ヒト遺伝子修復蛋白質XPAの損傷DNA特異的結合ドメインの立体構造解析

人类基因修复蛋白XPA受损DNA特异性结合域的三维结构分析

• 批准号: 08280219
• 负责人: 白川 昌宏
• 金额: $ 1.54万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08280219/
• 关键词: DNA修復; 立体構造; NMR; 色素性乾皮症; Znフィンガー

XPA(色素性乾皮症A群)蛋白質は273個のアミノ酸からなる分子量約31kの蛋白質で、N末端から105-129残基付近にZnフィンガーあるいはZnクラスターをとりうるCysクラスター領域を持つ。本研究では、このDNA結合ドメインの溶液中の立体構造を決定する事を目的とした。XPA DNA結合ドメイン(MF122)について、^1H,^<15>N,^<13>C核シグナルのほぼ全ての帰属を行った。さらに水素原子核間の距離情報を与えるNOEデータの解析と、化学シフトの解析からMF122の二次構造を決定した。その結果、XPAのDNA結合ドメインはC末端部分に3.6ターンずつからなる安定な比較的長いヘリックス構造を2個持つことが判った。さらにZnフィンガー付近の二次構造はこれまで知られていたDNA結合性の転写調節蛋白質のものとは異なる新しい構造モチーフを持つことが判った。種々の3次元、4次元NOESYなどから得られた構造情報を基にXPA DNA結合ドメインの立体構造を計算した。その結果、N末端Znフィンガー部分(30残基)については平均構造からのR.M.S.D.が0.65Åの高分解能の立体構造を得た。4つのCys残基からの配位結合を持つZnフィンガー部分は短いヘリックスと、短い2ストランドからなるβシートを含むものの、全体としてはループ構造の多い立体構造を持つ。2次構造決定の段階で予想したとおり、XPAのC_4タイプのZnフィンガーは転写因子であるGATA-1や核内レセプターの持つC_4タイプのZnフィンガーとは異なる立体構造を持つ。Znフィンガー部分以外のC末端側についての立体構造計算から、予備的なグローバル構造を得つつある。得られた構造は3本のヘリックスが大きなくぼみを形成する様に折りたたまれ、くぼみの内側には正に荷電したクラスターが見られる。

The molecular weight of XPA (xeroderma pigmentosum group A) is about 31k protein, and the N-terminal residues are close to that of Zn protein, Zn protein and Cys protein. The purpose of this study is to determine the purpose of the experiment by combining the DNA with the solution of sodium dodecyl chloride. XPA DNA is used in conjunction with MF122, ^ 1H, ^ & lt;15>N, ^ & lt;13>C cores to verify that the whole system belongs to a row. To determine the distance between the atomic nuclei of water and water, the information report and NOE analysis, chemical analysis and secondary MF122 analysis. The results showed that XPA DNA combined with the C-terminal segment had a long-term survival rate of 3. 6%. There were 2 long-term long-term survival trials. This is the second time that you need to know the combination of DNA, protein, protein, Zn, protein, protein All kinds of 3-dimensional and 4-dimensional NOESY data can be calculated by combining the basic XPA DNA with the three-dimensional and four-dimensional XPA DNA. The results showed that the N-terminal Zn fragment (30 residues) was used to construct the average sequence R.M.S.D. "0.65"high decomposition energy" three-dimensional "get". 4. The combination of Cys residue ligand and Zn residue ligand shows that some of the three-dimensional structures are short, short, Make a decision twice. Do you want to make a decision twice? do you want to make a decision? Outside the Zn hardware section, the C-terminal computer is used to calculate the size of the computer, and the equipment is used to make the computer. It is necessary to make 3 books in this paper. This is the best way to make sure that you are not in the market.

项目成果

Takahisa Ikegami: "An Efficient HN(CA)NH Pulse Scheme for Triple-Resonance 4D Correlation of Sequential Amide Protons and Nitrogen-15 in Deuterated Proteins." Journal of Magnetic Resonance B. 124. 214-217 (1997)

Takahisa Ikegami：“一种高效的 HN(CA)NH 脉冲方案，用于氘化蛋白质中连续酰胺质子和氮 15 的三重共振 4D 相关性。”

Hiroshi Imahori: "Linkage and Solvent Dependence of Photoinduced Electron Transfer in Zincporphyrin-C60 Dyads." Journal of the American Chemical Society. 118. 11771-11782 (1996)

Hiroshi Imahori：“锌卟啉-C60 二元体中光诱导电子转移的联系和溶剂依赖性。”

Hiroshi Matsuo: "Backbone Dynamics of the λ-Cro Repressor Protein Determined by 15N Relaxation Measurements-Application of an Efficient Method for Calculation of Dynamics Parameters." Journal of Molecular Structure. 379. 143-150 (1996)

Hiroshi Matsuo：“通过 15N 弛豫测量确定 λ-Cro 阻遏蛋白的骨架动力学 - 计算动力学参数的有效方法的应用。” 分子结构杂志 379. 143-150 (1996)。

Eugene H,Morita: "Implications of the zinc-finger motif found in the DNA-binding domain of the human XPA protein." Genes to Cells. 1. 437-442 (1996)

Eugene H，Morita：“在人类 XPA 蛋白 DNA 结合域中发现的锌指基序的含义。”

永田 恭介: "積み木細工の生物学 タンパク質と遺伝子の機能単位." 共立出版株式会社, 203 (1996)

永田恭介：“构件生物学：蛋白质和基因的功能单位。”共立出版有限公司，203 (1996)