SNP解析による口腔白板症の疾患関連遺伝子の同定

通过SNP分析鉴定口腔白斑疾病相关基因

• 批准号: 17659641
• 负责人: 南雲 正男
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: Showa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17659641/
• 关键词: 口腔白板症; 疾患感受性; ゲノム; 遺伝子多型(SNP); GeneChipシステム; スクリーニング; 遺伝子発現プロファイル

本研究では口腔白板症を複数の疾患感受性遺伝子をもつcommon diseaseの1つと想定し、SNP解析のマススクリーニングに有用なGeneChipシステムを用いて口腔白板症患者および健常人口腔粘膜上皮細胞のゲノムのSNP解析および遺伝子発現プロファイルの解析を行い、疾患感受性遺伝子を同定するための基礎的検討を行った。なお、本研究は、昭和大学ヒトゲノム・遺伝子解析倫理審査委員会の承認を得て行われた(課題名:口腔白板症の発症および癌化に関わる因子の探索的検討、承認番号63号)。その結果以下のような結果が得られた。1)正常口腔粘膜および口腔白板症からのゲノムDNAおよびRNAの抽出本研究の主旨を説明して同意の得られた口腔白板症患者および健常人の口腔粘膜(両側頬粘膜、上下口唇粘膜)よりスワブで擦過して細胞を採取し、2分してDNAおよびRNAを抽出した。その結果、GeneChipシステムでの遺伝子多型の解析に必要な250ngのDNAの採取は可能であったが、遺伝子発現プロファイルの解析に十分なRNA量は採取出来なかった。そこで、RNAは生検材料から抽出することとした。2)口腔白板症における遺伝子発現プロファイルの変化。生検材料を用いて白板症病変部とその周囲の粘膜上皮の8,800個の遺伝子発現プロファイルを比較したところ、白板症では正常粘膜に比べ8個の遺伝子の発現増強、10個の遺伝子の発現減弱が見られた。その中で、特にケラチン遺伝子群、loricrinの発現増強が著明であった。3)口腔白板症患者のSNP解析約10,000のSNPsが搭載されているHuman Mapping 10K Arrayを用い、数例の白板症患者のSNPを遺伝子発現プロファイルで変化の見られた遺伝子群に着目して検討中であるが、現在までのところ特定の遺伝子を絞り込むまでに至っていない。今後例数を増やして検討を続けたい。

In this study, we conducted a preliminary study on the identification of multiple disease-susceptible genes in common disease, SNP analysis, and genetic chip identification in oral mucosal epithelial cells of patients with oral leukoplakia and healthy individuals. This study was conducted at Showa University and approved by the Ethics Review Committee for Genetic Analysis (Project name: Investigation of factors related to the development of oral diseases and cancer, Approval No. 63). The following results were obtained. 1)DNA and RNA extraction from normal oral mucosa and oral leukaemia The purpose of this study is to illustrate the results obtained from oral leukaemia patients and healthy oral mucosa (buccal mucosa, upper and lower lip mucosa). The results showed that 250ng of DNA was necessary for analysis of GeneChip gene polymorphism, and 10 ng of RNA was required for analysis of GeneChip gene polymorphism. The RNA gene was extracted from the DNA. 2) The development of oral leukaemia. In contrast, 8, 800 DNA fragments were found to be stronger and 10 DNA fragments were found to be weaker in normal mucosa than in normal mucosa. The development of loricrin in the middle of the river, especially in the middle of the river, is increasing. 3) SNP analysis of approximately 10,000 SNPs in patients with oral leukaemia was carried out using Human Mapping 10K Array, and SNPs in several patients with leukaemia were detected in different genetic subgroups. In the future, the number of cases will increase.

项目成果

Gene expression profiles of oral leukoplakia and carcinoma: genome-wide comparison analysis using oligonucleotide microarray technology.

• DOI: 10.3892/ijo.28.3.619
• 发表时间: 2006-03
• 期刊: International journal of oncology
• 影响因子: 5.2
• 作者: Takeshi Odani;D. Ito;Ming-Heng Li;Ai Kawamata;T. Isobe;M. Iwase;M. Nagumo

口腔白板症の悪性転化に関連する遺伝子の解析

口腔白斑恶变相关基因分析

• 发表时间: 2005
• 期刊: 日本口腔粘膜学会雑誌 11巻2号
• 作者: K Nakaya;HD Yamagata;N Arita;K-i Nakashiro;M Nose;T Miki;H Hamakawa;Odani T et al.;小谷 岳志 他
• 通讯作者: 小谷 岳志 他

化学誘発性のマウス口腔粘膜上皮異形成における上皮骨格関連遺伝子の発現変化

化学诱导小鼠口腔黏膜上皮发育不良中上皮骨架相关基因表达的变化

• 发表时间: 2005
• 期刊: 日本口腔粘膜学会雑誌 11巻2号
• 作者: K Nakaya;HD Yamagata;N Arita;K-i Nakashiro;M Nose;T Miki;H Hamakawa;Odani T et al.;小谷 岳志 他;磯辺 友秀 他
• 通讯作者: 磯辺 友秀 他