transporter by using next generation sequencing system.

利用二代测序系统建立药物代谢酶和转运蛋白编码基因的精确测序和基因分型系统。

• 批准号: 21390176
• 负责人: SEKINE Akihiro
• 金额: $ 12.31万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21390176/
• 关键词: ファーマコゲノミクス; 次世代シークエンサー; 副作用; レスポンダー/ノンレスポンダー; チトクロームP450; トランスポーター; Pharmacokinetics; 薬剤応答性; レスポンダー・ノンレスポンダー; Parmacogenomics; Pharmacogenomics; ファーマコジェネティックス; ファーマコカイネティックス; ゲノム配列; 多型; 新世代シークエンサー

Our aim is to construct accurate screening system for pharmacokinetics(PK) to uncover genetic loci associate with drug responsiveness such as side effects or responder/non-responder. Genes related to PK well known to recognize high homology within superfamily, simultaneous amplification of different genomic regions in one test is causes of incorrect genotyped, incorrect sequence, and a fatal mistake in diagnosis. We identified all variations in 28 genes encoding drug metabolizing enzymes and drug transporters, CYP1A2, CYP2A6, CYP2C8, CYP2C18, CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, CYP2E1, CYP3A4, OAT1, OAT2, OAT3, OCT1, OCT2, OCTN1, OCTN2, OATP1, OATP2, MATE1, MATE2, MRP1, MRP2, MDR1, PEPT1, PEPT2, PMAT, TPMT, and UGT1A1, recognized high homology in different regions, based on the combination the pair-end method of Next Generation Sequencer with an internally developed target specific long PCR system. In addition, we constructed a routine genotyping system of almost short variations(94%) based on combination Invader method and the long PCR. We planning to perform the routine screening in collaboration with other researchers focus on drug responsiveness.

我们的目的是建立准确的药代动力学（PK）筛选系统，以揭示与药物反应性相关的遗传位点，如副作用或应答/非应答。众所周知，PK相关基因在超家族内具有高度同源性，在一次检测中同时扩增不同的基因组区域是导致基因分型不正确、序列不正确和诊断中致命错误的原因。我们鉴定了编码药物代谢酶和药物转运蛋白的28个基因的所有变异，包括CYP 1A 2、CYP 2A 6、CYP 2C 8、CYP 2C 18、CYP 2C 9、CYP 2C 19、CYP 2D 6、CYP 2 E1、CYP 3A 4、OAT 1、OAT 2、OAT 3、OCT 1、OCT 2、OCTN 1、OCTN 2、OATP 1、OATP 2、MATE 1、MATE 2、MRP 1、MRP 2、MDR 1、PEPT 1、PEPT 2、PMAT、TPMT和UGT 1A 1，基于下一代测序仪的双末端方法与内部开发的靶特异性长PCR系统的组合，在不同区域中识别出高度同源性。此外，我们还建立了一个基于Invader方法和长链PCR技术的基因分型系统，该系统的变异率几乎为94%。我们计划与其他研究人员合作进行常规筛查，重点是药物反应性。

项目成果

個人保護を考慮し、少人数の配列・多型情報はWeb公開ではなく研究者共有を考えている

考虑到个人保护，我们正在考虑与研究人员共享少数人的序列和多态性信息，而不是在网上发布。

B-type natriuretic peptide as an independent correlate of nocturnal voiding in Japanese women

• DOI: 10.1002/nau.22250
• 发表时间: 2012-11-01
• 期刊: NEUROUROLOGY AND URODYNAMICS
• 影响因子: 2
• 作者: Yoshimura, Koji;Nakayama, Takeo;Ogawa, Osamu
• 通讯作者: Ogawa, Osamu

Medical Science Digest特集分子疫学コホートと新たな予防医学の展開分子疫学研究とゲノム解析

《医学科学文摘》专题：分子流行病学队列和预防医学新进展分子流行病学研究和基因组分析

• 发表时间: 2011
• 作者: Nonaka;H.;Niidome;T.;Shinozuka;Y.;Akaike;A.;Kihara;T.;Sugimoto;H.;関根章博
• 通讯作者: 関根章博

次世代シークエンサー

下一代测序仪

• 发表时间: 2011
• 期刊: Diabetes Journal
• 作者: 関根章博;前田士郎
• 通讯作者: 前田士郎

本研究の成果は、薬剤応答性試験を行う上での重点領域であるPK遺伝子群の詳細解析手技および基盤情報である。これを推進するには技術協力を行う手法を開示するツールとして多くの研究者が利用しやすいように一般化する配列の開示を行う等の方法が考えられる。については、既に副作用を中心とした検体収集を行った研究室と討議し、技術協力を開始した。また学会発表などを通じて問合せがある場合には協力を行っている。は当該領域を調査するためのプライマー情報、次世代シークエンス法、タイピングプローブ情報とその手法を開示する準備と論文化を

本研究成果为PK基因组的详细分析技术和基本信息，该基因组是进行药物反应测试的关键领域。