シークエンシングによるMHC領域の比較ゲノム解析

通过测序对 MHC 区域进行比较基因组分析

• 批准号: 16011253
• 负责人: 椎名 隆
• 金额: $ 4.8万
• 依托单位: Tokai University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16011253/
• 关键词: MHC; 比較ゲノム解析; シークエンシング; 多様性

本研究課題では、MHC領域が高等な免疫系を獲得してきた経緯を明らかにするために、様々な生物種についてこの領域のゲノム配列を決定し、それらの配列よりMHC領域の形成の分子機構を明らかにすることを目的とした。本年度の成果として、1)ヒト、チンパンジー、アカゲザル間のMHCクラスI領域における塩基置換プロファイリングを行った結果、ヒトMHCハプロタイプ間における塩基置換率の平均値は0.12%、インデル含有率の平均値は0.34%であった。また、ヒト/チンパンジー間およびヒト/アカゲザル間における塩基置換率の平均値はそれぞれ1.07%、5.18%であり、インデル含有率の平均値はそれぞれ4.84%、19.36%であった。また、アノテーションに基づいた解析から、これらの値は遺伝子の機能や密度および反復配列などの影響を受けて大きく異なっていたこと、2)アカゲザルには、HLA-B/Cに相当しかつ遺伝子重複産物であると考えられる19個のMamu-Bが同定された。これらの遺伝子重複は約70kbを1ユニットとしてタンデムに重複しており、各重複ユニットの末端にはLTR配列の1種であるMLT1あるいはMLT2が存在したこと、3)位置的にHLA-Bに相当するキツネザルの直系遺伝子は明らかに偽遺伝子であった。ところが、ヒトではHLA-Bと構造的に類似し、かつ偽遺伝子であるHLA-L付近において、キツネザルでは複数個の遺伝子が確認確認されたことから、これらのHLA-B側系遺伝子がHLA-Bの機能を担っている可能性が考えられたこと、4)単孔類に属するカモノハシのBACライブラリーから分離した90個のMHCクラスI遺伝子陽性クローンは少なくとも8グループに分類されたことが挙げられる。

This research topic is to determine the molecular structure of MHC domain in order to obtain the molecular structure of MHC domain Results for the year: Average value of MHC substitution ratio and MHC content: 0.12% and 0.34% respectively. The average values of the base substitution rate and the content rate were 1.07%, 5.18%, 4.84%, 19.36%, respectively. The analysis of the base of the HLA-B/C sequence is affected by the function and density of the HLA-B/C sequence. The analysis of the base of the HLA-B/C sequence is affected by the density of the HLA-B sequence. The analysis of the base of the HLA-B sequence is affected by the density of the HLA-B sequence. The sequence repeats approximately 70kb, and the sequence repeats approximately 70kb. The sequence repeats approximately 70kb, and the sequence repeats approximately 70 kb. The sequence repeats approximately 70 kb. The sequence repeats approximately 70 kb, and the sequence repeats approximately 70 kb. The sequence repeats approximately 70 kb. The sequence repeats approximately 70 kb, and the sequence repeats approximately 70 kb. The sequence repeats approximately 70 kb. The sequence repeats approximately 70 kb, and the sequence repeats approximately 70 kb. The sequence repeats approximately 70 kb, and the sequence repeats approximately 70 kb. The sequence repeats approximately 70 kb, and the sequence repeats approximately 70 kb. HLA-B gene construct similarity, pseudogene, HLA-L gene proximity, HLA-B gene identity, H 4) Single hole type belongs to the category of BAC, which is separated from 90 MHC and BAC positive genes.

项目成果

Rhesus macaque class I duplicon structures, organization, and evolution within the alpha block of the major histocompatibility complex

• DOI: 10.1093/molbev/msh216
• 发表时间: 2004-11-01
• 期刊: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
• 影响因子: 10.7
• 作者: Kulski, JK;Anzai, T;Inoko, H
• 通讯作者: Inoko, H

Comparative genomic analysis of two avian-quail and chicken-major histocompatibility complex regions.

两个禽鹌鹑和鸡主要组织相容性复合体区域的比较基因组分析。

• 发表时间: 2004
• 期刊: J.Immunol 172
• 作者: Yoshii;T.;Funada;Y.;Ibuki;T.;Matsumoto;A.;Tanimura;T.;Tomioka;K.;Takehiro Kusakabe;Edgar A.Otto;Reiko Yoshida;Takehiro Kusakabe;Hironori Ando;日下部 岳広;Shiina T;International Chicken Genome Sequencing Consortium;Shiina T;Kulski JK;Hurt P;Shiina T
• 通讯作者: Shiina T

An update of the HLA genomic region, loci information and disease associations : 2004

HLA 基因组区域、基因座信息和疾病关联的更新：2004 年

• 发表时间: 2004
• 期刊: Tissur Antigens 64
• 作者: 工藤;朝長;安浪;岡本;中村;Shiina T
• 通讯作者: Shiina T

Interchromosomal duplication of major histocompatibility complex class I regions in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), a species with presumable recent tetraploid ancestry.

虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）主要组织相容性复合物 I 类区域的染色体间复制，该物种可能具有最近的四倍体祖先。

• 发表时间: 2005
• 期刊: Immunogenetics (In press)
• 作者: Yoshii;T.;Funada;Y.;Ibuki;T.;Matsumoto;A.;Tanimura;T.;Tomioka;K.;Takehiro Kusakabe;Edgar A.Otto;Reiko Yoshida;Takehiro Kusakabe;Hironori Ando;日下部 岳広;Shiina T
• 通讯作者: Shiina T

The genomic sequence and comparative analysis of the rat major histocompatibility complex

• DOI: 10.1101/gr.1987704
• 发表时间: 2004-04-01
• 期刊: GENOME RESEARCH
• 影响因子: 7
• 作者: Hurt, P;Walter, L;Himmelbauer, H
• 通讯作者: Himmelbauer, H