利用体外选择法和combichem法开发超分子识别装置-猫眼课题宝

利用体外选择法和combichem法开发超分子识别装置

批准号：

12019269

负责人：

杉本直己

金额：

$1.28万

依托单位：

Konan University

依托单位国家：

日本

项目类别：

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)

财政年份：

2000

资助国家：

日本

项目状态：

已结题

起止时间：

2000 至 --

来源：

https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12019269/

关键词：

インビトロ選択法コンビケム法デオキシリボザイム金属イオンカルシウムイオン RNA切断 DNAチップアビジン-ビオチン相互作用

项目摘要

项目成果

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近年、遺伝子の機能を迅速かつ簡便に解明する手法である、DNAチップ法が注目を集めている。これは、相補的な核酸同士が互いに"認識"することを利用した技術である。しかしながら、"機能"を有するDNAチップの開発は未だなされていない。一方、核酸の未知の機能が次々と発見され、生体系の共有結合の切断に対して触媒機能を有するデオキシリボサイムが注目されている。このデオキシリボサイムは、金属イオンの助けを借りながら遺伝子を"認識"し、さらに切断するという"機能"を有する分子である。このような機能性分子をチップ上に固定化できれば、相補鎖認識だけでなく機能も併せ持つ機能性DNAチップとして活用できるという期待が高まっている。本研究では、短鎖デオキシリボサイムを機能性分子として捉え、核酸の"認識"と切断の"機能"を併せ持つ超分子認識素子(デオキシリボサイム素子)の開発について検討した。インビトロ選択法により見いだされたオリジナル・デオキシリボザイムの活性部位のダウンサイジングを行い、ループ内の塩基配列及び金属イオンの種類の両方により、RNA切断反応性を制御できるCa2+依存型短鎖デオキシリボサイムを開発した。この短鎖デオキシリボサイムを利用した超分子認識素子を創製するために、短鎖デオキシリボザイムの5'末端をアビジン-ビオチン相互作用を利用してAvidin Gelに固定化した。このデオキシリボザイム素子を用いてCa2+存在下でRNA(rGAAGACA_UGCCAGCG;_はRNA切断部位を示す)切断反応を行った結果、RNA切断部位はrAU間の1ヶ所を特異的に切断することがわかった。

期刊论文(7)

专著(0)

科研奖励(0)

会议论文

Jin Zou: "A role of the Trp-His interaction in the conformational switch between α-helix and β-sheet in short alanine-based peptides"J.Chem.Soc.,Perkin Trans.2. 2135-2140 (2000)

Jin Zou：“Trp-His 相互作用在短丙氨酸肽中 α-螺旋和 β-折叠之间的构象转换中的作用”J.Chem.Soc.，Perkin Trans.2 2135-2140 (2000)。

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

杉本直己: "ヒトゲノム最前線 21世紀は遺伝子の時代ゲノム化学とSNPs解析化学の果たす役割。"化学同人. 27 (2000)

Naoki Sugimoto：“人类基因组的前沿。21 世纪是基因的时代。基因组化学和 SNP 分析。化学的作用。”27 (2000)。

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

Peng Wu: "Transition characteristics and thermodynamic analysis of DNA duplex formation : a quantitative consideration for the extent of duplex association"Nucleic Acids Res.. 28. 4762-4768 (2000)

吴鹏：“DNA双链体形成的转变特征和热力学分析：双链体缔合程度的定量考虑”《核酸研究》28. 4762-4768 (2000)

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

Tatsuo Ohmichi: "Kinetic Property of Bulged Helix Formation : Analysis of Kinetic Behavior Using Nearest-Neighbor Parameters"J.Am.Chem.Soc.. 122. 11286-11294 (2000)

Tatsuo Ohmichi：“凸出螺旋形成的动力学特性：使用最近邻参数分析动力学行为”J.Am.Chem.Soc.. 122. 11286-11294 (2000)

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

Naoki Sugimoto: "Thermodynamics-Structure Relationship of Single Mismatches in RNA/DNA Duplexes"Biochemistry. 39. 11270-11281 (2000)

Naoki Sugimoto：“RNA/DNA 双链体中单个错配的热力学-结构关系”生物化学。

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

共 7 条

Quantitative prediction of nucleic acid structures and functions affected by spaciotemporal environmental factors in cells

批准号：

22H04975
项目类别：

Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
资助金额：

$126.3万
财政年份：

2022
负责人：

杉本直己
依托单位：

Konan University

Quantitative analysis of rRNA foding triggered by specific molecular crowding in nucleolus

批准号：

19F19337
项目类别：

Grant-in-Aid for JSPS Fellows
资助金额：

$1.41万
财政年份：

2019
负责人：

杉本直己
依托单位：

Konan University

Analysis and regulation of non-canonical nucleic acids under intracellular conditions

批准号：

18KK0164
项目类别：

Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
资助金额：

$11.4万
财政年份：

2018
负责人：

杉本直己
依托单位：

Konan University