溶液のネットワーク構造揺らぎと化学反応の統計理論
溶液のネットワーク構造揺らぎと化学反応の統計理論
批准号:
07208214
负责人:
笹井 理生
金额:
$0.58万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份:
1995
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
1995 至 --
中文摘要
ネットワーク構造の格子上の0または1の変数で表したモデルを分析した。結合マップ法によってこの模型の動的揺らぎが調べられ、分子動力学計算で見いだされたのと同様な、エネルギーの1/f揺らぎが確認された。この模型におけるネットワークの空間構造の動的揺らぎとエネルギー揺らぎの相関が分析され、(a)ネットワークの組み替えが盛んに起こる領域は局在していて、時間とともにその領域は変化、移動する。(b)ネットワーク構造の空間的変化の規模は階層的な分布をしており、小規模で頻繁な変化と大規模でまれな変化が共存している。(c)氷に近い秩序が発達しかけたり、消えたりする揺らぎがネットワークの大規模な構造変化とエネルギーの長時間変化の原因になっている。などの新しい知見が得られた。水分子間のネットワークを複素数の場の変数で表す手法がさらに発展させられ、(a)過冷却水の熱力学的異常の起源について新しい機構が提案された。分子密度の相関関係や、結合の分布の相関関係に異常がない場合でも、この模型の基本的物理量である場の変数の相関関係には異常が発生しうること、それが熱力学量の異常を説明しうること、が示された。(b)複素数の場に存在しうるトポロジカルな励起の性格が分析され、水和構造や溶質間相互作用との関連が示された。水溶液反応で、とくに興味があるのは生体内反応である。x線などの方法で解明された蛋白の立体構造から経験的ポテンシャルを構築し、蛋白質の立体構造に関する分子動力学計算を行った。ほどけたランダム鎖を初期条件として、カルシウム結合蛋白などについて3次構造のかなり良い再現が可能である。とくに、疎水相互作用の重要性が明確にされ、ポテンシャルの改良が進んでいる。
英文摘要
ネットワーク構造の格子上の0または1の変数で表したモデルを分析した。結合マップ法によってこの模型の動的揺らぎが調べられ、分子動力学計算で見いだされたのと同様な、エネルギーの1/f揺らぎが確認された。この模型におけるネットワークの空間構造の動的揺らぎとエネルギー揺らぎの相関が分析され、(a)ネットワークの組み替えが盛んに起こる領域は局在していて、時間とともにその領域は変化、移動する。(b)ネットワーク構造の空間的変化の規模は階層的な分布をしており、小規模で頻繁な変化と大規模でまれな変化が共存している。(c)氷に近い秩序が発達しかけたり、消えたりする揺らぎがネットワークの大規模な構造変化とエネルギーの長時間変化の原因になっている。などの新しい知見が得られた。水分子間のネットワークを複素数の場の変数で表す手法がさらに発展させられ、(a)過冷却水の熱力学的異常の起源について新しい機構が提案された。分子密度の相関関係や、結合の分布の相関関係に異常がない場合でも、この模型の基本的物理量である場の変数の相関関係には異常が発生しうること、それが熱力学量の異常を説明しうること、が示された。(b)複素数の場に存在しうるトポロジカルな励起の性格が分析され、水和構造や溶質間相互作用との関連が示された。水溶液反応で、とくに興味があるのは生体内反応である。x線などの方法で解明された蛋白の立体構造から経験的ポテンシャルを構築し、蛋白質の立体構造に関する分子動力学計算を行った。ほどけたランダム鎖を初期条件として、カルシウム結合蛋白などについて3次構造のかなり良い再現が可能である。とくに、疎水相互作用の重要性が明確にされ、ポテンシャルの改良が進んでいる。
期刊论文(4)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
E.Shiratani and M.Sasai: "Growth and Collapse of Structural Patterns in the Hydrogen Bond Network in Liquid Water" J.Chem.Phys.(印刷中). (1996)
E. Shiratani 和 M. Sasai:“液态水中氢键网络结构模式的增长和崩溃”J.Chem.Phys.(出版中)。
DOI:
--
发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
M.Sasai: "Conformation,Energy and Folding Ability of Selected Amino Acid Soquences" Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 92. 8438-8442 (1995)
M.Sasai:“所选氨基酸序列的构象、能量和折叠能力”Proc.Natl.Acad.Sci.USA。
DOI:
--
发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
Principles of genome dynamics and DNA functions
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批准号:22H00406
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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资助金额:$26.21万
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财政年份:2022
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
蛋白質の柔らかいダイナミクスの分子論
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批准号:18031017
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$8.0万
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财政年份:2006
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
機能発現の蛋白質ダイナミクス理論
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批准号:16041221
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$9.02万
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财政年份:2004
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
遺伝子の確率的発現とネットワーク
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批准号:16014210
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$3.9万
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财政年份:2004
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
蛋白質機能発現のダイナミカルモデリング
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批准号:15014214
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$2.56万
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财政年份:2003
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
蛋白質機能発現のダイナミカルモデリング
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批准号:14015212
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$3.2万
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财政年份:2002
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
動的インバースフォールディングと統計法則
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批准号:10157211
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$0.83万
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财政年份:1998
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
動的インバースフォールディングと統計法則
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批准号:09261213
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.02万
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财政年份:1997
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
動的インドースフォールディングと統計法則
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批准号:08272210
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.09万
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财政年份:1996
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
動的インドースフォールディングと統計法則
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批准号:08272210
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.09万
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
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批准号:07236220
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.22万
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财政年份:1995
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
動的インバースフォールディングと統計法則
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批准号:07280208
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.28万
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财政年份:1995
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
溶液のネットワーク構造揺らぎと化学反応の統計理論
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批准号:06219214
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.7万
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财政年份:1994
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
溶液のネットワーク構造揺らぎと化学反応の統計理論
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批准号:05227213
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.7万
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财政年份:1993
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
ランダムネットワークの動力学と分子乱流
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批准号:05740256
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1993
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
溶液のネットワーク構造揺らぎと化学反応の統計理論
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批准号:04243208
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.02万
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财政年份:1992
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
蛋白質折れたたみのスピングラス理論
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批准号:04740195
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.45万
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财政年份:1992
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
溶液の大きな構造ゆらぎと溶液内化学反応の統計力学
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批准号:03740249
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1991
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负责人:笹井 理生
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依托单位:
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ASIC1通过抑制PINK1介导的线粒体自噬促巨噬细胞焦亡降低动脉粥样硬化斑块稳定性
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批准号:2026JJ50560
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