マウス抗ダンシル抗体のFvフラグメントのダンシル複合体のX線結晶構造解析
小鼠抗丹酰抗体Fv片段丹酰复合物的X射线晶体结构分析
基本信息
- 批准号:07457526
- 负责人:
- 金额:$ 3.84万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for General Scientific Research (B)
- 财政年份:1995
- 资助国家:日本
- 起止时间:1995 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
抗体のFvフラグメントは抗原の認識を直接担い、可変領域の軽鎖のV_Lドメインと重鎖のV_Hドメインから成る。マウス抗ダンシル抗体のFvフラグメントにダンシルリジン(ε-dansyl-L-lysine)の抗原ハプテンを結合させた複合体の立体構造を、X線結晶構造解析によって解析し、その抗原認識の機構と抗原結合に伴う構造変化の詳細を明らかにすることを本研究の目的とした。X線結晶構造解析では、Fvのみのネ-ティブ結晶として2.8Mの硫酸アンモニウムを母液とする高濃度型の結晶、2.8Mの硫酸アンモニウム母液の低濃度型の結晶、および、3.0Mのギ酸ナトリウムからの結晶について構造を精密化した。複合体としてはPEGからの結晶と硫酸アンモニウムからの結晶の構造を精密化した。これら解析の分解能は1.6Aから1.9Aであり、抗体の構造研究では最高の分解能を達成した。複合体では、抗原結合を担う相補性決定部位(CDR)の構造がネ-ティブ分子に比して大きく変化し、ドメインの配置も約6度と顕著に変化している。抗原ハプテンの認識の機構は、今回解析した抗ニトロフェノール抗体とは異なり、CDR部位の柔軟性と構造可変性によっている。とくに、CDRでの構造変化はネ-ティブ分子でも見出され、Fv分子が存在する溶液環境のイオン強度の差異でも発現するCDR部位の動的な性質を反映している。このような5種の結晶構造での多型性は、今回報告したRNaseU_2で見出した構造多型性とも異なる様式であり、抗体構造に関する動的構造の全く新規な知見を得た。本研究の成果は、動的蛋白質構造の国際シンポジウム、蛋白質構造討論会、日本生化学会および日本薬学会の年会で発表した。詳細な知見を蛋白質データバンク(PDB)に登録公表し、直ちに論文発表とすることにしている。
The antibody Fv profile is directly related to the antigen recognition, and the variable domain V_L profile is related to the re-locking V_H profile. The purpose of this study is to clarify the stereostructure and X-ray crystallographic analysis of the antigen-binding complex of the antigen-specific antibody Fv sequence and the structure of the antigen-binding complex of ε-dansyl-L-lysine. X-ray crystal structure analysis: crystal of high concentration type, crystal of low concentration type, crystal of high concentration, crystal of high concentration, crystal The structure of the complex is refined by the crystallization of PEG. The highest resolution energy was achieved in the study of antibody structure. The structure of the complementary determining region (CDR) of the complex is different from that of the antigen binding molecule, and the configuration of the CDR is about 6 degrees. The mechanism of antigen recognition is different from that of anti-CDRs, and the flexibility and structural flexibility of CDRs are different. The structural changes of CDR are reflected in the dynamic properties of CDR sites due to differences in the strength of solution environments in which Fv molecules exist. The structural polymorphism of five kinds of crystal structures is reported in this paper. The structural polymorphism of five kinds of crystal structures is reported in this paper. The structural polymorphism of five kinds of crystal structures is reported in this paper. The results of this research were presented at the International Conference on Protein Structure, the Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society and the Japanese Pharmaceutical Society. For more information, see Protein Data Base (PDB), Register, and Report.
项目成果
期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
野口修治 他: "Crystal Structure of Ustilago sphaerogena Ribonuclease U_2 at 1.8 A Resolution." Biochemistry. 34. 15583-15591 (1995)
Shuji Noguchi 等人:“1.8 A 分辨率下的球形黑粉菌核糖核酸酶 U_2 的晶体结构。生物化学”34。15583-15591 (1995)
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- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
野口修治 他: "Crystallization and Preliminary X-ray Investigation of Six New Crystal Forms of Ribonuclease U_2 from Ustilago sphaerogena." J. Crystal Growth. (印刷中). (1996)
Shuji Noguchi 等人:“来自乌粉菌的核糖核酸酶 U_2 的六种新晶体形式的结晶和初步 X 射线研究”(J. Crystal Growth)(出版中)。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
佐藤能雄: "“続医薬品の開発"第17巻「薬物の構造解析」(荒田洋治編集)" 廣川書店, 222(66-97) (1995)
佐藤义夫:“‘连续药品的开发’第17卷‘药物的结构分析’(新田洋二编辑)”广川书店,222(66-97)(1995)
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- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
水谷隆太 他: "Three-dimensional Structures of the Fab Fragment of Murine NlG9 Antibody from the Primary Immune Response and of Its Complex with(4-Hydroxy-3-nitrophenyl)acetate." J. Mol. Biol.254. 208-222 (1995)
Ryuta Mizutani 等人:“来自初级免疫反应的鼠 NlG9 抗体及其与 (4-羟基-3-硝基苯基)乙酸酯的 Fab 片段的三维结构。J. Mol.254”。 -222 (1995)
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- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
水谷隆太 他: "Crystallization and Crystallograpgic Studies on Fab Fragments on Anti-Nitrophenol Antibodies from Primary and Secondary Immune Responses" J. Crystal Growth. (印刷中). (1996)
Ryuta Mizutani 等人:“初级和次级免疫反应中抗硝基苯酚抗体的 Fab 片段的结晶和晶体学研究”J. Crystal Growth(出版中)。
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