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RNAの高速構造変化と機能の関係

RNA快速结构变化与功能的关系

基本信息

批准号：
05210210
负责人：
杉本直己
金额：
$ 1.41万
依托单位：
Konan University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1993
资助国家：
日本
起止时间：
1993 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、最近接塩基対モデル(Nearest Neighbor Model)を基に、核酸構造に関与する相互作用として水素結合とスタッキングを考慮して、ワトソン・クリック型RNA塩基対の安定化エネルギーDELTAG^0を算出し、オリゴヌクレチド二重らせんの安定性を予測した。一方、オリゴヌクレオチド二重らせんの安定性を実験的に決定し、予測値と比較検討した。さらに、ワトソン・クリック型RNA塩基対からなるオリゴヌクレチド二重らせんのDELTAG^0に及ぼす非塩基対部位の影響を定量的に求めた。得られたエネルギー・パラメータの値を基に、ハンマーヘッド型リボザイム及びテトラヒメナ・リボザイムの二次構造の安定化エネルギーを算出し、リボザイムの構造と機能の関係を解明した。従来のパラメータが1M Na^+中でのものであったの対し、本研究で我々が算出したパラメータは6mM Mg^<2+>中でのものであり、実際のリボザイムの反応系での条件と同等であり、本研究での最近接塩基対パラメータの信頼性は高い。特に顕著な成果は、ハンマーヘッド型リボザイムの安定化二次構造がその自己切断活性と密接に関係することが定量的に示されたことである。自己切断反応の最適条件である37℃における計算結果は、実験から求められた二次構造をよく再現した。一方、反応があまり進行しない10℃における二次構造の結果は、37℃のものとはかなり異なった様相を呈した。特に顕著な違いは、切断部位がマルチブランチ領域ではなく、ステム領域になることである。この結果は、切断部位が二重らせん部位にあると、ハンマーヘッド型リボザイムの反応は進行しないことを示唆するものである。

In this study, we considered the interaction between the Nearest Neighbor Model (Nearest Neighbor Model) and the structure of nucleic acids, calculated the stability of the Nearest Neighbor Model RNA base, and predicted the stability of the Nearest Neighbor Model RNA base. One side, two sides, stability, prediction and comparison. To determine the quantitative effects of the two pairs of deltas and non-deltas on the expression of RNA. The relationship between the stability of the secondary structure and the structural function of the secondary structure is explained. In this study, we calculated that the conditions for the reaction system of the most recent base pairs were the same, and the reliability of the most recent base pairs was high. Special attention should be paid to the stability of secondary structures, such as the separation of active and reactive components. The optimum condition for cutting off the reverse flow is 37℃. The calculation results show that the secondary structure is reproduced. The results of the secondary structure at 10℃ and 37℃ are different. Special The result is that the cutting position is divided into two parts.