Core A (Administrative/Bioinformatics/Statistics)

点击翻译按钮获取中文摘要

Core A (Administrative Core) -­ Project Summary    All  research  projects  of  this  Program  Project  (PP)  will  rely  on  the  use  of  administrative,  bioinformatics  and  statistical  support,  which  will  be  directed  by  Core  A.  The  Administrative  Component  of  Core  A  will  provide  centralized  scientific,  administrative  and  financial  management  as  well  as  computer  hardware,  software  and  network  support  services  (which  includes  data  sharing,  storage,  and  maintenance).  The  Administrative  Component of Core A will be responsible for monitoring the research progress attained by Projects 1-­4 as well  as the efficient use of Core B by each of the four projects. Core A also will be responsible for general support  of cost areas common to Projects 1-­4 and Cores A-­B. The Bioinformatics and Statistics Component of Core A  will  integrate  both  data  generated  from  Projects  1-­4  as  well  as  publicly  available  data  across  a  continuum  of  assays  ranging  from  cistromics  (via  ChIP-­Seq),  transcriptomics  (via  RNA-­Seq/microarray),  proteomics  (RPPA  and  DNA-­IP),  and  metabolomics  (via  mass  spec  platforms).  Data  acquisition  will  occur  in  established  core  facilities currently in place within the Department of Molecular and Cellular Biology at Baylor College of Medicine.  The Bioinformatics and Statistics Component of Core A will perform primary data analysis, extracting significant  features  from  each  series  of  OMICs  assays  proposed  in  Projects  1-­4.  The  major  contribution  of  the  Bioinformatics and Statistics Component of Core A consists of integrative analysis, wherein data from multiple  OMICs platforms are combined, leading to comprehensive biological insight and testable hypotheses. Core A  will use data from Encode, the NIH Epigenomic Roadmap, International Human Epigenome Consortium (IHEC),  and  scientific  data  repositories  such  as  the  NIH  Gene  Expression  Omnibus  (GEO)  and  Nuclear  Receptor  Signaling Atlas (NURSA). For scientific publications, Core A will generate visualizations of these data and results  by employing both off-­line and online software tools. To meet data dissemination guidelines, Core A will perform  data  deposition  to  the  appropriate  repositories,  including  but  not  limited  to  the  NIDDK  sponsored  NURSA.  Collectively,  these  efforts  will  provide  the  necessary  infrastructure  to  support  the  various  research  and  core  components  of  this  Program  Project  application.  The  successful  operation  of  this  administrative  team  is  unparalleled  and  is  essential  to  completion  of  the  overarching  scientific  objectives  of  our  integrative  research  teams.