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ゲノム塩基配列情報に基づく遺伝子機能領域の数量的解析

基于基因组序列信息的基因功能区定量分析

基本信息

批准号：
12874104
负责人：
佐藤直樹
金额：
$ 1.28万
依托单位：
Saitama University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至 2001
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12874104/
关键词：
葉緑体ゲノムシアノバクテリアゲノム情報解析

项目摘要

1.ゲノム遺伝情報の計算機を用いた解析のために開発したソフトウェアSISEQについて,機能を増強する改良を続けた。2.SISEQライブラリをベースとして昨年度に開発したソフトウェアを用いて,葉緑体とシアノバクテリアのGC skew解析を行った。これは多くの細菌では,きれいな折り返し点を生じ,複製起点を推定するのに有効とされているが,シアノバクテリアSynechocystisとAnabaenaのゲノムおよび葉緑体ゲノムのいずれにおいても,単純なプロットが得られず,複製起点の推定は難しかった。シアノバクテリアとその未裔である葉緑体のゲノムの複製の機構が,他の細菌とは異なる可能性も考えられる。3.シアノバクテリアのいくつかのゲノム配列が公開されたため,これにあわせて,比較ゲノム解析を行った。Anabaena,Nostoc,Synechocystisの3種の間で共通して存在する遺伝子の種類を,BLASTプログラムの出力から比較的緩いカットオフ値を用いて推定した結果,1343グループのタンパク質遺伝子が3種に共通であること,それぞれの種に特有の遺伝子グループが25%程度存在すること,AnabaenaとNostocに共通する遺伝子グループが800グループあること等がわかった。さらに,3種に共通なもののうちで,他のシアノバクテリアや植物にも共通なものが511あったが,そのうちで238グループは非光合成生物も含めて共通なものであるので,光合成生物に共通なのは273グループであった。4.2年間の研究により,シアノバクテリアから葉緑体に向けての進化に関して,情報科学的な解析が進み,その成果をいくつかの論文として公表した。

1. To improve the functionality of SISEQ, we need to develop and analyze the application of SISEQ. 2. SISEQ is the first to develop software for GC skew analysis. In many bacteria, the origin of replication is estimated, and the origin of replication is estimated. The origin of replication is estimated. The chloroplast must be replicated in the future, and the possibility of other bacteria being different from each other is examined. 3. In the case of the Anabaena,Nostoc and Synechocystis have a common genetic diversity among the three species, and BLAST has a common genetic diversity among the three species. The results show that 1343 species of Anabaena and Nostoc have a common genetic diversity of 800 species. In addition, three kinds of common plants are common to all kinds of photosynthetic organisms, and they are common to all kinds of photosynthetic organisms. 4.2 During the past few years, the research on chloroplast evolution has been carried out, and the analysis of information science has been improved, and the achievements have been published.