ペルオキシダーゼの酸素脱着反応に伴う構造変化の結晶学的追跡

与过氧化物酶氧解吸反应相关的结构变化的晶体学追踪

• 批准号: 05244205
• 负责人: 福山 恵一
• 金额: $ 0.96万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1993
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1993 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05244205/
• 关键词: ペルオキシダーゼ; X線結晶解析; 蛋白質の立体構造; 動的構造

既にArthromyces ramosus由来のペルオキシダーゼ(ARP)の結晶構造を1.9A分解能で決定している。平成5年度は、ARPが基質である過酸化水素と反応する際どのような構造変化を起こすかを、以下に述べる2通りの方法で調べた。1。基質である過酸化水素のアナログとしてI_3^-をARPに結合させ、その構造を2.2A分解能で決定した。I_3^-はヘムの遠位側に結合し、これに伴って遠位ヒスチジン(His56)のイミダゾール環は大きく回転した。この回転は、過酸化水素がヘムに結合した際、His56が過酸化水素の一方の水素を一方の酸素原子から他方の酸素原子へ移動するのに好都合であるといえる。一方アルギニン残基はI_3^-の結合によりほとんど動かず、この残基は過酸化水素を一定の配向に保つ役割をしていると考えられた。2。ARPの反応中間体の構造を明らかにすることを目指し、ARP結晶をラウエ法で評価した。高エネルギー物理学研究所の放射光を利用し、ラウエカメラを用いて、回折パターンをイメージングプレート上に記録した。十ミリ秒の露出で、少なくとも2.5A分解能まで、明瞭な回折点を与えた。このようにして合計4枚のイメージングプレート上に記録した回折強度と、精密化構造から求めた位相から計算した電子密度は、ややノイズはあるものの、解釈可能であった。これによりARP結晶がラウエ法で酵素反応を追跡できる可能性が得られた。

The crystal structure of Arthromyces ramosus is determined by 1.9A decomposition energy. In 2005, the structural changes in the hyperacidified water and groundwater in the ARP matrix were carried out through the following two methods. 1。The structure of the matrix can be determined by the decomposition energy of the super-acidified water element. I_3^-The distal side of the head is combined with the distal side of the head (His56). The acid atoms of one side of the peracidified water element move to the other side of the peracidified water element. The residue of one side is I_3^-bound, and the residue of the other side is peracidified. 2。The structure of ARP intermediate was studied and the method of ARP crystallization was evaluated. The Institute of Physics of the High School of Science and Technology has recorded the use of radioactive light and the return of radioactive light. Ten seconds of exposure, less than 2.5A decomposition energy, clear return point and. A total of 4 pieces of paper were recorded on the paper, and the folding strength and precision structure were calculated. This is the first time that we've had a chance to do this.