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時系列データ統合解析プログラムの開発とこれによる生物時計ネットワークの網羅的解析

時系列データ統合解析プログラムの開発とこれによる生物時計ネットワークの網羅的解析
开发时间序列数据综合分析程序并利用该程序对生物钟网络进行综合分析
批准号：
18016010
负责人：
石浦 正寛
金额：
$5.12万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2006 至 2007
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18016010/
关键词：
時系列データ生物時計時計遺伝子時計タンパク質相互作用解析プログラム生物発光ネットワーク蛋白質相互作用遺伝子発現制御概日時計藍色細菌データベースBRET

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本研究では、「生命現象に関する膨大な量の多次元の時系列データを収集・蓄積し、クラスタリング、生物情報と時系列データの相関分析、ネットワークの推定により新規知識を抽出するプログラム」を開発することを目標とした。昨年度までに試作した複数の解析ルーチンを改良し、それらを元にして「時系列データ解析プログラム」を試作した。この「時系列データ解析プログラム」を用いることで、遺伝子発現測定装置から出力される大量の時系列測定データを随時表示・解析しながらデータベース化して記録することに成功した。昨年度までに試作したルーチンを活用して、単細胞性緑藻クラミドモナスのリズム変異体を大規模スクリーニングし、105個のリズム変異体を分離することに成功した。そして、リズム異常の原因遺伝子を30個クローニングすることに成功した。30個の遺伝子に中の6個は、クラミドモナスの時計遺伝子候補であった。今後は、試作プログラムに未搭載の「クラスタリング機能」や「発現制御ネットワーク解析機能」を搭載してプログラム全体を完成させ、他の研究機関と共同で有用性の実証試験を実施する予定である。一方、藍色細菌の網羅的なタンパク質間相互作用ネットワーク解析のために、リアルタイムかつin vivoでタンパク質間相互作用を解析できる実験系の開発を試みた。時計タンパク質-蛍光タンパク質の融合タンパク質がin vivoで時計として機能することを確認したBRETのための株を作製したが、現時点までに時計タンパク質の相互作用をBRETで検出できていない。
期刊论文(16)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Hexamerization by the N-terminal domain and intersubunit phosphorylation by the C-terminal domain of cyanobacterial circadian clock protein KaiC
DOI： 10.1016/j.bbrc.2006.07.143
发表时间： 2006-09-29
期刊： BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS
影响因子： 3.1
作者： [Hayashi, Fumio, Iwase, Ryo, Ishiura, Masahiro]
通讯作者： Ishiura, Masahiro
ハイスループット生物発光リアルタイムモニタリング・スクリーニングシステムによる遺伝子発現のリアルタイム測定
使用高通量生物发光实时监测和筛选系统实时测量基因表达
DOI： --
发表时间： 2007
期刊：
影响因子： --
作者： [石浦正寛, 小内清, 岡本和久]
通讯作者： 岡本和久
ハイスループット生物発光リアルタイムモニタリング法による変異体のスクリーニングと原因遺伝子の網羅的同定〜クラミドモナスの概日時計遺伝子へのアプローチ〜
利用高通量生物发光实时监测方法筛选突变体并全面鉴定致病基因〜衣藻生物钟基因的探讨〜
DOI： --
发表时间： 2007
期刊：
影响因子： --
作者： [松尾拓哉, 岡本和久, 小内清, 丹羽由美, 石浦正寛]
通讯作者： 石浦正寛
遺伝子移入ベクター、好熱性藍色細菌へ遺伝子を移入する方法とその応用、および好熱性藍色細菌の凍結保存法;特許番号
基因转移载体、向嗜热蓝藻的基因转移方法及其应用、嗜热蓝藻的冷冻保存方法，专利号；
DOI： --
发表时间： 2008
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
共 15 条
    生物発光リズムデータの解析とデーターベースの構築
    • 批准号：
      20016010
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $5.25万
    • 财政年份：
      2008
    • 负责人：
      石浦 正寛
    • 依托单位：
      Nagoya University
    生物時計ナノ装置の原子レベルでの解明
    • 批准号：
      19037014
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $3.58万
    • 财政年份：
      2007
    • 负责人：
      石浦 正寛
    • 依托单位：
      Nagoya University
    時計タンパク質の核移行と核におけるリズム発振機構の解析
    • 批准号：
      19038010
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $4.99万
    • 财政年份：
      2007
    • 负责人：
      石浦 正寛
    • 依托单位：
      Nagoya University
    生物時計装置作動の可視化
    • 批准号：
      17657063
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.3万
    • 财政年份：
      2005
    • 负责人：
      石浦 正寛
    • 依托单位：
      Nagoya University
    海外基金