开发源自天然核糖开关的可调适体，用于制造遗传控制装置-猫眼课题宝

开发源自天然核糖开关的可调适体，用于制造遗传控制装置

批准号：

15F15345

负责人：

杉本直己

金额：

$1.47万

依托单位：

Konan University

依托单位国家：

日本

项目类别：

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

财政年份：

2015

资助国家：

日本

项目状态：

已结题

起止时间：

2015-11-09 至 2018-03-31

来源：

https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-15F15345/

关键词：

分子クラウディング RNA 高次構造相互作用エンタルピーエントロピー翻訳抑制リボスイッチアプタマー FMN ＦＭＮ

项目摘要

项目成果

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本研究では、天然に存在する遺伝子の発現調節に関わるRNAを研究対象とし、特定の分子との相互作用に伴うRNAの構造変化や、相互作用における物理化学的なパラメータ（結合親和性、結合速度定数、解離速度定数など）を定量的に解析する。平成29年度は、以下の2つの研究課題を中心に進めた。（１）分子クラウディング環境下におけるFMNリボスイッチとFMNとの相互作用解析F. nucleatumに由来するFMNリボスイッチのアプタマードメイン（FMNアプタマー）をin vitroで転写合成し、細胞内環境を模倣した分子クラウディング環境下において、FMNとの相互作用における物理化学的なパラメータを種々の実験手法を用いて解析した。その結果、分子クラウディング環境下でのFMNアプタマーとFMNとの相互作用は、induced fitタイプの相互作用様式を示し、希薄溶液条件下での相互作用様式とは大きく異なることが示唆された。（２）細胞内におけるRNA四重鎖構造の形成と翻訳反応への影響を評価する新手法の開発mRNA上での四重鎖構造の形成が翻訳反応に及ぼす影響を評価するために、2種類のタンパク質が同一mRNAから翻訳されるレポーター遺伝子を設計した。本研究では、二次構造と四重鎖構造を競合して形成し得る癌遺伝子mRNAの5′非翻訳領域に由来する配列を用いて評価を行った。その結果、二次構造と四重鎖構造とが競合する配列の場合には、二次構造が有意に形成されることで、四重鎖構造を介した翻訳反応の抑制が現れてこない可能性が示された。

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会议论文

Novel function of tRNA: A regulator of oncogenes expression through switching hairpin-G-quadruplex equilibrium

tRNA 的新功能：通过切换发夹-G-四链体平衡调节癌基因表达

DOI： --

发表时间： 2016

期刊：

影响因子： --

作者：

[Ambadas B. Rode, Tamaki Endoh, Naoki Sugimoto]

通讯作者： Naoki Sugimoto

tRNA enhances the oncogene expression through modulation of Hairpin-G-quadruplex conformational equilibrium in RNA

tRNA 通过调节 RNA 中发夹-G-四链体构象平衡来增强癌基因表达

DOI： --

发表时间： 2017

期刊：

影响因子： --

作者：

[A. B. Rode, T. Endoh, N. Sugimoto]

通讯作者： N. Sugimoto

Nucleic Acids Chemistry beyond the Watson-Crick Double Helix (15): Effect of Molecular Crowding on Thermodynamics of Riboswitch Aptamer-FMN Binding in Absence of Divalent Cation

沃森-克里克双螺旋之外的核酸化学 (15)：在没有二价阳离子的情况下，分子拥挤对核糖开关适体-FMN 结合热力学的影响

DOI： --

发表时间： 2016

期刊：

影响因子： --

作者：

[A. B. Rode, T. Endoh, and N. Sugimoto]

通讯作者： and N. Sugimoto

Novel function of tRNA: A modulator of functionally important RNA G-quadruplex conformatinal equillibria in 5 UTR of human oncogenes

tRNA 的新功能：人类癌基因 5 UTR 中功能重要的 RNA G 四链体构象平衡的调节剂

DOI： --

发表时间： 2016

期刊：

影响因子： --

作者：

[Shuntaro Takahashi, Tamaki Endoh, Ambadas B. Rode, Naoki Sugimoto, Ambadas B. Rode]

通讯作者： Ambadas B. Rode

Understanding of intracellular multimolecular crowding from interaction between RNA and small molecule

从RNA与小分子相互作用理解细胞内多分子拥挤

DOI： --

发表时间： 2017

期刊：

影响因子： --

作者：

[T. Endoh. A. B. Rode, and N. Sugimoto]

通讯作者： and N. Sugimoto

共 13 条

Quantitative prediction of nucleic acid structures and functions affected by spaciotemporal environmental factors in cells

批准号：

22H04975
项目类别：

Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
资助金额：

$126.3万
财政年份：

2022
负责人：

杉本直己
依托单位：

Konan University

Quantitative analysis of rRNA foding triggered by specific molecular crowding in nucleolus

批准号：

19F19337
项目类别：

Grant-in-Aid for JSPS Fellows
资助金额：

$1.41万
财政年份：

2019
负责人：

杉本直己
依托单位：

Konan University

Analysis and regulation of non-canonical nucleic acids under intracellular conditions

批准号：

18KK0164
项目类别：

Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
资助金额：

$11.4万
财政年份：

2018
负责人：

杉本直己
依托单位：

Konan University