次世代シークエンス技術導入によるアフリカを中心としたダニ媒介性感染症研究の新展開

引进新一代测序技术，以非洲蜱传传染病研究取得新进展

• 批准号: 23255016
• 负责人: 杉本 千尋
• 金额: $ 8.24万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2014
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-23255016/
• 关键词: 人獣共通感染症; マダニ; ゲノム; アフリカ; 原虫

国内(宮崎県、北海道)、オランダ、ガンビアでマダニ7種を採取し、メタゲノム解析を実施した。手法は、虫体を洗浄、破砕後、界面活性剤処理し、2種の孔径のフィルターでろ過し、細菌を濃縮した画分をDNA分解酵素処理して、宿主ゲノムDNAを除去した。その画分からDNAを精製し、全ゲノム増幅後、次世代シークエンサー(454FLX)で塩基配列を決定した。そのうち、300bp以上の断片を自己組織化マップ(BLSOM)法により分析し、DNA断片が由来する細菌の分類群の同定を行った。その結果、50%以上の配列が細菌由来と同定され、属レベルまでの帰属を明らかにすることができた。これと並行して、マダニホモジネートから精製したDNAを用いて細菌16Sリボソーム遺伝子の一部をPCRで増幅し、その産物を次世代シークエンサーで解析し、細菌16Sリボソーム遺伝子データベースに対してBLAST検索し、種同定を行った。いずれの解析結果においても、保有細菌叢が1)種間、2)同一種の雌雄間、3)採取地域で差があることが明らかとなった。また、BLSOM解析で人に対して病原性を有すると考えられる種を含む細菌属(Rickettsia, Chlamydia, Francilella, Leptospira等)が検出された。今後、どのような病原体が含まれるのか種レベルまで同定する必要がある。また、ザンビア、マレーシアの動物血液ならびにマダニDNAを用いてQ熱病原体(Coxiella burnettii)の保有状況を調査した結果、高率に本病原体の遺伝子が検出できた。その他のマダニ媒介性病原体のスクリーニングでは、人獣共通感染症の病原体となる種は検出できていない。

Domestic (miyazaki 県, Hokkaido), オ ラ ン ダ, ガ ン ビ ア で マ ダ ニ seven を し, メ タ ゲ ノ ム parsing を be applied し た. Gimmick は を, insect body, broken at 砕, interfacial activity after tonic 処 し, two の aperture の フ ィ ル タ ー で を ろ し, bacteria concentration し た draw points を DNA decomposition enzyme 処 Richard し て, host ゲ ノ ム DNA を remove し た. そ の draw points か ら DNA を refined し, whole ゲ ノ ム raised after painting, next generation シ ー ク エ ン サ ー (454 FLX) で salt base with column を decided し た. そ の う ち, more than 300 bp の fragment を yourself organized マ ッ プ method (BLSOM) に よ し り analysis, DNA fragment が origin す る bacteria の taxa の with fixed line を っ た. そ の results, more than 50% の match column origin と が bacteria might be さ れ, レ ベ ル ま で の 帰 genus を Ming ら か に す る こ と が で き た. こ れ と parallel し て, マ ダ ニ ホ モ ジ ネ ー ト か ら refined し た を DNA with い て bacterial 16 s リ ボ ソ ー ム heritage 伝 の a を PCR で raised し picture, そ の product を nextgen シ ー ク エ ン サ ー で parsing し, bacterial 16 s リ ボ ソ ー ム posthumous son 伝 デ ー タ ベ ー ス に し seaborne て BLAST 検 し and kinds of line with fixed を っ た. Analytical results に い ず れ の お い て も, keep bacterial flora が 1) species, 2) the same の between male and female, poor 3) take regional で が あ る こ と が Ming ら か と な っ た. ま た, analytical で BLSOM に し seaborne て pathogenicity を have す る と exam え ら れ る を contain む bacterial species (such as Rickettsia and Chlamydia, Francilella, Leptospira) が 検 out さ れ た. In the future, <s:1> <s:1> ような pathogens が containing まれる <s:1> レベ レベ まで まで will also be determined to have する necessity がある. ま た, ザ ン ビ ア, マ レ ー シ ア の animal blood な ら び に マ ダ ニ を DNA with い て Q fever pathogens (Coxiella burnettii) の retain を investigation し た results, high rate of に the pathogen の heritage 伝 son が 検 out で き た. そ の he の マ ダ ニ mediated pathogens の ス ク リ ー ニ ン グ で は, common people 獣 adapting just-in-time inventory の pathogens と な る kind は 検 out で き て い な い.

项目成果

Genotying of Ehrlichia ruminantium by multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis

通过多位点可变数量串联重复分析对反刍埃里希体进行基因分型

• 发表时间: 2011
• 作者: Funakoshi;H.;Liu;S.-C.;Kojima;H.;Ikeda;H. and Wang;J.-C.;橋本佳明・遠藤知二・市岡孝朗・兵藤不二夫・山﨑健史・坂本広道;Toshikazu Tanaka;中尾亮
• 通讯作者: 中尾亮

マダニ保有微生物叢の解明へ向けたメタゲノム解析技術の応用

应用宏基因组分析技术阐明蜱微生物群

• 发表时间: 2012
• 作者: Salim B;Bakheit MA;Salih SE;Kamau J;Nakamura I;Nakao R;Sugimoto C;中尾亮;中尾亮;中尾亮;中尾亮;中尾亮
• 通讯作者: 中尾亮

メタゲノム解析によるマダニ保有微生物叢の検索

通过宏基因组分析搜索蜱微生物群

• 发表时间: 2012
• 作者: Salim B;Bakheit MA;Salih SE;Kamau J;Nakamura I;Nakao R;Sugimoto C;中尾亮;中尾亮;中尾亮
• 通讯作者: 中尾亮

心水症に対する効果的予防戦略確立に向けEhrlichia ruminantiumの分子遺伝学的研究

反刍埃里希体的分子遗传学研究建立有效的心积水预防策略

• 发表时间: 2012
• 作者: 澤田晴雄・平尾聡秀・鎌田直人;中尾亮
• 通讯作者: 中尾亮

Effect of environmental changes on ticks and tick-borne diseases-Metagenomic approach to identify tick-borne pathogens by using ultra high throughput DNA

环境变化对蜱和蜱传疾病的影响——利用超高通量DNA鉴定蜱传病原体的宏基因组方法

• 发表时间: 2011
• 作者: Yutaka Yano;Kaoru Hamano;Masataka Satomi;Isao Tsutsui;Masatoshi Ban;Dusit Aue-umneoy;Chihiro Sugimoto
• 通讯作者: Chihiro Sugimoto