Non-codingRNAに対するRNAi法による体系的機能解析

使用 RNAi 方法对非编码 RNA 进行系统功能分析

• 批准号: 17026007
• 负责人: 程 久美子
• 金额: $ 3.58万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17026007/
• 关键词: Non-coding RNA; RNA interference; RNAi; 遺伝子機能; siRNA; non-coding RNA; ncRNA; 機能解析; mammal; ES

ヒトをはじめとする様々な哺乳類ゲノムプロジェクトの進行により哺乳類の遺伝情報を担うおおよその遺伝子が特定され、ゲノム研究は、その構造解析から機能解析に焦点が移ってきたと言える。本研究での目的は、ヒトを含む哺乳類のゲノム機能解明のためのRNAi関連技術を開発し、siRNAミニライブラリを構築して、スクリーニングを行うことである。我々は、極めて高い効率で標的遺伝子を抑制することができる21bpのsiRNAの配列設計法を開発し、ウェブサイト(siDirect)上に公開している。DNAベクター型RNAiでは、stem-loop型のRNAが転写され、2本鎖RNA切断酵素(Dicer)による切断を受け成熟型siRNAとなる。しかし、Dicerの作用機序の解析から、細胞内では、必ずしも21bpのみではなく、22bpのsiRNAも成熟型として合成されることがわかった。そこで、我々は有効な22bp siRNAでも、効率良くRNAiを誘導することが可能な配列規則性を明らかにした。さらに、化学修飾により非標的遺伝子に対するoff-target効果を減弱する可能性を検討した。またRNAiにおけるRLC形成に関わるR2D2,TRBP2,PACTのsiRNAやその誘導体への結合を調べ、RNAはその結合に必須であることを明らかにした。構築した約1400遺伝子に対するshRNAライブラリを用いてRNAi効果に影響を与える遺伝子群のスクリーニングを行った。その結果、約270の遺伝子(約20%)がRNAi効果に何らかの影響を与える遺伝子候補となり得ることがわかり、現在さらなる絞り込みを行っている。

Mammalian heritage information is required for specific research, structural analysis, functional analysis, and focus shifting. The purpose of this study is to develop RNAi related technologies for mammalian functional understanding, siRNA development, and development. We have developed and published a 21bp siRNA alignment design method for highly efficient target gene suppression on siDirect. DNA sequence-type RNAi, stem-loop RNA sequence-type RNA sequence-type RNA sequence- Analysis of Dicer's Mechanism of Action, Intracellular Response, 21bp Response, 22bp Response to Mature siRNA Synthesis 22bp siRNAs are highly effective in inducing RNAi, and their alignment is highly regulated. The possibility of reducing off-target effects due to chemical modification is discussed. R2D2, TRBP2,PACT and siRNA are involved in the formation of RLC. About 1400 RNA fragments were constructed for use in RNAi. As a result, about 270 genetic vectors (about 20%) have been selected for the effect of RNAi.

项目成果

siVirus : web-based antiviral siRNA design software for highly divergent.

siVirus：基于网络的抗病毒 siRNA 设计软件，适用于高度分歧。

• 发表时间: 2006
• 期刊: Nucleic Acids Res. 34
• 作者: Naito;Y.
• 通讯作者: Y.

RNAi induced in mammalian and Drosophila cells via transfection of dimers and trimers of short interfering RNA.

通过短干扰RNA二聚体和三聚体的转染在哺乳动物和果蝇细胞中诱导RNAi。

• 发表时间: 2005
• 期刊: Journal of RNAi and Gene Silencing 1
• 作者: 廣瀬 哲郎;塩見 美喜子;Ui-Tei K.
• 通讯作者: Ui-Tei K.

Sequence requirements for effective mammalian RNAi induced by short double-stranded RNAs equal to or more than 22bp in length.

由长度等于或大于 22bp 的短双链 RNA 诱导的有效哺乳动物 RNAi 的序列要求。

• 作者: Ui-Tei;K.
• 通讯作者: K.

Guidelines for the selection of functional siRNA sequences for mammalian RNAi.

哺乳动物 RNAi 功能性 siRNA 序列选择指南。

• 发表时间: 2007
• 期刊: Methods Mol. Biol. 361
• 作者: Ui-Tei;K.
• 通讯作者: K.

LARK activates posttranscriptional expression of an essential mammalian clock protein, PERIOD1

• DOI: 10.1073/pnas.0607567104
• 发表时间: 2007-02-06
• 期刊: PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
• 影响因子: 11.1
• 作者: Kojima, Shihoko;Matsumoto, Ken;Tei, Hajime
• 通讯作者: Tei, Hajime