インターフェロン遺伝子転写調節因子の高次構造と制御塩基配列認識機構の研究

干扰素基因转录调控因子高阶结构及控制序列识别机制研究

• 批准号: 05273213
• 负责人: 白川 昌宏
• 金额: $ 1.6万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1993
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1993 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-05273213/

大腸菌に産製させた、112残基からなる塩基配列特異的DNA結合活性を持つIRF-2のDNA結合ドメインについて、主として均一^<15>Nラベル、均一^<15>N/^<13>Cラベルした試料を用いて、ほぼ全ての主鎖の^1H、^<15>Nおよび^<13>C核のシグナルの帰属を終了した。また、側鎖に関してもかなりの部分の^1H、^<15>Nおよび^<13>C核のシグナルの帰属を行った。帰属に用いた主なスペクトルは、3次元^1H/^<15>N NOESY-HSQC,3次元^1H/^<15>N TOCSY-HSQC、^1H、^<15>Nおよび^<13>C核の3重共鳴3次元HNCA,HN(CO)CA、HNCO,HN(CA)CO,HBHA(CBCACO)NH,及び、HCACO、HCCH-COSY,HCCH-TOCSYなどである。これらのスペクトルを効率よく組み合わせる事によって、主鎖、側鎖の順に帰属を進めた。得られた帰属を基に、3次元^1H/^<15>N NOESY-HSQC,3次元^1H/^<13>C NOESY-HSQCなどから水素原子核間の距離情報を、2次元^1H/^<15>N HMQC-Jから角度情報を収集し、simulated annealing distance geometory法による立体構造の計算を行った。現在、まだ計算中であり立体構造決定にはまだ至っていないが、2次構造は決定された。その結果、IRF-2のDNA結合ドメインは4本のβストランドからなる反平行βシートと3本のαヘリックスからなることが判った。3本のαヘリックスともβシートの片側に折り畳まれている事も決定された。

E. coli production, residue 112, nucleotide sequence-specific DNA binding activity to maintain IRF-2 DNA binding parameters, main and uniform <15>N <15>sequence, uniform N/C sequence, sample use, complete transformation of <13>the main lock ^1H,^<15>N sequence and ^<13>C sequence of DNA binding parameters. The <15>key to the success of the project is to ensure that the project is completed in a timely manner<13>. The <15>three-dimensional ^1H/^ N NOESY-HSQC, the three-dimensional ^1H/^ N TOCSY-HSQC, the three-dimensional ^1H<15>,^<15>N and ^<13>C nuclei have three-fold resonance three-dimensional HNCA,HN(CO)CA, HNCO,HN(CA)CO,HBHA(CBCACO)NH, and HCACO, HCCH-COSY,HCCH-TOCSY. The main lock, the side lock and the side lock are all in progress. The calculation of three-dimensional structure is based on the three-dimensional ^1H/^<15>N NOESY-HSQC, three-dimensional ^1H/^ C <13>NOESY-HSQC and two-dimensional ^1H/^<15>N HMQC-J angular information. Now, in the calculation, the three-dimensional structure is determined, and the second structure is determined. The results showed that IRF-2 DNA binding sites were different from those of the 4-element beta sites and the 3-element alpha sites. 3. This is the first time that we've decided to do this.

项目成果

M.Shirakawa: "Assignment of ^1H,^<15>N,and ^<13>C Resonances,Identification of Elements of Secondary Structure and Determination of the Global Fold of the DNA-Binding Domain of GAL4" Biochemistry. 32. 2144-2153 (1993)

M.Shirakawa：“^ 1H、^ 15 > N和^ 13 C共振的分配、二级结构元素的识别和GAL4 DNA结合域的整体折叠的确定”生物化学。

K.Uegaki: "Characterization of the DNA binding domain of the mouse IRF-2" Protein Engineering. 6. 195-200 (1993)

K.Uegaki：“小鼠 IRF-2 的 DNA 结合域的表征”蛋白质工程。

日川昌宏: "DNA結合モチーフの構造と塩基配列の識別" 生物物理. 33. 136-141 (1993)

Masahiro Hikawa：“DNA 结合基序的结构和碱基序列的鉴定”生物物理学 33. 136-141 (1993)。

E.H.Morita: "Secondary structure of the oct-3 POU homeodomain as determined by ^1H-^<15>N NMR spectroscopy" FEBS Letters. 321. 107-110 (1993)

E.H.Morita：“通过^ 1 H-^ 15 N NMR光谱测定的oct-3 POU同源结构域的二级结构”FEBS快报。