Core A (Administrative/Bioinformatics/Statistics)

核心A（管理/生物信息学/统计学）

• 批准号: 10421278
• 负责人: BERT W O'MALLEY
• 金额: $ 7.93万
• 依托单位: BAYLOR COLLEGE OF MEDICINE
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 2018-07-01 至 2024-04-30
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/10421278
• 关键词: Administrative Personnel; Administrator; Animals; Area; Atlases; Bioinformatics; Biological; Biological Assay; ChIP-seq; Computer Hardware; Computer software; Core Facility; DNA; Data; Data Analyses; Data Storage and Retrieval; Deposition; Engineering; Financial Support; Funding Mechanisms; Gene Expression; Grant; Guidelines; Human; Infrastructure; International; Maintenance; Mediator of activation protein; Medicine; Metabolism; Molecular and Cellular Biology; Monitor; Multiomic Data; National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases; Nuclear Receptors; Occupational activity of managing finances; Office of Administrative Management; Policies; Program Research Project Grants; Proteomics; Publications; Receptor Signaling; Research; Research Priority; Resolution; Series; Services; Software Tools; System; United States National Institutes of Health; Visualization; Wages; Work; career networking; college; computer network; cost; data acquisition; data dissemination; data integration; data repository; data sharing; data submission; data visualization; epigenome; epigenomics; experience; insight; metabolomics; online repository; operation; professor; programs; repository; statistics; support network; transcriptome sequencing; transcriptomics; web-based informatics

Core A (Administrative Core) -­ Project Summary    All  research  projects  of  this  Program  Project  (PP)  will  rely  on  the  use  of  administrative,  bioinformatics  and  statistical  support,  which  will  be  directed  by  Core  A.  The  Administrative  Component  of  Core  A  will  provide  centralized  scientific,  administrative  and  financial  management  as  well  as  computer  hardware,  software  and  network  support  services  (which  includes  data  sharing,  storage,  and  maintenance).  The  Administrative  Component of Core A will be responsible for monitoring the research progress attained by Projects 1-­4 as well  as the efficient use of Core B by each of the four projects. Core A also will be responsible for general support  of cost areas common to Projects 1-­4 and Cores A-­B. The Bioinformatics and Statistics Component of Core A  will  integrate  both  data  generated  from  Projects  1-­4  as  well  as  publicly  available  data  across  a  continuum  of  assays  ranging  from  cistromics  (via  ChIP-­Seq),  transcriptomics  (via  RNA-­Seq/microarray),  proteomics  (RPPA  and  DNA-­IP),  and  metabolomics  (via  mass  spec  platforms).  Data  acquisition  will  occur  in  established  core  facilities currently in place within the Department of Molecular and Cellular Biology at Baylor College of Medicine.  The Bioinformatics and Statistics Component of Core A will perform primary data analysis, extracting significant  features  from  each  series  of  OMICs  assays  proposed  in  Projects  1-­4.  The  major  contribution  of  the  Bioinformatics and Statistics Component of Core A consists of integrative analysis, wherein data from multiple  OMICs platforms are combined, leading to comprehensive biological insight and testable hypotheses. Core A  will use data from Encode, the NIH Epigenomic Roadmap, International Human Epigenome Consortium (IHEC),  and  scientific  data  repositories  such  as  the  NIH  Gene  Expression  Omnibus  (GEO)  and  Nuclear  Receptor  Signaling Atlas (NURSA). For scientific publications, Core A will generate visualizations of these data and results  by employing both off-­line and online software tools. To meet data dissemination guidelines, Core A will perform  data  deposition  to  the  appropriate  repositories,  including  but  not  limited  to  the  NIDDK  sponsored  NURSA.  Collectively,  these  efforts  will  provide  the  necessary  infrastructure  to  support  the  various  research  and  core  components  of  this  Program  Project  application.  The  successful  operation  of  this  administrative  team  is  unparalleled  and  is  essential  to  completion  of  the  overarching  scientific  objectives  of  our  integrative  research  teams.

核心A（行政核心）-项目摘要   本计划项目（PP）的所有研究项目将依赖于使用行政，生物信息学和 核心A的行政部分将提供统计支助， 集中的科学、行政和财务管理以及计算机硬件、软件和 网络支持服务（包括数据共享、存储和维护）。 核心项目A的组成部分亦会负责监察项目1至项目4的研究进度 核心B的有效利用，核心A还将负责一般支持 项目1-项目4和核心项目A-核心项目B的生物信息学和统计学部分 将整合项目1- 1994产生的数据以及公共可用的数据， 测定范围包括顺式顺式异构体（通过ChIP-测序）、转录组学（通过RNA-测序/微阵列）、蛋白质组学（RPPA 和DNA-PCR）和代谢组学（通过质谱平台）。数据采集将在建立的核心 目前在贝勒医学院分子和细胞生物学系的设施。 核心A的生物信息学和统计学组件将进行主要数据分析， 项目1- 4中提出的每个系列OMIC测定的主要贡献 核心A的生物信息学和统计学部分由综合分析组成，其中来自多个 OMIC平台相结合，导致全面的生物学见解和可检验的假设。核心A 将使用来自Encode，NIH表观基因组路线图，国际人类表观基因组联盟（IHEC）， 和科学数据库，如NIH基因表达综合库（GEO）和核受体 对于科学出版物，核心A将生成这些数据和结果的可视化 采用离线和在线软件工具。为符合数据发布准则，核心A将执行 将数据存放到适当的存储库，包括但不限于NIDDK赞助的CNOSA。 总的来说，这些努力将提供必要的基础设施，以支持各种研究和核心 该计划项目应用程序的组成部分。这个管理团队的成功运作是 无与伦比的，是必不可少的，以完成我们的综合研究的总体科学目标 团队