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1分子シーケンシングに適したDNA断片の簡便な調製法の開発

开发适用于单分子测序的DNA片段的简单制备方法

基本信息

批准号：
18038004
负责人：
桑原正靖
金额：
$ 1.15万
依托单位：
Gunma University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18038004/
关键词：
核酸有機化学バイオテクノロジー生体生命情報学

项目摘要

1分子シーケンシングに適したDNA断片の簡便な調製法は、低コストでハイスループットな生命システム解析を可能にする技術の一つとして有用である。これまで種々の修飾ヌクレオシド三リン酸を合成し、DNA鎖への種々の修飾基の酵素的導入を検討してきた。そこで、本研究ではイソシトシン(iC)-イソグアニン(iG)塩基対を利用したDNAの位置特異的修飾法(DNA鎖内の任意の箇所に修飾基を酵素的に挿入する方法)を応用することによって、mRNAの1分子シーケンシングに適したDNA断片を簡便に調製する技術の開発を試みた。まず、標識分子であるアクリドンの誘導体化し、基質ヌクレオシド三リン酸とのコンジュゲートを合成した。アクリドンはブルー・レーザーによる励起が可能であるので、ヌクレオチド標識に用いる他の蛍光基とは区別することができるという利点に加え、比較的退色し難いことが知られている。合成したアクリドン修飾ヌクレオシド三リン酸をポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の基質として作用するかどうか調べたところ、耐熱性DNAポリメラーゼ(KOD dash)に認識され、DNA分子を簡便に標識化することに成功した。さらに、シュードウリジンを原料として2'-デオキシCヌクレオシドを合成しこれを三リン酸化したアナログのPCRにおける基質特性を調べたところ、反応条件の最適化により、DNA鎖に酵素的に導入することが可能であることが分かった。

A simple method for the preparation of DNA fragments is useful for the analysis of DNA fragments at low temperatures. This is the first step in the development of DNA modification enzymes. In this study, we attempted to develop a technique for the simple modulation of DNA fragments using site-specific DNA modification (insertion of enzymes from any of the site modifiers in the DNA lock) based on the use of iC-iG gene pairs. The induction of the marker molecule, the synthesis of the matrix molecule, the synthesis of the marker molecule, and the synthesis of the marker molecule. The light source of the light source is different from the light source of the light source. The light source of the light source is different from the light source of the light source. The synthesis of DNA molecules was successfully accomplished by the simple identification of DNA molecules. In addition, the synthesis of DNA from the raw materials and the optimization of reaction conditions for the introduction of DNA lock enzymes are possible.