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一塩基多型(SNPs)検出のための修飾DNAアプタマーの創製

创建用于单核苷酸多态性 (SNP) 检测的修饰 DNA 适体

基本信息

批准号：
16011206
负责人：
桑原正靖
金额：
$ 1.92万
依托单位：
Gunma University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16011206/
关键词：
核酸有機化学バイオテクノロジー生体生命情報学

项目摘要

ミスマッチ、バルジ、インターナルループなど二重鎖核酸中の非ワトソン?クリック塩基対部位に特異的に結合する分子は、一塩基多型(SNPs)など遺伝子型の違いを検出するのに利用できる。例えば、患者のあるmRNAのcDNAとそれに対応する健常者のDNAをハイブリダイズ(結合)させると、塩基配列中に一塩基多型部位が存在するなら、その部位でシングルミスマッチ構造が生じる。これに蛍光物質などで標識化した「非ワトソン?クリック塩基対結合分子」を加えることでSNPsの存在を知ることができる。このような非ワトソン?クリック塩基対に特異的に結合する分子として修飾DNAアプタマーの創製を試験管内選択法によって試みた。ヒトステロイド5-αレダクターゼ(SRD5A1)遺伝子の一塩基多型領域をターゲットとしてアミノ基修飾DNAアプタマーの試験管内選択を進めたところ、ミスマッチ構造を含む二重鎖DNAターゲットに対して親和性を示すものの濃縮が確認された。そこで濃縮された修飾DNAライブラリをクローニングによって単離し、ターゲットに対する親和性をそれぞれアッセイしたところ、ミスマッチ構造を含むターゲットに対して優位に結合するいくつかのアミノ基修飾DNAアプタマーを見出した。ゲルシフト法(gel-shift assay)やSPR(表面プラズモン共鳴)法を用いて、ターゲットに対する結合解離定数や結合特異性の測定を行い、さらに円偏光二色性スペクトルや熱融解曲線の測定および一次配列解析によって、導入された修飾基が分子認識にもたらす効果について知見を得ることが期待できる。

A double lock nucleic acid is a non-solution. The use of site-specific binding molecules, SNPs, and gene variants for detection and detection For example, the cDNA of the patient's mRNA is related to the DNA of the healthy person, and the DNA of the patient's mRNA is related to the DNA of the healthy person. This is the first time that a fluorescent substance has been identified. The existence of SNPs is known.このような非ワトソン? The DNA gene is specifically designed for use in the production of DNA. The 5-alpha DNA fragment (SRD5A1) was isolated from the DNA fragment and the affinity of the fragment was confirmed by the concentration of the DNA fragment. The modified DNA sequence is concentrated and the affinity of the modified DNA sequence is determined. The gel-shift assay and SPR(Surface Resonance) methods were used to determine the binding dissociation number and binding specificity, and the polarized dichroic assay and thermal melting curve were used to determine the molecular understanding of the primary alignment analysis and introduction of modified groups.