核仁中特定分子拥挤引发的 rRNA 合成的定量分析-猫眼课题宝

核仁中特定分子拥挤引发的 rRNA 合成的定量分析

批准号：

19F19337

负责人：

杉本直己

金额：

$1.41万

依托单位：

Konan University

依托单位国家：

日本

项目类别：

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

财政年份：

2019

资助国家：

日本

项目状态：

已结题

起止时间：

2019-11-08 至 2022-03-31

来源：

https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19F19337/

关键词：

DNA二重鎖構造安定性熱力学分子クラウディング安定性予測

项目摘要

项目成果

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本研究では細胞核内に存在する核小体で起こるリボソームRNA(rRNA)の形成における分子環境の効果を定量的に解析することを目的とする。そのために、2021年度はRNAポリメラーゼ反応に及ぼす溶液環境の影響に関する研究を中心に行った。その結果、T7RNAポリメラーゼによるRNAの重合が溶液中の誘電率などの化学環境の変化によって、誤った基質を取り込み、変異が生じ易くなることを明らかにした。さらに、一度変異が生じると、基質の取り込みミスが次々と生じる現象も見出した。これらの結果は、溶液環境によってRNA-RNA二重鎖形成の安定性が変化することがRNAポリメラーゼの活性に大きく影響を及ぼすことを示している（Sci. Rep., 12, 1149（2022））。一方で、新型コロナウイルスの影響で2021年度は学会発表を行うことができなかった。一方で、2箇年の本研究期間によって、DNA-DNA、RNA/DNAハイブリッド、および RNA-RNA二重鎖の安定性予測を決定することができたことは特筆すべき実績である。その業績が認められ、特別研究員のGhosh博士は学会誌の執筆の招待を受け、単著で総説を発表した（日本核酸化学会誌 , 5, 8-13（2021））。さらに、これらの予測法を拡張して細胞内で活用できるようにするため、分子クラウディング環境の影響を一般化した新規予測法の開発も行った。これらの予測法はrRNAへの転写反応の鋳型配列依存的な転写速度を予測するのに不可欠であり、今後のrRNAの転写及びフォールディングの研究の進展が期待できる。

期刊论文(9)

专著(0)

科研奖励(0)

会议论文

Prediction method for DNA duplex stability in molecular crowding conditions

分子拥挤条件下DNA双链体稳定性的预测方法

DOI： --

发表时间： 2019

期刊：

影响因子： --

作者：

[S. Ghosh, S. Takahashi, T. Ohyama, T. Endoh, H. Kateishi-Karimata, N. Sugimoto]

通讯作者： N. Sugimoto

Stability prediction of DNA duplexes available under diverse molecular crowding conditions

不同分子拥挤条件下 DNA 双链体的稳定性预测

DOI： --

发表时间： 2020

期刊：

影响因子： --

作者：

[GHOSH Saptarshi, 高橋俊太郎, 大山達也, 遠藤玉樹, 建石寿枝, 杉本直己]

通讯作者：杉本直己

Nearest-neighbor parameters for predicting DNA duplex stability in diverse molecular crowding conditions

DOI： 10.1073/pnas.1920886117

发表时间： 2020-06-23

期刊：

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA

影响因子： 11.1

作者：

[Ghosh, Saptarshi, Takahashi, Shuntaro, Sugimoto, Naoki]

通讯作者： Sugimoto, Naoki

Prediction pramaters for DNA duplex stability under crowding conditions -DNA stability prediction

拥挤条件下 DNA 双链体稳定性的预测模型 -DNA 稳定性预测

DOI： --

发表时间： 2021

期刊：

日本核酸化学会誌

影响因子： --

作者：

[S. Takahashi, S. Matsumoto, P. Chilka, S. Ghosh, H. Okura, and N. Sugimoto, S. Ghosh]

通讯作者： S. Ghosh

Preferential targeting cancer-related i-motif DNAs by the plant flavonol fisetin for theranostics applications

植物黄酮醇非瑟酮优先靶向癌症相关 i-motif DNA，用于治疗诊断学应用

DOI： 10.1038/s41598-020-59343-2

发表时间： 2020

期刊：

Scientific Reports

影响因子： 4.6

作者：

[Takahashi Shuntaro, Bhattacharjee Snehasish, Ghosh Saptarshi, Sugimoto Naoki, Bhowmik Sudipta]

通讯作者： Bhowmik Sudipta

共 6 条

Quantitative prediction of nucleic acid structures and functions affected by spaciotemporal environmental factors in cells

批准号：

22H04975
项目类别：

Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
资助金额：

$126.3万
财政年份：

2022
负责人：

杉本直己
依托单位：

Konan University

Analysis and regulation of non-canonical nucleic acids under intracellular conditions

批准号：

18KK0164
项目类别：

Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
资助金额：

$11.4万
财政年份：

2018
负责人：

杉本直己
依托单位：

Konan University