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吸血性節足動物ゲノムに組み込まれた微生物由来遺伝子の検出とその機能的意義の検証

整合到吸血节肢动物基因组中的微生物源基因的检测及其功能意义的验证

基本信息

批准号：
24880003
负责人：
中尾亮
金额：
$ 1.91万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012-08-31 至 2014-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-24880003/
关键词：
遺伝子水平伝播吸血性節足動物ベクターツェツェバエ BLSOM

项目摘要

ゲノムデータベース上に公開されているツェツェバエ（Glossina morsitans morsitans）のスキャホールド配列情報を用いて、ハエゲノム内に組み込まれた微生物由来遺伝子の検出を試みた。ゲノム配列を5 kb長に断片化し、全ゲノム情報が公開されている微生物（細菌・真菌群）のゲノム配列と共に一括学習型自己組織化地図マップ法(Batch-Learning Self-Organizing Map, BLSOM)により解析した。その結果、ツェツェバエ由来配列の約5%（67,654配列中3,901配列）が微生物由来配列と共にクラスタリングされ、微生物から水平伝播によって伝わった遺伝子候補として検出された。それらの外来遺伝子候補の由来微生物を門レベルで分類したところ、フィルミクテス門、プロテオバクテリア門、バクテロイデス門の細菌群が上位を占め、特にフィルミクテス門は全体の約半数を占めた。先行研究では、ツェツェバエの共生細菌として知られるWolbachia属細菌の短い遺伝子断片（16S rRNA遺伝子、fbpA遺伝子、wsp遺伝子）がハエゲノム内に取り込まれていることがPCR法により偶発的に発見されている(BMC Microbiol. 2012)。一方、本研究では、5 ～ 40 kbの長い遺伝子断片が外来遺伝子候補としてゲノム配列の約5%で検出された。この結果は、ツェツェバエのゲノム進化において、共生微生物からの遺伝子資源の獲得が大きな役割を持つことを示唆している。現在、検出された外来遺伝子候補の両端の配列からその信頼性評価を行っており、タンパク質データベースを照合した機能予測解析により機能的遺伝子の特定を試みている。

In order to improve the quality of the products, we should improve the quality of the products and improve the quality of the products. 5 kb fragment length, complete database information is disclosed, microorganisms (bacteria and fungi) are identified, and a total of Batch-Learning Self-Organizing Map (BLSOM) is analyzed. About 5%(3,901 out of 67,654) of the total number of microbial origin and distribution, and about 5% of the total number of microbial origin and distribution, and about 5% of the total number of microbial origin and distribution, and about 5% of the total number of microbial origin and distribution. The bacterial groups of the alien gene candidates account for about half of the total number of bacteria in the genus, genus, genus and genus. Previous research on the symbiotic bacteria of the genus Wolbachia has revealed that the short gene fragments (16S rRNA gene, fbpA gene, and wsp gene) of the genus Wolbachia bacteria are extracted from within the genus Wolbachia and occasionally discovered by PCR (BMC Microbiol. 2012)。In this study, about 5% of the 5 - 40 kb long gene fragments were detected. As a result, the evolution of symbiotic microorganisms and the acquisition of genetic resources have been greatly improved. Now, we can find out the allocation of foreign candidate and the information evaluation of the candidate. We can also find out the information of the candidate in the function prediction analysis.

项目成果

期刊论文数量（8）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

新興感染症の先回り対策としてのマダニ保有微生物叢の網羅的解析

蜱微生物群的综合分析作为应对新发传染病的主动措施

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Muleya W;et al.;Nakayima J;邱永晋;中尾亮;中尾亮;中尾亮
通讯作者：
中尾亮

簡便なリケッチア種鑑別に向けた新しい試み

轻松鉴定立克次体菌种的新尝试

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Muleya W;et al.;Nakayima J;邱永晋;中尾亮;中尾亮
通讯作者：
中尾亮

BLSOM解析を活用したマダニ媒介性病原体の検索

使用 BLSOM 分析寻找蜱传病原体

DOI：
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
0
作者：
Muleya W;et al.;Nakayima J;邱永晋;中尾亮
通讯作者：
中尾亮

Population genetic analysis and sub-structuring of Theileria parva in the northern and eastern parts of Zambia.

DOI：
10.1186/1756-3305-5-255
发表时间：
2012-11-12
期刊：
Parasites & vectors
影响因子：
3.2
作者：
Muleya W;Namangala B;Simuunza M;Nakao R;Inoue N;Kimura T;Ito K;Sugimoto C;Sawa H
通讯作者：
Sawa H

ヤマトマダニ(Ixodes ovatus) 保有細菌叢の16SリボソームRNA遺伝子解析に基づく菌種組成解析

基于16S核糖体RNA基因分析的卵形硬蜱细菌菌群的细菌种类组成分析