遺伝子発現調節領域におけるSNPの定量的検索とそのデータベース化

定量搜索基因表达调控区的SNP并建立数据库

• 批准号: 01J60005
• 负责人: 久木田 洋児
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2003
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01J60005/
• 关键词: プロモーター; 完全長cDNA; アレル頻度; SSCP法; SNP

遺伝子上流領域には遺伝子発現制御に関わる極めて重要な配列が多数散在しており、この領域の多型は遺伝子発現の量的個体差をもたらす可能性がある。そこで本研究では、様々な遺伝子発現制御領域のSNPをゲノムワイドに収集し、同時に特定集団でのアレル頻度を算出することで、量的・多因子性遺伝形質を支配する遺伝的背景の解析に資する情報基盤を確立することを目的とし、実験を進めた。本研究期間(平成13年度〜15年度の前半)は主に解析方法の改良に重点を置いた。その結果、1)市販のキャピラリーアレイ電気泳動装置を用いたPLACE-SSCP法の開発、2)簡便で安価にPCR産物を蛍光標識することができる新しいポストPCR蛍光標識法の開発、3)SSCPピークによるジェノタイピング及び多型頻度算出を容易にするHemi-stranded SSCP法の開発に成功し、国内外の学会及び学術雑誌に発表した。また、上記開発と平行して、ヒト完全長cDNA配列(東京大学医科学研究所で収集)を基に予想された遺伝子転写開始点上流1kb及び下流200bpの領域上に存在するSNPの解析を行ってきた。これまでに943領域のシーケンシング解析から1302個の候補SNP(過半数は新規)を検出した。これらのSNPに対して人種ごとでの多型頻度を調べるためにコーカソイド集団(78人)のDNAと、日本人集団(100人)のDNAを、それぞれプールし、前述した改良版PLACE-SSCP法にて解析を行っている。現在のところ795個のSNPに対して両集団での多型頻度を算出しているが、その差は著しく、194個のSNPではDNAプール間で20%以上の多型頻度差を認めている。今後さらに詳細な解析を行い、多型頻度など遺伝形質の解析に役立つ情報を備えたSNPデータベースを構築していく予定である。

Heritage 伝 child upper field に は heritage 伝 son 発 now suppression に masato わ る め extremely important な て match column が most scattered し て お り, こ の field の polymorphism は posthumous son 伝 発 is の amount of individual difference を も た ら す possibility が あ る. そ こ で this study で は, others 々 な posthumous son 伝 発 suppression area now の SNP を ゲ ノ ム ワ イ ド に 収 し, at the same time に specific sets 団 で の ア レ ル frequency を calculate す る こ と で, volume, multiple factor of 伝 character を dominate す る but 伝 background の parsing に endowment す る intelligence base plate を establish す る こ と を purpose と し, be 験 を into め た. During the period of this study (Heisei 13 to the first half of the <s:1>), the focus of the <s:1> improvement of the main に analytical method <s:1> was set at を た. そ の results, 1), vendor の キ ャ ピ ラ リ ー ア レ イ 気 swimming devices を with い た PLACE - SSCP method の 発, 2) simple で Ann 価 を に PCR products 蛍 light logo す る こ と が で き る new し い ポ ス ト PCR 蛍 light の open 発 identification method, 3) SSCP ピ ー ク に よ る ジ ェ ノ タ イ ピ ン グ and び polymorphism frequency calculated を に easily The するHemi-stranded SSCP law has been successfully developed に, and domestic and foreign <s:1> societies and び academic 雑 Chronicles have been released に. ま た, written 発 と parallel し て, ヒ ト completely cDNA with long column (at the university of Tokyo institute of medical sciences で 収 set) を base に to think さ れ た heritage 伝 son planning write starting point for high 1 KB and 200 bp の び mean field に exist on す る SNP の parsing line を っ て き た. <s:1> れまでに943 field <s:1> シ ケ ケ ケ ケ <s:1> シ グ グ analysis ら ら1302 <s:1> candidate SNPS (more than half of the <s:1> new regulations)を検 exit た. こ れ ら の SNP に し seaborne て race ご と で の polymorphism frequency を adjustable べ る た め に コ ー カ ソ イ ド set 団 の と DNA (78 people), the Japanese set 団 の を DNA (100 people), そ れ ぞ れ プ ー ル し, the foregoing し た modified PLACE - SSCP method に analytical line を っ て て い る. Now の と こ ろ 795 の SNP に し seaborne て struck set 団 で の polymorphism frequency を calculate し て い る が, そ の poor は the し く, 194 の SNP で は DNA プ ー ル frequency difference of more than 20% で の polymorphism between を recognize め て い る. Future さ ら に detailed analytical を な い, polymorphism frequency な ど heritage 伝 character の analytic set つ intelligence を に service for え た SNP デ ー タ ベ ー ス を build し て い く designated で あ る.

项目成果

Kukita Y, Higasa K, Baba S, Nakamura M, Manago S, Suzuki A, Tahira T, Hayashi K: "A single-strand conformation polymorphism method for the large-scale analysis of mutations/polymorphisms using capillary array electrophoresis"Electrophoresis. 23. 2259-2266

Kukita Y、Higasa K、Baba S、Nakamura M、Manago S、Suzuki A、Tahira T、Hayashi K：“使用毛细管阵列电泳大规模分析突变/多态性的单链构象多态性方法”电泳。

Kukita Y, Manago S, Baba S, Hayashi K: "Hemi-stranded SSCP analysis of SNPs in short sequence-tagged sites"Biotechniques. 33. 1118-1121 (2002)

Kukita Y、Manago S、Baba S、Hayashi K：“短序列标记位点中 SNP 的半链 SSCP 分析”生物技术。

Kukita Y, Hayashi K: "Multicolor post-PCR labeling of DNA fragments with fluorescent ddNTPs"Biotechniques. 33. 502-506 (2002)

Kukita Y、Hayashi K：“用荧光 ddNTPs 对 DNA 片段进行多色 PCR 后标记”生物技术。

Higasa K, Kukita Y, Baba S, Hayashi K: "Software for machine-independent quantitative interpretation of SSCP in capillary array electrophoresis (QUISCA)"Biotechniques. 33. 1342-1348 (2002)

Higasa K、Kukita Y、Baba S、Hayashi K：“毛细管阵列电泳中 SSCP 的机器独立定量解释软件 (QUISCA)”生物技术。