基于基因组序列信息的基因功能区定量分析-猫眼课题宝

基于基因组序列信息的基因功能区定量分析

批准号：

12874104

负责人：

佐藤直樹

金额：

$1.28万

依托单位：

Saitama University

依托单位国家：

日本

项目类别：

Grant-in-Aid for Exploratory Research

财政年份：

2000

资助国家：

日本

项目状态：

已结题

起止时间：

2000 至 2001

来源：

https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12874104/

关键词：

葉緑体ゲノムシアノバクテリアゲノム情報解析

项目摘要

项目成果

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中文摘要

翻译

1.ゲノム遺伝情報の計算機を用いた解析のために開発したソフトウェアSISEQについて,機能を増強する改良を続けた。2.SISEQライブラリをベースとして昨年度に開発したソフトウェアを用いて,葉緑体とシアノバクテリアのGC skew解析を行った。これは多くの細菌では,きれいな折り返し点を生じ,複製起点を推定するのに有効とされているが,シアノバクテリアSynechocystisとAnabaenaのゲノムおよび葉緑体ゲノムのいずれにおいても,単純なプロットが得られず,複製起点の推定は難しかった。シアノバクテリアとその未裔である葉緑体のゲノムの複製の機構が,他の細菌とは異なる可能性も考えられる。3.シアノバクテリアのいくつかのゲノム配列が公開されたため,これにあわせて,比較ゲノム解析を行った。Anabaena,Nostoc,Synechocystisの3種の間で共通して存在する遺伝子の種類を,BLASTプログラムの出力から比較的緩いカットオフ値を用いて推定した結果,1343グループのタンパク質遺伝子が3種に共通であること,それぞれの種に特有の遺伝子グループが25%程度存在すること,AnabaenaとNostocに共通する遺伝子グループが800グループあること等がわかった。さらに,3種に共通なもののうちで,他のシアノバクテリアや植物にも共通なものが511あったが,そのうちで238グループは非光合成生物も含めて共通なものであるので,光合成生物に共通なのは273グループであった。4.2年間の研究により,シアノバクテリアから葉緑体に向けての進化に関して,情報科学的な解析が進み,その成果をいくつかの論文として公表した。

英文摘要

期刊论文(5)

专著(0)

科研奖励(0)

会议论文

M.Ohmori, M.Ikeuchi, N.Sato, 他: "Characterization of genes encoding multi-domain proteins in the genome of the filamentous nitrogen-fixing cyanobacterium Anabaena sp.Strain PCC 7120"DNA Research. 8. 271-284 (2001)

M.Ohmori、M.Ikeuchi、N.Sato 等人：“丝状固氮蓝藻鱼腥藻菌株 PCC 7120 基因组中编码多结构域蛋白的基因的表征”DNA 研究 8. 271-284。 (2001)

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

佐藤直樹: "プラスチド核様体の分子構築・機能の多様性とゲノム装置の不連続進化仮説"生化学. 74. 27-37 (2002)

Naoki Sato：“质体核的分子结构和功能的多样性以及基因组装置不连续进化的假设”生物化学 74. 27-37 (2002)。

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

佐藤直樹: "生物系研究室における遺伝情報解析のためのUNIX環境の構築.MacOS XとLinuxを用いて"蛋白質核酸酵素. (印刷中). (2002)

Naoki Sato：“使用 MacOS X 和 Linux 在生物实验室中构建用于遗传信息分析的 UNIX 环境”蛋白质核酸酶（正在出版）。

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

Sato,N.: "SISEQ : Manipulation of multiple sequence and large database files for common platforms."Bioinformatics. 16. 180-181 (2000)

Sato,N.：“SISEQ：针对通用平台操作多个序列和大型数据库文件。”生物信息学。

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

Sato, N.: "Was the evolution of plastid genetic machinery discontinuous?"Trends in Plant Science. 6. 151-155 (2001)

Sato, N.：“质体遗传机制的进化是不连续的吗？”植物科学趋势。

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

Japanese imperial diplomacy in Germany and Scandinavia in the context of art history.

批准号：

23KK0001
项目类别：

Fund for the Promotion of Joint International Research (International Collaborative Research)
资助金额：

$13.48万
财政年份：

2023
负责人：

佐藤直樹
依托单位：

Tokyo National University of Fine Arts and Music