权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

膜脂質トランスポーターの動作原理の理論研究

膜脂转运蛋白工作原理的理论研究

基本信息

批准号：
19J23454
负责人：
村田隆
金额：
$ 1.6万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-25 至 2022-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本年度の研究では、昨年度の研究によって必要性が提示されたPglK表面と基質との新たな相互作用部位の探索を行ないました。昨年度の研究までで、基質である糖鎖結合脂質の全原子力場用パラメータセットと構造モデルは作成していました。しかし、PglKについては、現状報告されている構造の情報は基質との相互作用状態を計算するには不十分でした。そのため、まず初めに、すでに得られているホモログについての構造情報を元にして、基質との相互作用状態のモデリングを行ないました。その後、作成したモデルを用いてPglK周辺での基質の分布傾向の段階的なサンプリングを行いました。探索の必要のあるコンフォメーション空間の膨大さを回避するために、PglK周辺での膜脂質のリン酸の分布を調べたのち、その情報を元にして糖鎖結合脂質のPglK 周辺での挙動のシミュレーションを行いました。結果として、PglKの細胞膜内側に位置するαヘリックスに基質頭部がトラップされる傾向があることを発見しました。また、昨年度に引き続いて、脂質膜中でのタンパク質の挙動を制御している足場タンパク質の複合体をシミュレーションするための、メソスケールの分子動力学モデルの開発を行ないました。こちらでは、従来のメソスケールモデルに見られた各相互作用ドメインでの結合価数の再現の難しさを克服するために、新しい相互作用ポテンシャルを開発しました。本年度は基本的なモデルの開発と実装が完了に至ったため、シンプルで人工的にデザインされたタンパク質による系をモデルとして挙動のテストを行ないました。結果として、新しいモデルが多数のタンパク質の相互作用によって生み出されるマクロな熱力学的性質をよく再現することが分かりました。この結果は、当モデルが実際の生物学的な系のダイナミクスの解析に適用可能であることを示唆していると考えています。

This year's research is necessary to explore new interaction sites between PglK surface and matrix. In the past year's research, the matrix was used to construct the all-atomic field of glycol-bound lipids. The structure information and matrix interaction state are calculated in the status report. The structure information of the matrix and the interaction state of the matrix are obtained from the matrix. After the formation of the matrix, the distribution of the matrix in the PglK cycle is gradually changed. To explore the necessary information for the regulation of the distribution of membrane lipids in the PglK cycle, the expansion of the PglK cycle and the regulation of the distribution of membrane lipids in the PglK cycle. The results showed that the position of PglK on the inner surface of the cell membrane was different. The molecular dynamics of molecular dynamics in lipid membranes and lipid complexes were investigated. In this event, the difficulty of reproducing the combined numbers of various interaction elements seen in the past has been overcome, and new interaction support elements have been developed. This year, the basic equipment development has been completed, and the artificial equipment development has been completed. As a result, most of the thermodynamic properties are reproduced in the interaction between the two substances. These results are applicable to the analysis of real-time biological systems.

项目成果

期刊论文数量（5）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

多価の相互作用を持ったタンパク質による相分離解析のためのメソスケール分子動力学モデルの開発

开发用于多价相互作用蛋白质相分离分析的介观分子动力学模型

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
村田隆
通讯作者：
村田隆

Development of meso-scale molecular simulation model for phase separation by multivalent proteins

多价蛋白质相分离的介观分子模拟模型的开发

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
村田隆;高田彰二
通讯作者：
高田彰二

Mesoscale stoichiometric interaction model for simulating phase-separation of multivalent proteins

用于模拟多价蛋白质相分离的介观化学计量相互作用模型

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
村田隆;村田隆
通讯作者：
村田隆

メソスケールでの相分離のシミュレーションのための化学量論相互作用モデルの開発

开发用于模拟介观相分离的化学计量相互作用模型

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
村田隆;村田隆;村田隆
通讯作者：
村田隆

DOI：
{{ item.doi }}
发表时间：
{{ item.publish_year }}
期刊：
{{ item.journal_name }}
影响因子：
{{ item.factor }}
作者：
{{ item.authors }}
通讯作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ monograph.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ sciAawards.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ conferencePapers.updateTime }}

作者：
{{ item.author }}

数据更新时间：{{ patent.updateTime }}

村田隆其他文献

多点走査共焦点ディスクによる2光子顕微鏡の時間空間解像度の向上と細胞分裂研究への応用

使用多点扫描共焦盘提高双光子显微镜的时间和空间分辨率及其在细胞分裂研究中的应用

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yamamoto T.;Hasegawa T.;Sasaki M.;Hongo H.;Tsuboi K.;Shimizu T.;Ohta M.;Haraguchi M.;Takahata T.;Oda K.;Freitas PHL.;Takakura A.;Takao-Kawabata R.;Isogai Y.;Amizuka N.;村田隆
通讯作者：
村田隆