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テーラーメードプロバイオティクスを目指したビフィズス菌属の俯瞰的ゲノム解析

双歧杆菌属的全面基因组分析，用于定制益生菌。

基本信息

批准号：
18018019
负责人：
鈴木徹
金额：
$ 5.18万
依托单位：
Gifu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

Bifidobacterium adolescentisは,成人大腸内で最優性のビフィズス菌である。この菌種は,多くの多型が存在し,人ごとに異なる株が常在化していると考えられる。我々はこれまでに,この基準株であるB.adolescentis ATCC15703株の完全長ゲノムを決定した。今回は,菌株間の多型を解析することを目指し,JCMの保存菌6株(JCM1251,1275,7042,7044,7045,7046)と健康な6人の成人から分離された菌株の計12菌株のB.adolescentisを対象に,CRISPRの多型解析,7base間隔で29marプローブを用いたタイリングアレイによるゲノムワイドの多型解析を行った。解析を進めた結果,タイリングアレイ解析より,B.adolescentisの菌株間で,基準株と解析した5菌株を比較したときに,共通して欠失している遺伝子が118個確認された。B.adolescentis菌株の分岐において,この欠失した118個の遺伝子が大きく関係していると考えられる。さらにこの118個の中に,11個の連続欠失領域が確認された。この11個の領域は,CRISPR,細胞表層の糖鎖合成系,トランスポーターの遺伝子クラスタであることが示された。これらの欠失が菌株間の多様性,個性の発現に密接に関与していることが推察された。またSOMを用いて解析した結果,B.adolescentisの基準株は,他の生物種からの遺伝子の挿入によって成立していったことが新たに分かった。そして,その成立した始祖株からの主に遺伝子の欠失によってB.adolescentis菌株に分岐していったことが示唆された。これらの結果より,B.adolescentisが定着している腸内環境に応じて進化していると考えられた。

Bifidobacterium adolescentis, the most sexually transmitted bacteria in adults. There are many kinds of bacteria, multi-strains and multi-types of bacteria, and human strains are often tested in the laboratory. We do not want to make a decision on the growth of the B.adolescentis ATCC15703 plant in the first place. This time, JCM preserved 6 strains (JCM1251,1275,7042,7044,7045,7046), 6 healthy strains, isolated strains, 12 strains, B.adolescentis, elephant, CRISPR, 7base, 29mar, polymorphisms, phenotypes, phenotypes, phenotypes, The results of the analysis were analyzed, and the results were analyzed by PCR, B.adolescentis inter-strain analysis and standard strain analysis. 5 strains were compared with each other. The strains of B.adolescentis were bifurcated and divergent, and one hundred and eighteen isolates were missing. A total of 118 Chinese customers were surveyed, and 11 of them failed to confirm their domain records. There are 11 fields, CRISPR, cell table, sugar synthesis system, cell phone system, sugar synthesis system, and so on. Because of the multiplicity of the strain, the close connection between the strain and the strain was found in each case. The results of SOM analysis were used to analyze the results, and the B.adolescentis standard strain was used. He imported the biological species into the laboratory to establish a new branch of the laboratory. The progenitor strain was established, the parent strain, the master, the son, the bifurcation, the instigation, the bifurcation, the bifurcation, the instigation. According to the results of the results, B.adolescentis has decided to conduct a comprehensive examination of the environment in the environment.