Project 3: Coactivator-dependent hepatic 12h clock coordinates metabolic and stress rhythms

项目3 -项目概要 除了已经被充分研究的昼夜节律外，一组以二次谐波（12小时周期）循环的基因， 在小鼠体内的几个外周组织中发现了昼夜节律性。基因表现出明显的 内质网应激和未折叠蛋白反应是12 h节律性的主要表现。 途径，这是普遍保守的适应性反应，以科普积累的未折叠蛋白质， 急诊室 尽管有这些初步的发现，12小时节律在体内的确切流行率，其与心脏的关系， 生物钟，12小时节律如何在分子水平上建立，以及它在调节生物钟和生物钟中的精确作用。 生理学和病理学仍然是难以捉摸的。 我们最近开发了一种新颖的数学方法， 对时间序列基因表达数据进行分解，揭示隐藏在24小时节律性之外的振荡。 我们意外地发现，除了UPR基因，12小时节律性比其他基因更为普遍。 最初被认为并广泛存在于小鼠肝脏的代谢基因中。我们进一步发现了流行的12小时 体内肝脏代谢的振荡。事实上，12小时的节律性保持完整的功能性的情况下， 24小时生物钟提示12小时节律是由一个独立的生物钟建立和维持的 与24小时生物钟不同。 本提案的目的是使用肝脏作为模型 器官来检验假设：1）有一个同样重要的分子钟建立12小时周期 节律性，协调ER应激和动态生物能量代谢的振荡，以确保系统性 稳态，和2）肝脏12小时时钟是由SRC-BMP 3和XBP 1转录调节。在目标1中， 将重点研究基因表达和代谢的12小时节律的转录调控 使用ChIP-Seq、RNA-Seq、代谢组学和 数学建模方法。 在目标2中，是否存在XBP 1 s/SRC-103依赖的12小时生物钟失调， 将确定是否有助于慢性ER应激诱导的NAFLD。在目标3中，是否存在XBP 1 s/SRC-103依赖性， 12小时生物钟失调有助于营养挑战-将确定糖尿病诱导的NAFLD。

Project 3 -­ Project Summary    In addition to the well-­studied circadian rhythm, a cluster of genes that cycle at the second (12h period) harmonic  of circadian rhythmicity was discovered in several peripheral mouse tissues in vivo. Genes exhibiting apparent  12h  rhythmicity  were  enriched  in  endoplasmic  reticulum  (ER)  stress  and  unfolded  protein  response  (UPR)  pathways, which are universally conserved adaptive responses to cope with accumulation of unfolded protein in  the  ER.  Despite  these  initial  findings,  the  exact  prevalence  of  the  12h  rhythm  in  vivo,  its  relationship  with  the  circadian clock, how the 12h rhythm is established at the molecular level and its precise roles in regulating both  physiology  and  pathology  still  remain  elusive.  We  recently  developed  a  novel  mathematical  approach  to  decompose time-­series gene expression data and reveal hidden oscillations separate from the 24h rhythmicity.  We unexpectedly discovered that, in addition to the UPR genes, the 12h rhythmicity is much more prevalent than  was initially thought and is widely found in metabolic genes in mouse liver. We further uncovered prevalent 12h  oscillations in liver metabolism in vivo. The fact that the 12h rhythmicity remains intact in the absence of functional  24h  circadian  clock  suggests  that  the  12h  rhythm  is  established  and  maintained  by  an  independent  clock  component  distinct  from  the  24h  circadian  clock.  The  objective  of  this  proposal  is  to  use  the  liver  as  a  model  organ  to  test  the  hypothesis  that:  1)  there  is  an  equally  important  molecular  clock  establishing  the  12h  period  rhythmicity, which coordinates oscillations of ER stress and dynamic bioenergetic metabolism to ensure systemic  homeostasis, and 2) that the hepatic 12h clock is transcriptionally regulated by SRC-­3 and XBP1s. In Aim 1 the  transcriptional regulation of the 12h rhythm of gene expression and metabolism will be investigated with a focus  on the interplay between UPR TF XBP1 and coactivator SRC-­3 using ChIP-­Seq, RNA-­Seq, metabolomics and  mathematical  modeling  approaches.  In  Aim  2,  whether  XBP1s/SRC-­3  dependent  12-­hour  clock  dysregulation  contributes to chronic ER stress-­induced NAFLD will be determined. In Aim 3, whether XBP1s/SRC-­3 dependent  12-­hour clock dysregulation contributes to nutritional challenge-­induced NAFLD will be determined.