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植物病原モリキューテスの階級分類の確立に関する基盤的研究

植物病原软体动物分类的基础研究

基本信息

批准号：
08876008
负责人：
難波成任
金额：
$ 1.34万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
1996
资助国家：
日本
起止时间：
1996 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究は、これまで遅滞していた植物病原モリキューテスに関する研究の飛躍的な進歩を足がかりに、世界中の植物病原モリキューテスのすべてを対象にそれぞれの16SrRNA遺伝子を解析し、分子系統学的な関係を調べ、本微生物の分類体系を確立し、その起源を明らかにし、解析データを元に本微生物のモリキューテス綱における系統進化学的位置を解明し、植物病原モリキューテスの階級分類確立の基盤を築くことを目的として行った。まず東南アジアおよびヨーロッパ各地より各種ファイトプラズマ分離株を熱め、そのゲノムを精製した。そして、各ゲノム試料を鋳型に、特異的なプライマーを用いてPCRを行い、16SrRNA遺伝子を増幅した。次に、増殖した16SrRNA遺伝子を単離・精製し、ダイレクトシークエンス法により全塩基配列を決定した。これにより得られた塩基配列データとデータベースより得られた配列を用いて、分子系統樹を構築した。得られた解析データをもとに、モリキューテス網における本微生物群の属レベルにおける系統学的位置を明らかにした。つづいて、ゲノムレベルでの近縁関係に関する解析データをもとに、属以下での系統関係を解析し、「種」のレベルでの系統関係を明らかにした。以上の知見を基に、ファイトプラズマの階級分類の体系を確立し、さらに「種名」を導入した。

This study is aimed at making great progress in the study of plant pathogens in the world, analyzing 16S rRNA genes, molecular phylogenetic relationships, establishing the taxonomic system of this microorganism, and clarifying its origin. The phylogenetic position of the microorganism in the analysis of the pathogen and the establishment of the class classification of the plant pathogen are discussed. All kinds of isolates are refined. For each sample, type, and specificity of PCR and 16S rRNA sequences are enhanced. 16S rRNA gene sequence is isolated, refined, and sequenced. A molecular phylogenetic tree is constructed based on the sequence of the sequences. The systematic position of this microbiome is clear. In the process of transformation, the analytical data related to the close relationship between the elements must be analyzed, the system relationships below the genus are analyzed, and the system relationships between the "species" are clearly defined. The classification system of the above knowledge base and the introduction of the "species name" are established