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RNAの高速構造変化と機能の関係

RNAの高速構造変化と機能の関係
RNA快速结构变化与功能的关系
批准号：
05210210
负责人：
杉本 直己
金额：
$1.41万
依托单位：
Konan University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1993
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
1993 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05210210/
关键词：
核酸の二次構造核酸の安定化エネルギーリボザイム最近接塩基対モデルアンチセンス法核酸のエネルギー・パラメータ

项目摘要

项目成果

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英文摘要
本研究では、最近接塩基対モデル(Nearest Neighbor Model)を基に、核酸構造に関与する相互作用として水素結合とスタッキングを考慮して、ワトソン・クリック型RNA塩基対の安定化エネルギーDELTAG^0を算出し、オリゴヌクレチド二重らせんの安定性を予測した。一方、オリゴヌクレオチド二重らせんの安定性を実験的に決定し、予測値と比較検討した。さらに、ワトソン・クリック型RNA塩基対からなるオリゴヌクレチド二重らせんのDELTAG^0に及ぼす非塩基対部位の影響を定量的に求めた。得られたエネルギー・パラメータの値を基に、ハンマーヘッド型リボザイム及びテトラヒメナ・リボザイムの二次構造の安定化エネルギーを算出し、リボザイムの構造と機能の関係を解明した。従来のパラメータが1M Na^+中でのものであったの対し、本研究で我々が算出したパラメータは6mM Mg^<2+>中でのものであり、実際のリボザイムの反応系での条件と同等であり、本研究での最近接塩基対パラメータの信頼性は高い。特に顕著な成果は、ハンマーヘッド型リボザイムの安定化二次構造がその自己切断活性と密接に関係することが定量的に示されたことである。自己切断反応の最適条件である37℃における計算結果は、実験から求められた二次構造をよく再現した。一方、反応があまり進行しない10℃における二次構造の結果は、37℃のものとはかなり異なった様相を呈した。特に顕著な違いは、切断部位がマルチブランチ領域ではなく、ステム領域になることである。この結果は、切断部位が二重らせん部位にあると、ハンマーヘッド型リボザイムの反応は進行しないことを示唆するものである。
期刊论文(8)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Naoki Sugimoto: "Bffect of GA and AA mismatches on interaclions between substrale RNA and active site of ribozyme" Chemlstry Express. 8. 613-616 (1993)
Naoki Sugimoto：“GA 和 AA 错配对底 RNA 和核酶活性位点之间相互作用的影响”Chemlstry Express。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Naoki Sugimoto: "Relationship between catalytic activity and secondary stnicture of a hammerhead ribozyme:a study by using thermodynamic parameters for RNA structure prediction" Supramotecular Chemistry. 2. 99-102 (1993)
Naoki Sugimoto：“锤头核酶的催化活性和二级结构之间的关系：利用热力学参数进行 RNA 结构预测的研究”超分子化学。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Naoki Sugimoto: "Secondary structures of wild-type and mutant hairpin ribozymes" Reports on Progress in Polymer Physics in Japan. 36. 725-728 (1993)
Naoki Sugimoto：“野生型和突变型发夹核酶的二级结构”报告日本高分子物理学进展。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Naoki Sugimoto: "Effect GA and AA mismatches on RNA double-helix" Chemistry Express. 8. 309-312 (1993)
Naoki Sugimoto：“GA 和 AA 错配对 RNA 双螺旋的影响”Chemistry Express。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
共 6 条
    Quantitative prediction of nucleic acid structures and functions affected by spaciotemporal environmental factors in cells
    • 批准号：
      22H04975
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
    • 资助金额：
      $126.3万
    • 财政年份：
      2022
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University
    Quantitative analysis of rRNA foding triggered by specific molecular crowding in nucleolus
    • 批准号：
      19F19337
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.41万
    • 财政年份：
      2019
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University
    Analysis and regulation of non-canonical nucleic acids under intracellular conditions
    • 批准号：
      18KK0164
    • 项目类别：
      Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
    • 资助金额：
      $11.4万
    • 财政年份：
      2018
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University
    Development of tunable aptamers derived from natural riboswitches for making genetic control devices
    • 批准号：
      15F15345
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.47万
    • 财政年份：
      2015
    • 负责人：
      杉本 直己
    • 依托单位：
      Konan University