枯草菌ゲノム情報の解析

枯草芽孢杆菌基因组信息分析

• 批准号: 05254207
• 负责人: 小笠原 直毅
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1993
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1993 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05254207/
• 关键词: 枯草菌; ゲノム塩基配列; ゲノム情報; ゲノムデーターベース; ゲノムプロジェクト

1.枯草菌は大腸菌と並んで分子遺伝学の対象として40年以上研究されている。グラム陽性菌の枯草菌は陰性の大腸菌と複製開始領域を初め多くの生存必須な遺伝子を共有している。一方枯草菌には胞子発芽に代表されるような固有な機能が発達しておりそれに関与する新しい遺伝子が進化している。このように枯草菌と大腸菌の比較は原核生物の遺伝情報の全体像と進化を解明する上に欠かすことができない。この様な観点からECと日本において枯草菌が大腸菌とならんでゲノム解析プロジェクトの対象として採用されている。本研究は枯草菌ゲノム配列決定プロジェクトからの配列情報を収集し、各種の解析に広く利用可能な枯草菌ゲノムデーターベースの作成とその分子遺伝学的、分子進化学的解析を行うことを目的とした。2.現在までに日本の枯草菌グループにより新たに決定された配列とGenBankに登録されている枯草菌染色体の配列より重複を取り除き、整理を行った結果、190cotntig、統計1,115Kbの配列が得られており、京大秋山先生・奈良先端森先生により開発された配列表示プログラムGeomatica上で公開する準備を進めている。3.我々の研究室で配列決定を完成した180Kbの領域について、リボゾーム結合配列の候補を伴うORFを探索したところ、既知のものを含めて154個のものが同定された。同時に、そうしたORFの空白部には、リボゾーム結合配列が明確には認められないが一定の大きさを持ち、他と重ならない5個のORFが存在していた。このことは枯草菌ではコード領域の推定が比較的容易であることを示している。上記の159ORFについて解析した結果、既知の33遺伝子に加えて、15ORFについてその機能が相同性により明らかになり、加えて11ORFの機能が示唆された。しかしながら、残る99ORFの機能に関しては情報は得られていない。

The research on the molecular heritage of bacillus subtilis and escherichia coli と and んで has been conducted for over 40 years on と て て and されて る. グ ラ ム positive の hay は electronegative の coliform と duplicate field more than early を め く の な survival heritage 伝 son を mutual し て い る. A hay bacteria に は spore 発 bud に representative さ れ る よ う な inherent function of な が 発 da し て お り そ れ に masato and す る new し い heritage 伝 son が evolution し て い る. こ の よ う に hay bacteria と coliform の is は prokaryotes の heritage 伝 intelligence の all like と evolution を interpret す る に on owe か す こ と が で き な い. こ の others な 観 point か ら EC と Japan に お い て hay bacteria が coliform と な ら ん で ゲ ノ ム parsing プ ロ ジ ェ ク ト の like と seaborne し て using さ れ て い る. This study は hay bacteria ゲ ノ ム match column decided プ ロ ジ ェ ク ト か ら の match column intelligence を 収 し, various analytical に の hiroo く may use な hay bacteria ゲ ノ ム デ ー タ ー ベ ー ス の made と そ の but 伝 learn, molecules into chemical analytical line を う こ と を purpose と し た. 2. Now ま で に Japan の hay bacteria グ ル ー プ に よ り new た に decided さ れ た match column と GenBank に login さ れ て い る hay bacterial chromosome の match column よ り repeat を り except き, finishing line を っ た results, 190 cotntig, statistics, 1115 Kb の match column が ら れ て お り big Mr Akiyama, nara, Beijing apex に Mr Sen Youdaoplaceholder0 よ release された allocation indicates プログラムGeomatica で public する ready を enter めて めて る る る. 3. I 々 の laboratory で match column is determined to finish his し を た 180 KB の field に つ い て, リ ボ ゾ ー ム combined with column の alternate を with う ORF を explore し た と こ ろ, both known の も の を containing め て 154 の も の が with fixed さ れ た. に, at the same time そ う し た ORF の blank department に は, リ ボ ゾ ー ム combined with column が clear に は recognize め ら れ な い が certain の big き さ を hold ち, he と な ら な い five の ORF が exist し て い た. こ の こ と は hay bacteria で は コ ー ド の presumed が comparison in the field of easy で あ る こ と を shown し て い る. Written の 159 orf に つ い て parsing し た results, both know の 33 but 伝 に plus え て, 15 orf に つ い て そ の function が identity に よ り Ming ら か に な り, え て 11 orf が の function in stopping さ れ た. <s:1> て ながら, る99ORF <s:1> function に related to て て information られて to られて な な られて.

项目成果

小笠原 直毅: "枯草菌ゲノムの全塩基配列決定プロジェクト" 蛋白質・核酸・酵素. 38. 669-676 (1993)

Naoki Ogasawara：“枯草芽孢杆菌基因组的完整测序项目”蛋白质、核酸和酶 38. 669-676 (1993)。

Ogasawara,N: "Systematic sequencing of the Bacillus subtilis chromosome containing the replication origin" DNA research. 1. 1-14 (1994)

Ogasawara,N：“含有复制起点的枯草芽孢杆菌染色体的系统测序”DNA 研究。