化学反応で動くRNA-ペプチド複合体の創製

通过化学反应创建 RNA-肽复合物

• 批准号: 16651108
• 负责人: 森井 孝
• 金额: $ 2.3万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2005
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16651108/
• 关键词: ナノバイオ; 核酸; 分子認識; リセプター; ケミカルバイオロジー; コンビナトリアルケミストリー; RNA; ペプチド; 構造転移

我々はすでに生体高分子RNAとペプチドをもとにして、RNAとペプチドのサブユニットから形成される機能性組織体を設計し、RNAサブユニットをライブラリー法によって機能化し、リボヌクレオペプチドリセプターを作製する方法論を開発している。本年度の研究では、(1)RNAサブユニットを機能化したリセプターをもとにして、ペプチドサブユニットをライブラリー法によって機能化し、リボヌクレオペプチドリセプターの結合能・識別能を向上させる方法論を開発した。これによって、アデノシン三リン酸(ATP)とデオキシアデノシン三リン酸(dATP)の識別が可能なRNPリセプターが得られた。(2)ATP結合性RNPリセプターのペプチドサブユニットをもとにしてStructure-based designを行い、コイルドコイル構造を有するRNP複合体を作成した。現在、コイルドコイルRNPのリガンド結合時の構造変化を解析中である。(3)構造変化を伴いながら、NADとNADHを識別するリボヌクレオペプチドの作製。T7ファージをもとにして、Revペプチドと7アミノ酸のランダム領域をループ構造として有するペプチドライブラリーを作成した。このループRevペプチドライブラリーとATP結合性RNPリセプターのRNAサブユニットから作成したRNPライブラリーをもとにして、NAD結合性RNPを得た。NADHとNADの選択性等について現在検討中である。(4)リン酸化チロシンに対するテーラーメイドリセプターを開発した。チロシンとリン酸化チロシンを識別するRNPリセプターを作成した。リン酸化チロシンおよびそのN末端側ペプチド結合加水分解遷移状態を認識するリボヌクレオペプチドリセプターの作製を試みている。

我们已经开发了一种方法来设计基于生物聚合物RNA和肽的RNA和肽亚基形成的功能组织，并通过库方法来使RNA亚基官能化，以创建核糖核肽受体。在今年的研究中，我们开发了一种方法，即（1）使用一种功能化RNA亚基的受体，并使用库方法来改善核糖核肽受体的结合和区分能力。这提供了能够区分三磷酸腺苷（ATP）和脱氧腺苷三磷酸（DATP）的RNP受体。 （2）基于结构的设计是根据ATP结合RNP受体的肽亚基进行的，以创建具有盘绕线圈结构的RNP复合物。目前，我们正在分析配体结合时盘绕螺旋型RNP的结构变化。 （3）在结构变化的同时，制备区分NAD和NADH的核糖核肽。基于T7噬菌体，创建了一个肽文库，该肽文库的随机区域是Rev肽和7个氨基酸作为环结构。基于从环路REV肽库和ATP结合RNP受体的RNA亚基创建的RNP库获得NAD结合RNP。 NADH和NAD的选择性目前正在考虑。 （4）我们开发了一种用于磷酸化酪氨酸的Taylormade受体。创建了RNP受体来鉴定酪氨酸和磷酸化的酪氨酸。我们正在尝试创建核糖核肽受体，以识别磷酸化的酪氨酸及其N末端肽键水解过渡态。

项目成果

Dual DNA recognition codes of a short peptide derived from the basic leucine zipper protein EmBP1.

源自基本亮氨酸拉链蛋白 EmBP1 的短肽的双 DNA 识别码。

• 发表时间: 2005
• 期刊: Bioorg. Med. Chem. 13
• 作者: 杉村和久(他;2名);T.Morii
• 通讯作者: T.Morii