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時系列データ統合解析プログラムの開発とこれによる生物時計ネットワークの網羅的解析

开发时间序列数据综合分析程序并利用该程序对生物钟网络进行综合分析

基本信息

批准号：
18016010
负责人：
石浦正寛
金额：
$ 5.12万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、「生命現象に関する膨大な量の多次元の時系列データを収集・蓄積し、クラスタリング、生物情報と時系列データの相関分析、ネットワークの推定により新規知識を抽出するプログラム」を開発することを目標とした。昨年度までに試作した複数の解析ルーチンを改良し、それらを元にして「時系列データ解析プログラム」を試作した。この「時系列データ解析プログラム」を用いることで、遺伝子発現測定装置から出力される大量の時系列測定データを随時表示・解析しながらデータベース化して記録することに成功した。昨年度までに試作したルーチンを活用して、単細胞性緑藻クラミドモナスのリズム変異体を大規模スクリーニングし、105個のリズム変異体を分離することに成功した。そして、リズム異常の原因遺伝子を30個クローニングすることに成功した。30個の遺伝子に中の6個は、クラミドモナスの時計遺伝子候補であった。今後は、試作プログラムに未搭載の「クラスタリング機能」や「発現制御ネットワーク解析機能」を搭載してプログラム全体を完成させ、他の研究機関と共同で有用性の実証試験を実施する予定である。一方、藍色細菌の網羅的なタンパク質間相互作用ネットワーク解析のために、リアルタイムかつin vivoでタンパク質間相互作用を解析できる実験系の開発を試みた。時計タンパク質-蛍光タンパク質の融合タンパク質がin vivoで時計として機能することを確認したBRETのための株を作製したが、現時点までに時計タンパク質の相互作用をBRETで検出できていない。

This study aims to explore the collection, accumulation, correlation analysis, estimation, extraction of new knowledge of multiple time series related to life phenomena. Last year, we tried to improve the number of analysis units, and we tried to improve the number of analysis units. The time series analysis and recording device is used to determine the output of a large number of time series measurement data at any time. In 2005, a large number of 105 species of unicellular green algae were successfully isolated. The reason for this anomaly is that 30 of them are successful. 6 of the 30 candidates are candidates for timekeeping. In the future, the trial platform is not equipped with the "query function" and the "generation control function". The trial platform is fully equipped, and other research institutions will jointly implement the validation test. The analysis of mass-to-mass interactions in vivo and the development of the system were also studied. Time measurement quality-light measurement quality fusion quality in vivo time measurement function confirmation BRET plant control current point time measurement quality interaction BRET detection