D-アミノ酸からなる機能性スモールプロテインのコンビナトリアル創製

由 D-氨基酸组成的功能性小蛋白的组合创造

• 批准号: 14658189
• 负责人: 森井 孝
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 2003
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14658189/
• 关键词: タンパク質デザイン; D-アミノ酸; ケミカルライブラリー; コンビナントリアル・ケミストリー; DNA認識; 分子認識; ライブラリー; コンビナトリアル・ケミストリー

任意のDNA塩基配列を認識しうるD-スモールプロテインを得るために、(1)DNAを認識するD-アミノ酸からなるヘリックス中(約20アミノ酸)の同一表面に存在することが期待される5アミノ酸をランダム化し、第一段階のD-オリゴペプチドライブラリーとする、(2)セカンドサブユニットとして、すでにどのようなDNA塩基配列に適合するかが明らかになっているもう一つの認識ヘリックスと二量体形成部位を導入することにより、異種二量体としてDNA結合能を有する機能性スモールプロテインライブラリーに変換する、(3)このライブラリーを目的とするDNA配列に対してスクリーニングし、目的とする塩基配列を認識するD-ペプチド配列を決定する、という戦略をたてた。ロイシンジッパータンパク質GCN4のDNA認識ヘリックスを基にStructure-based Designを行い、DNA塩基配列の認識に関わると考えられる5箇所のアミノ酸をそれぞれアラニン、アルギニン、スレオニン、アスパラギン、セリンを用いてランダム化したD-ペプチドライブラリーを構築した。このライブラリーに対して天然型GCN4ペプチド(23アミノ酸)をセカンドサブユニットとして用いてジスルフィド結合により化学修飾し、DNAとの親和性を高めた後、特定のDNA配列に対する結合を指標としてスクリーニングを行い、目的の塩基配列を認識するD-ペプチド配列を決定することを試みた。天然のGCN4が認識するDNA配列に対してランダム化したL-ペプチドライブラリーを用いてスクリーニングしたところ、ほぼ天然のものと同じアミノ酸配列が得られることがわかったことから、この戦略の妥当性が示された。現在D-ペプチドライブラリーを用いて、スクリーニングを行っている。

Arbitrary DNA base arrangement しうるD-スモールプロテインを得るために、(1)DN AをKnowing D-アミノ草からなるヘリックス中(about 20アミノAcid) has the same surface.ることがLooking forward to される5アミノ acid をランダム化し、The first stage of のD-オリゴペプチドライブラリーとする、(2)セカンドサブユニットとして、すでにどのようなDNA base alignment合するかが明らかになっているもう一つのcognitionヘリックスと二级体的组　INTRODUCTIONするこThe DNA binding ability of the heterogeneous two-dimensional body is the same as the functional oneこのライブラリーをpurpose とするDNA arrangement に対してスクリーニングし、Purpose とする婩组arrayをUnderstanding するD-ペプチドarray をDecision する、という戦strategyをたてた. Structure-based structure-based Design を行い、DNA base arrangement の关わると考えられる5箇sho のアミノ acid をそれぞれアラニン、アルギニン、スレオニン、アスパラギン、セリンを用いてランダム化したD-ペプチドライブラリーを CONSTRUCTION した.このライブラリーに対して natural type GCN4 ペプチド (23アミノ acid) をセカンドサブユニットとして uses いてジスルフィド combined with により chemical modification し, DNA とのPRO After the harmonious nature is high, the specific DNA arrangement is combined and the index is used.を行い、Purposeの婩组arrayをKnowledgeするD-ペプチド配arrayをdeterminationすることをtrialみた. Natural GCN4 recognition and DNA alignment and transformationしたL-ペプチドライブラリーを用いてスクリーニングしたところ、ほぼnatural のものと Same as じアミノacid combination が得られることがわかったことから、この戦strategyのappropriateness がshowされた. Now D-ペプチドライブラリーを uses いて, スクリーニングを行っている.

项目成果

T.Morii: "Ribonucleopeptides : functional RNA-peptide complexes"Biopolymers. 76. 66-68 (2004)

T.Morii：“核糖核酸肽：功能性 RNA-肽复合物”生物聚合物。

T.Morii: "In Vitro Selection of ATP-binding Receptors Using a Ribonucleopeptide Complex"J. Am. Chem. Soc.. 124. 4617-4622 (2002)

T.Morii：“使用核糖核酸肽复合物体外选择 ATP 结合受体”J。

T.Morii: "Functional Reassembly of a Split Ph Domain"J.Am.Chem.Soc.. 124. 5000-5004 (2003)

T.Morii：“分裂 Ph 结构域的功能重组”J.Am.Chem.Soc.. 124. 5000-5004 (2003)

T.Morii: "Regulatory interaction of sodium channel IQ-motif with calmodulin C-terminal lobe"Riochem.Biophys.Res.Commun.. 307. 290-296 (2003)

T.Morii：“钠通道 IQ-基序与钙调蛋白 C 末端叶的调节相互作用”Riochem.Biophys.Res.Commun.. 307. 290-296 (2003)

T.Morii: "A General Strategy to Determine a Target DNA Sequence of Short Peptide : Application to a D-Peptide"J. Am. Chem. Soc.. 124. 180-181 (2002)

T.Morii：“确定短肽目标 DNA 序列的一般策略：在 D 肽中的应用”J。