無酸素条件下における新規結晶化法の開発
無酸素条件下における新規結晶化法の開発
批准号:
18657036
负责人:
千田 俊哉
金额:
$1.92万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份:
2006
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2006 至 2007
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これまでの実験から、無酸素条件下の結晶化では、サンプル状態の的確な把握が重要であることが明らかになった。特に酸化還元に関与するタンパク質の場合、酸化還元状態の違いが結晶化に大きな影響を与える。そこで無酸素チャンバー内で分光測定が簡便に行えるようなシズテムが必要なため、チャンバー内でのUV-vis吸収スペクトルの測定結果をチャンバー外のPCに転送可能なシステムを構築した。無酸素条件下で作成した結晶を外部に持ち出す際には、ガラス製のディプレッショングラスに真空グリース(Apiezon社製)を用いて封をすることで、長期間(1週間以上)安全に持ち出せることがわかった。この方式を用いればチャンバー外部の顕微鏡等で色、形状等の詳しい観察が容易になる。ガラスの材質を変更すれば、無酸素状態を保ったまま結晶の分光測定を可能にするセルを作成する事ができると考えられた。今年度はフェレドキシン-フェレドキシン還元酵素系以外への応用として、鉄硫黄クラスターを含むtRNA修飾酵素(SAM)を用いて、無酸素条件下で鉄硫黄クラズター再構成、結晶化を試み、これらを成功させた。これに加え、D-アスパラギン酸酸化酵素(DDO)の結晶化を嫌気条件下で行い、結晶を得る事に成功した。対照実験として行った酸素存在下での結晶化と比較したところ、嫌気条件下での結晶化のほうが再現性よく結晶が得られる事が判明した。これは、タンパク質に対する酸化ストレズの低下が主たる原因と考えられるが、詳しくは更に分析を進める必要がある。更に、無酸素条件下で得たDDOの結晶を用いて結晶構造決定に成功した。いくつかの反応中間体結晶も無酸素条件下で作成し構造決定した。
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DOI:
10.1107/s1744309107009992
发表时间:
2007-04-01
期刊:
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS
影响因子:
0.9
作者:
[Senda, Miki, Kishigami, Shinya, Senda, Toshiya]
通讯作者:
Senda, Toshiya
Crystallization and preliminary X-ray analysis of the Rieske-type [2Fe-2S] ferredoxin component of biphenyl dioxygenase from Pseudomonas sp. Strain KKS102.
假单胞菌联苯二加氧酶的 Rieske 型 [2Fe-2S] 铁氧还蛋白组分的结晶和初步 X 射线分析。
DOI:
--
发表时间:
2006
期刊:
Acta Crystallographica section F 62
影响因子:
--
作者:
[M.Senda, S.Kumura, S.Kishigami, T.Senda]
通讯作者:
T.Senda
Crystallization and preliminary crsytallographic analysis of a haloalkane dehalogenase, DbjA, from Bradyrhizobium japonicum USDA110.
来自日本慢生根瘤菌 USDA110 的卤代烷脱卤酶 DbjA 的结晶和初步晶体学分析。
DOI:
--
发表时间:
2006
期刊:
Acta Crystallographica section F 63
影响因子:
--
作者:
[Y.Sato, R.Natsume, M.Tsuda, J.Damborsky, Y.Nagata, T.Senda]
通讯作者:
T.Senda
フェレドキシン還元酵素とフェレドキシンの複合体構造と酸化還元依存的親和性調節機構の解明
阐明铁氧还蛋白还原酶和铁氧还蛋白的复杂结构以及氧化还原依赖性亲和力调节机制
DOI:
--
发表时间:
2007
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Y.Sato, R.Natsume, M.Tsuda, J.Damborsky, Y.Nagata, T.Senda, 千田 美紀]
通讯作者:
千田 美紀
DOI:
10.1016/j.jmb.2007.07.024
发表时间:
2007-10-05
期刊:
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
影响因子:
5.6
作者:
[Suzuki, Yoko, Noma, Akiko, Nureki, Osamu]
通讯作者:
Nureki, Osamu
共 7 条
LysR型転写制御因子CbnRの4次構造変化メカニズムの構造学的解明
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批准号:23K23827
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$3.33万
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财政年份:2024
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
Mechanistic study of quaternary structure changes of a LysR- type transcriptional regulator
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批准号:22H02563
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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资助金额:$10.82万
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财政年份:2022
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
物理化学的解析に適した高分子量型クロマチン因子群の大量発現系の開発
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批准号:21657030
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项目类别:Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
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资助金额:$1.92万
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财政年份:2009
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
HIRAーヒストン複合体の立体構造解析に基づいたヌクレオソーム構造変換機構の解明
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批准号:20051031
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$3.84万
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财政年份:2008
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
2原子酸素添加酵素の反応中間体結晶構造に基づいた触媒反応機構解析
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批准号:15770077
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项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额:$1.6万
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财政年份:2003
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
gp120のX線結晶構造解析とその立体構造に基づいたHIV感染メカニズムの解明
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批准号:12035207
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$0.96万
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财政年份:2000
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
gp120のX線結晶構造解析とその立体構造に基づいたHIVの感染メカニズムの解明
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批准号:11161213
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$0.96万
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财政年份:1999
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
結晶構造解析によるノンヘム鉄を含む2原子酸素添加酵素LigABの反応機構解析
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批准号:11780425
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$1.41万
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财政年份:1999
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
gp120のX線結晶構造解析とその立体構造に基づいたHIV感染メカニズムの解明
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批准号:10180210
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$1.79万
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财政年份:1998
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
放線菌の細胞間情報伝達物質A-factorの受容体のX線結晶構造解析
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批准号:09780543
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$1.54万
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财政年份:1997
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
立体構造に基づいた2原子酸素添加酵素の反応機構の解明
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批准号:08780556
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.7万
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财政年份:1996
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
ヒト大腸癌におけるIa抗原,DNAおよびリンパ球サブセットの検討
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批准号:04770905
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1992
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负责人:千田 俊哉
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依托单位:
海外基金