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ペルオキシダーゼの反応過程における構造変化の結晶学的追跡

过氧化物酶反应过程中结构变化的晶体学追踪

基本信息

批准号：
08214206
负责人：
福山恵一
金额：
$ 0.9万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1996
资助国家：
日本
起止时间：
1996 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08214206/
关键词：
ペルオキシダーゼ X線結晶解析立体構造ヘム蛋白質

项目摘要

ペルオキシダーゼは生体内で生じた過酸化水素を除去するだけでなく、反応過程で生じる活性種を用いて様々な生体物質の代謝に関与している。この酵素は過酸化水素を用いて、ヨウ素イオンなどの無機化合物だけでなくフェノール類などの有機化合物の酸化をも触媒する。この酵素反応は、過酸化水素が分解され酵素自身がcompoundIとよばれる分子種になる過程と、compoundIが還元剤により元の酵素に戻る過程からなる。本研究では真菌Arthromyces ramosusが分泌するペルオキシダーゼ(ARP)をとりあげ、一酸化炭素やヨウ素イオンがARPにどのように結合し、また酵素の構造が変化するかを調べた。1.一酸化炭素の結合様式アンモニアがヘム鉄に結合しないよう、沈殿剤を硫安から硫酸ナトリウム(50mM Tris HCI,pH7.5)に置換した。これにジチオナイトを加え、さらに窒素ガス、続いてCOガスを吹き込んだ溶液に、ARP結晶を一晩soakした。この結晶の回析強度をCukα線を用いて2.06Å分解能まで測定した。(2F_o-F_c)map上に、COと考えられる電子密度がヘム鉄の第6配位子座に表れた。本解析からCOのヘム面に対する配向は決まらなかった。なお蛋白部分の構造はほとんど変化しなかった。2.ヨウ素イオンの結合部位 ARP結晶を30mMKIを含む緩衝液(pH5.5)にsoakし、ヨウ素イオン結合型を調製した。この結晶の2.06Å4分解能の回析強度を測定し、D合成およびバイフット差フーリエ合成から、I^-の結合部位を決定した(I^-占有率は約30%)。I^-はヘムの遠位側へ通じるチャネルの入口上部に結合していた。I^-はARP表面の小さなくぼみにあり、特定の残基・原子と強い結合はないようである。I^-が接しているIle153の側鎖の内側には活性残基のHis56があり、I^-とヘム鉄との距離は12.8Åである。

In the process of production, the active species are used for the metabolism of biological substances. The enzyme is used to acidify water, organic compounds and inorganic compounds. The enzyme is responsible for the decomposition of the enzyme itself into compoundI and compoundI. In this study, the structure of Arthromyces ramosus was modified by the combination of arp and carbon. 1. The binding formula of an acidified carbon is changed to iron binding, sulfur acid binding (50mM Tris HCl, pH 7.5) substitution. This is the first time I've ever seen a person who's been in a relationship with someone who's been in a relationship with someone else. The crystallization strength of the Cukα line was determined by using the decomposition energy of 2.06 ° C. (2F_o-F_c)map, CO ~(2 +), CO ~(2 +), CO ~( This analysis shows that the alignment of CO and CO is opposite. The structure of the protein part is changed. 2. The binding site ARP of the protein is crystallized in a buffer solution containing 30 mM KI (pH 5.5). The decomposition energy of 2.06 4 of the crystals was determined, the synthesis of D was determined, and the binding site of I^-was determined (I^-occupancy was about 30%). I^-The distal side of the head is connected to the upper part of the entrance. I^-ARP surface small, specific residues The distance between the active residue and the side lock of Ile153 is 12.8.