デジタル ゲノム スキャニング法の開発と胃癌関連遺伝子探索への応用

数字基因组扫描方法开发及应用寻找胃癌相关基因

• 批准号: 19659344
• 负责人: 時野 隆至
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: Sapporo Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19659344/
• 关键词: 癌; ヒトゲノム; 遺伝子増幅; 遺伝子欠失; 癌(がん)

癌遺伝子の増幅や癌抑制遺伝子の欠失を伴う染色体変化は癌細胞の特徴である.本研究では短いゲノム断片を解析しゲノム上のDNAコピー数以上を示す領域を検出する方法としてデジタルゲノムスキャニング(DGS: Digital Genome Scanning)法を開発し,胃癌細胞株におけるゲノムコピー数異常の検出を試みた.DGS法を利用して,ヒト胃癌細胞株においてKRASCACNAIC (calcium channel, viltage-dependent, 1 type, alpha-1c subunit)を含む2つの約500kbのゲノム領域を染色体12p12.1と12p13.33に同定した.KRAS遺伝子増幅を有する胃癌細胞株では,KRASのmRNAおよびタンパクレベルはKRAS遺伝子コピー数とよく相関していた.正常型KRASが遺伝子増幅した胃癌細胞では,血清刺激後に高レベルのGTP-KRASおよびリン酸化p44/42が検出された.一方,変異型KRASが遺伝子増幅した別の胃癌細胞では,恒常的に高レベルの活性型KRASおよびp44/42が検出された.この結果は,細胞増殖において正常型KRASの遺伝子増幅が無刺激条件下で選択優位性をもたらすのみならず,増殖因子刺激や高栄養環境の条件では点変異KRAS遺伝子と同様に著しい選択優位性を獲得可能なことを強く示唆している.以上より,DGS法は癌を代表とするゲノムコピー数異常を呈する疾患の原因遺伝子探索において有効な手法となりうることを実証した.

The characteristics of cancer cells and the loss of cancer suppressors are associated with chromosomal changes and the characteristics of cancer cells. This study is based on short fragments of cancer cells. Analysis of the DNA code above the number of the field and the method of analyzing the DNA code (DGS: Digital Genome Scanning) method is used to detect abnormal gastric cancer cell lines, and the number of gastric cancer cell lines is abnormal. viltage-dependent, 1 type, alpha-1c subunit)をContains 2つのAbout 500kbのゲノムfieldをChromosome 12p12.1と12p13.33に同定した.KRAS 缝子increased を有するgastric cancer cell line では, KRAS のmRNAおよびタンパクレベルは KRAS 缝子コピーnumber とよくrelated していた.Normal KRAS が缝子increased したgastric cancer cells では, serum stimulated high レベルのGTP- KRAS およびリン acidified p44/42が検出された. One side, 変 heterogeneous KRAS が缝子increase width したdifferentのgastric cancer cells では, Constantly high activity type KRAS およびp44/42が検出された.このRESULTは, cell proliferation においてnormal type K The reason why RAS is amplified is that it can be selected under non-stimulating conditions, and the growth factors can be stimulated under conditions of high breeding environment. The difference between KRAS and KRAS is that it is possible to select the superiority of the original KRAS. The above is the DGS method.を stands for とするゲノムコピーnumber abnormality を成するdiseaseのcauses においてeffective techniques となりうることを実证した.

项目成果

LINE-1 hypomethylation is associated with increased CpG island methylation in Helicobactor pylori-related enlarged-fold gastritis.

在幽门螺杆菌相关的肥大性胃炎中，LINE-1 低甲基化与 CpG 岛甲基化增加相关。

• 发表时间: 2008
• 期刊: C a n c e r E p i d e m i o l B i o m a r k e r s P r e v 17(10)
• 作者: Yamamoto E;Toyota M;Suzuki H;Kondo Y;Sanomura T;Murayama Y;Ohe-Toyota M;Muruyama R;Nojima M;Ashisa M;Fujii K;Sasaki Y;Hayashi N;Mori M;Imai K;Tokino T;Shinomura Y
• 通讯作者: Shinomura Y

Cytoplasmic RASSF2A is a pro-appoptotic mediator whose expression is epigenetically silenced in gastric cancer.

细胞质 RASSF2A 是一种促凋亡介质，其表达在胃癌中被表观遗传沉默。

• 发表时间: 2008
• 期刊: C a r c i n o g e n e s i s 29(7): 29(7)
• 作者: Maruyama R;Akino K;Toyota M;Suzuki H;Imai T;Ohe-Toyota M;Yamamoto E;Nojima M;Fujikane;Sasaki Y;Yamashita T;Watanabe Y;Hiratsuka H;Hirata K;Itoh F;Imai K;Shinomura Y;Tokino T
• 通讯作者: Tokino T

Prediction of p53 target genes based on integrative analysis of chromatin-immunoprecipitated and sequenced tags, by using Galaxy, a web-based interactive platform for large-scale genome analysis.

使用 Galaxy（一种用于大规模基因组分析的基于网络的交互式平台），基于染色质免疫沉淀和测序标签的综合分析来预测 p53 靶基因。

• 发表时间: 2008
• 期刊: Tumor Research 43
• 作者: Mita H;et al
• 通讯作者: et al

Gene amplification and overexpression of PRDM14 in breast cancers

• DOI: 10.1158/0008-5472.can-06-4111
• 发表时间: 2007-10-15
• 期刊: CANCER RESEARCH
• 影响因子: 11.2
• 作者: Nishikawa, Noriko;Toyota, Minoru;Tokino, Takashi
• 通讯作者: Tokino, Takashi

In vitro transformation of adult rat hepatic progenitor cells into pancreatic endocrine hormone-producing cells

• DOI: 10.1007/s00534-007-1252-3
• 发表时间: 2008-05-01
• 期刊: JOURNAL OF HEPATO-BILIARY-PANCREATIC SURGERY
• 作者: Kawasaki, Hiroyuki;Mizuguchi, Toru;Hirata, Koichi
• 通讯作者: Hirata, Koichi