比較ゲノム解析に基づくヒトMHC領域の進化形成過程の解明

基于比较基因组分析阐明人类MHC区域的进化形成过程

• 批准号: 20017023
• 负责人: 椎名 隆
• 金额: $ 5.63万
• 依托单位: Tokai University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2008 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20017023/
• 关键词: MHC; 比較ゲノム解析; 進化; シークエンシング; ゲノム多様性

本研究課題では上記の研究背景をさらに発展させると同時にこれまでおこなってきたMHC領域における比較ゲノム解析を完結させることを目的として、(1)ヒトと比較的近縁である霊長類サル(マーモセット)ならびに海棲ほ乳類(オキゴンドウ)のMHC領域のゲノム配列を決定し、(2)得られたゲノム配列とヒト、アカゲザル、ラットなどの既知のゲノム配列情報を含めて、比較ゲノム解析に必要な情報を抽出した。その結果より、ほ乳類祖先MHC領域の推定ならびにその祖先領域から現在のヒトのMHC領域に至るまでの進化形成の過程、MHC領域のゲノム進化と疾患感受性遺伝子生成との関連性や生活環境がゲノム構造に及ぼす影響を明確にした。また比較ゲノム解析の先には、ゲノム多様性解析が必要であると考えられることから、ヒトMHC領域3.8MbにおけるHLA領域ゲノム配列決定法の開発を進めた。具体的には、MOG遺伝子～KIFC1遺伝子の約3.8Mbを網羅する403カ所のプライマーセットをヨーロッパ人に頻度の高いゲノム配列に基づいて設定した。日本人に頻度の高いヒトMHCホモ接合DNAを用いたPCR増幅の結果、403カ所のうち400カ所のプライマーセットに明瞭なPCR産物が確認され、ヒトMHC領域の約99.2%を存網羅することに成功した。したがって、本PCR増幅システムと次世代シーケンサーの組み合わせは、各生物種におけるゲノム多様性解析に有効なゲノム配列決定法であると考えられた。

This research topic で は written の background を さ ら に 発 exhibition さ せ る と simultaneously に こ れ ま で お こ な っ て き た MHC field に お け る compare ゲ ノ ム parsing を end さ せ る こ と を purpose と し て, (1) ヒ ト と comparison nearly try で あ る 霊 long class サ ル (マ ー モ セ ッ ト) な ら び に aquatic ほ dairy (オ キ ゴ ン ド ウ) の の MHC field ゲ ノ ム column を decided し, (2) ら れ た ゲ ノ ム match column と ヒ ト, ア カ ゲ ザ ル, ラ ッ ト な ど の already know の ゲ ノ ム match column intelligence を containing め て, comparative ゲ ノ ム parsing に な necessary information を spare し た. そ の results よ り presumption, ほ milk MHC class ancestors の な ら び に そ の ancestors field か ら now の ヒ ト の に to MHC field る ま で の evolved の process, MHC の ゲ ノ ム と evolution traces of disease susceptibility 伝 child generated と の masato even sex や living environment が ゲ ノ ム に and ぼ す influence を clear に し た. ま た compare ゲ ノ ム parsing の に first は, ゲ ノ ム multiple others in parsing が necessary で あ る と exam え ら れ る こ と か ら, ヒ ト MHC area 3.8 Mb に お け る HLA domain ゲ ノ ム match column decision method の leaves 発 を into め た. Specific に は, MOG but 伝 ~ KIFC1 posthumous son 伝 の is about 3.8 Mb を snare す る 403 カ の プ ラ イ マ ー セ ッ ト を ヨ ー ロ ッ パ people に high frequency の い ゲ ノ ム match column に base づ い て set し た. Japanese に high frequency の い ヒ ト MHC ホ モ joint を DNA with い た PCR raised の results, 403 カ の う ち 400 カ の プ ラ イ マ ー セ ッ ト に clear が な PCR products to confirm さ れ, ヒ ト の about 99.2% を MHC field to save a net す る こ と に successful し た. し た が っ て, this PCR raised シ ス テ ム と nextgen シ ー ケ ン サ ー の group み close わ せ は, each kind of に お け る ゲ ノ ム analytical に multiple others have sharper な ゲ ノ ム decision method with column で あ る と exam え ら れ た.

项目成果

ニホンウズラTRIM領域の塩基配列の決定

日本鹌鹑TRIM区碱基序列的测定

• 发表时间: 2010
• 作者: 鈴木進悟;ら
• 通讯作者: ら

カニクイザル3集団におけるMHCクラスI遺伝子(Mafa-A)の多型性の比較

三个食蟹猴群体MHC I类基因(Mafa-A)多态性比较

• 发表时间: 2009
• 作者: 北夕紀;ら
• 通讯作者: ら

Contribution of mutation, recombination, and gene conversion to chicken MHC-B haplotype diversity.

突变，重组和基因转化对鸡肉MHC-B单倍型多样性的贡献。

• DOI: 10.4049/jimmunol.181.5.3393
• 发表时间: 2008-09-01
• 期刊: Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
• 作者: Hosomichi K;Miller MM;Goto RM;Wang Y;Suzuki S;Kulski JK;Nishibori M;Inoko H;Hanzawa K;Shiina T
• 通讯作者: Shiina T

Polymorphism analysis of major histocompatibiiity complex (MHC) region using captive bottlenose dolphin (Tursiops truncatus)

使用圈养宽吻海豚 (Tursiops truncatus) 对主要组织相容性复合体 (MHC) 区域进行多态性分析

• 发表时间: 2009
• 作者: Kita Y;et al
• 通讯作者: et al

バンドウイルカMHC遺伝子の多型解析と他鯨類への応用

宽吻海豚MHC基因多态性分析及其在其他鲸目动物中的应用

• 发表时间: 2008
• 期刊: 月間海洋 40
• 作者: Umezawa;T.;et al.;Kulski JK;北夕紀
• 通讯作者: 北夕紀