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High quality long read sequencing from low input DNA

利用低输入 DNA 进行高质量长读测序

基本信息

批准号：
BB/T018011/1
负责人：
Alistair Darby
金额：
$ 53.35万
依托单位：
University of Liverpool
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2020
资助国家：
英国
起止时间：
2020 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FT018011%2F1
关键词：
quality long read sequencing low

项目摘要

Genomics is a fast-moving field that is constantly been driven forward by developments in sequencing technology. To stay at the leading edge of this field it is important that we invest periodically in the latest equipment. In this application the Centre for Genomic Research (CGR) at the University of Liverpool proposes to purchase a Pacific Biosciences Sequel II and a FemtoPulse system to extend its current sequencing provision. These instruments will provide new, unique capability-- generation of long-read DNA sequence data from limited amounts of DNA, enabling new applications in de novo genome assembly, microbiome analysis, AMR and gene regulation. The CGR has a long-track record of successfully running PacBio long-read sequencing platforms and of supporting the research community by providing access to genomic technologies. The Sequel II will be placed in an established laboratory, with 20 staff and ~£5m of equipment. Our experience with PacBio platforms specifically means that the Sequel II can be deployed immediately on arrival, replacing our Sequel I platform, which will soon be uneconomical, unable to meet researchers' expectations, and hence functionally becoming obsolete.

基因组学是一个快速发展的领域，不断被测序技术的发展所推动。为了保持在该领域的领先地位，我们定期投资于最新设备是很重要的。在该申请中，利物浦大学的基因组研究中心（CGR）建议购买Pacific Biosciences Sequel II和FemtoPulse系统，以扩展其当前的测序供应。这些仪器将提供新的、独特的能力--从有限数量的DNA中生成长读段DNA序列数据，从而在从头基因组组装、微生物组分析、AMR和基因调控方面实现新的应用。CGR在成功运行PacBio长读测序平台以及通过提供基因组技术支持研究界方面有着长期的记录。续集II将被放置在一个成熟的实验室，有20名工作人员和约500万英镑的设备。我们在PacBio平台上的经验特别意味着Sequel II可以在到达时立即部署，取代我们的Sequel I平台，后者很快就会不经济，无法满足研究人员的期望，因此在功能上变得过时。

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Stepwise evolution of Salmonella Typhimurium ST313 causing bloodstream infection in Africa.

DOI：
10.1038/s41564-020-00836-1
发表时间：
2021-03
期刊：
Nature microbiology
影响因子：
28.3
作者：
Pulford CV;Perez-Sepulveda BM;Canals R;Bevington JA;Bengtsson RJ;Wenner N;Rodwell EV;Kumwenda B;Zhu X;Bennett RJ;Stenhouse GE;Malaka De Silva P;Webster HJ;Bengoechea JA;Dumigan A;Tran-Dien A;Prakash R;Banda HC;Alufandika L;Mautanga MP;Bowers-Barnard A;Beliavskaia AY;Predeus AV;Rowe WPM;Darby AC;Hall N;Weill FX;Gordon MA;Feasey NA;Baker KS;Hinton JCD
通讯作者：
Hinton JCD

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