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全長cDNAとChIPを用いた熱帯熱マラリア原虫の転写因子と結合塩基配列の解析

使用全长 cDNA 和 ChIP 分析恶性疟原虫转录因子和结合碱基序列

基本信息

批准号：
16013213
负责人：
渡辺純一
金额：
$ 4.48万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16013213/
关键词：
マラリア原虫転写因子発現制御

项目摘要

我々は、熱帯熱マラリア原虫(Plasmodium falciparum)の転写因子の解析を行う目的で、原虫のTATA binding protein(TBP)に対するペプチド抗体を作成し、それを用いて、赤内型培養原虫からChIP(chromatin immunoprecipitation)によって結合塩基配列をプルダウンし、多数のTBP結合配列の網羅的シークエンス決定を計画した。マラリア原虫のTBPは、ヒトなどのTBPを相同性が30%と低く、これまでに、ペプチド抗体の作製に成功した。しかし、ChIPが難航し、種々の条件検討を行った末、年度末にようやく実験条件の設定が可能となった。なお、同時期に、比較生物学的アプローチによって転写因子の結合配列を解明する目的で、マラリア原虫と近縁のトキソプラズマ原虫(Toxoplasma gondii)のタキゾイト原虫を材料として、オリゴキャップ法によって全長cDNAライブラリを作製した。多数の5'端シークエンスを決定し、トキソプラズマ原虫のゲノムシークエンスと比較、転写開始点の位置を示すデータベースを作成した(http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp)。マラリア原虫は、AT比が80%であるのに対し、トキソプラズマ原虫では、35%と低い。この両者の転写開始点付近の塩基配列の比較は、共通する転写開始点結合配列の発見につながる貴重なデータになるものと期待された。

In order to analyze the transcription factors of Plasmodium falciparum, we designed a program to prepare and use antibodies against TATA binding protein(TBP) of Plasmodium falciparum and ChIP(chromatin immunoprecipitation). The TBP identity of the protozoan was 30%, and the antibody was successfully produced. For example, ChIP is difficult to navigate, and the conditions for species are discussed at the end of the year. To clarify the binding sequence of gene expression in Toxoplasma gondii, a method for the preparation of full-length cDNA expression in Toxoplasma gondii was developed. Most of the 5'end of the list is determined, the list is compared, and the position of the writing start point is displayed (fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp). 80%, 35%. The comparison of the base arrangement of the writing start point and the common writing start point and the arrangement of the valuable data are expected.