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テーラーメードプロバイオティクスを目指したビフィズス菌属の俯瞰的ゲノム解析

双歧杆菌属的全面基因组分析，用于定制益生菌。

基本信息

批准号：
18018019
负责人：
鈴木徹
金额：
$ 5.18万
依托单位：
Gifu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

Bifidobacterium adolescentisは,成人大腸内で最優性のビフィズス菌である。この菌種は,多くの多型が存在し,人ごとに異なる株が常在化していると考えられる。我々はこれまでに,この基準株であるB.adolescentis ATCC15703株の完全長ゲノムを決定した。今回は,菌株間の多型を解析することを目指し,JCMの保存菌6株(JCM1251,1275,7042,7044,7045,7046)と健康な6人の成人から分離された菌株の計12菌株のB.adolescentisを対象に,CRISPRの多型解析,7base間隔で29marプローブを用いたタイリングアレイによるゲノムワイドの多型解析を行った。解析を進めた結果,タイリングアレイ解析より,B.adolescentisの菌株間で,基準株と解析した5菌株を比較したときに,共通して欠失している遺伝子が118個確認された。B.adolescentis菌株の分岐において,この欠失した118個の遺伝子が大きく関係していると考えられる。さらにこの118個の中に,11個の連続欠失領域が確認された。この11個の領域は,CRISPR,細胞表層の糖鎖合成系,トランスポーターの遺伝子クラスタであることが示された。これらの欠失が菌株間の多様性,個性の発現に密接に関与していることが推察された。またSOMを用いて解析した結果,B.adolescentisの基準株は,他の生物種からの遺伝子の挿入によって成立していったことが新たに分かった。そして,その成立した始祖株からの主に遺伝子の欠失によってB.adolescentis菌株に分岐していったことが示唆された。これらの結果より,B.adolescentisが定着している腸内環境に応じて進化していると考えられた。

Bifidobacteria adulescentis are optimal in adult large intestine. The species are polytypic and exist in many forms, and the species are often transformed in different ways. The complete length of the reference strain B. adulescens ATCC15703 was determined. In this paper, the analysis of polymorphism between strains indicated that 6 strains of JCM (JCM1251,1275, 7044,7045,7046) and 12 strains of B. adulesentis isolated from 6 healthy adults were analyzed by polymorphism analysis of CRISPR with 7base intervals of 29mar. The results of analysis showed that 118 strains were identified among the strains of B. adulescens, 5 strains were compared with the baseline strains, and 118 strains were identified among the strains. B. There are 118 strains of adolescentis that are not identified. Of the 118 missing areas identified, 11 were identified. CRISPR, a carbohydrate lock synthesis system on the surface of cells, is shown in 11 different domains. The lack of diversity among strains, the emergence of personality, and the close relationship between them. As a result of SOM's analysis,B. adulescens's reference strain was established as a new strain of B. adulescens. A. B. A. B. B. A. C. B. A. C. B. B. A. B. B. As a result of this,B. adolescents are constantly evolving in the intestinal environment.