Development of quantitative analysis method for biofilm using DNA and RNA information, which is applied to evaluation of infection diseases about medical materials.

开发利用DNA和RNA信息的生物膜定量分析方法，应用于医疗材料感染性疾病的评估。

• 批准号: 17K01442
• 负责人: 小川 亜希子
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Suzuka National College of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2017-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17K01442/
• 关键词: バイオフィルム; 定量; 遺伝子発現; マイクロアレイ; RNA-seq; 遺伝子発現解析; 大腸菌; 表皮ブドウ球菌; RNA; 微生物; 医療機器

２　０１９年度までに、大腸菌を対象として浮遊状態の細胞とバイオフィルム形成状態の細胞からRNAを抽出し、マイクロアレイを用いて遺伝子発現状態のデータを取得した。２０２１年度は、得られたマイクロアレイデータを元に解析を行い、浮遊状態とバイオフィルム状態間での遺伝子発現を比較した。しかしながら、実施したマイクロアレイでは（１）シグナル検出に必要なラベル標識化において、浮遊状態とバイオフィルム状態間で標識化効率が異なっており、両者間の真の発現状態を反映していない可能性、（２）実験条件ごとの試験数が少なく統計的な比較が困難である、問題点が挙げられた。そのため２０２２年度は、これらの問題点を解決すべくRNA-seqを利用した遺伝子発現解析を計画した。まず、RNA-seqに必要なRNA調製のために浮遊状態の大腸菌ならびにバイオフィルム形成状態の大腸菌からRNA抽出を複数回実施した。しかしながらRNA-seq解析に必要なRNA量を得ることができなかった。したがって２０２３年度は、引き続きRNA-seq解析に必要な高品質RNAの調製を行い、目的とする遺伝子発現解析を実行する。その後、得られた遺伝子発現情報についてマイクロアレイ解析による遺伝子発現情報結果と比較しつつ、バイオフィルム定量に利用可能な遺伝子群の候補を特定する。続いて、それらの遺伝子発現についてバイオフィルム形成過程との関連性を定量PCRで調査し、バイオフィルム定量系を構築していく。

In 2019, the cells in the floating state of Escherichia coli were isolated from the cells in the formation state of Escherichia coli and the cells in the formation state of Escherichia coli were obtained. In 2021, we will analyze and compare the occurrence of floating state and floating state. (1) Identification efficiency varies from one state to another, and possibility of reflection of true occurrence state between states;(2) Comparison of statistical difficulties between test conditions and test numbers; and problem points. In 2022, we will solve the problem of RNA-seq and use it to analyze the problem. RNA modulation is essential for the production of E. coli in the floating state and RNA extraction in the forming state. RNA analysis is necessary to determine the amount of RNA. In 2023, RNA-seq analysis was necessary for high-quality RNA modulation and gene expression analysis. After the detection, the detection information is obtained, and the detection information results are compared and quantified, and the candidate of the possible detection group is specified. A quantitative PCR was used to investigate and construct a quantitative system for the detection of DNA.

项目成果

異なる構造を持つシラン系樹脂へのバイオフィルム付着性

生物膜对不同结构硅烷树脂的附着力

• 发表时间: 2018
• 作者: 佐野勝彦;兼松秀行;平井信充;黒田大介;小川亜希子;幸後健
• 通讯作者: 幸後健

５種類の細菌とそれが作るバイオフィルム形成の差異について

关于五种细菌之间的差异及其产生的生物膜形成

• 发表时间: 2018
• 作者: 兼松秀行;小川亜希子;平井信充;幸後健;黒田大介;佐野勝彦;Dana Barry
• 通讯作者: Dana Barry

微生物が関わる金属腐食

涉及微生物的金属腐蚀

• 发表时间: 2017
• 期刊: 生物工学会誌
• 作者: Shimamori Naoko;Kishino Tomonori;Okabe Naota;Morii Takeshi;Matsushima Satsuki;Yamasaki Satoko;Ohtsuka Kouki;Shibahara Junji;Ohnishi Hiroaki;Watanabe Takashi;小川亜希子
• 通讯作者: 小川亜希子

製鋼スラグの組成とバイオフィルムを形成する細菌叢との関連

炼钢渣成分与生物膜形成菌群的关系

• 发表时间: 2019
• 作者: 小川亜希子;田中礼士;鈴木賢紀;平井信充
• 通讯作者: 平井信充

ポリマーブラシ コーティングとそのバイオフィルム形成挙動

聚合物刷涂层及其生物膜形成行为

• 发表时间: 2018
• 作者: 大泉敦也;兼松秀行;佐藤貴哉;上条利夫;本田彩夏;平井信充;小川亜希子;幸後健;黒田大介;佐野勝彦;綱島克彦;Dana Barry
• 通讯作者: Dana Barry