シークエンシングによるMHC領域の比較ゲノム解析

通过测序对 MHC 区域进行比较基因组分析

• 批准号: 15011249
• 负责人: 椎名 隆
• 金额: $ 3.52万
• 依托单位: Tokai University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15011249/
• 关键词: MHC; 比較ゲノム解析; シークエンシング

本研究課題では、MHC領域におけるゲノム進化のメカニズムを明らかにするために、(1)種の分岐点に位置し、進化学的に興味深い生物種(チンパンジー、アカゲザル、ブタ、ラット、ウズラ、ニワトリ、ニジマス、サメ)のMHC領域のゲノム塩基配列を決定し、得られたゲノム塩基配列と既知の塩基配列情報を含めたデータベースを構築し、比較ゲノム解析に重要な情報を抽出すること、(2)ゲノム4倍体化直前にヒトの祖先と分岐した頭索動物(ナメクジオウオ)におけるMHC祖先領域のシークエンシングをおこなうことにより、ヒトから線虫、酵母までの幅広い生物種におけるMHCの進化、形成の分子機序、およびゲノム4倍体化の過程を上記の解析法にて総合的に明らかにすることを目的とした。その結果、これまでに合計14.8Mb(ヒト:3725kb,チンパンジー:1750kb,アカゲザル:3285kb,ブタ:979kb,ラット:3828kb,ウズラ:179kb,ニワトリ:243kb,ニジマス:209kb,サメ:271kb;ナメクジウオ:511kb)のゲノム塩基配列を決定した。これらのゲノム塩基配列をもとに比較解析をおこなった結果、生物種間における基本的な遺伝子構造は大まかには保存されているが、それぞれの生活環境に適応するためのMHCやMHC関連遺伝子のbirth and deathにより形成されてきたこと、MHCクラスI領域におけるヒトとチンパンジーの多様性は1.4%であったこと、アカゲザルのMHCクラス1遺伝子座数はヒトやチンパンジーの3倍有していたこと、MHC遺伝子の誕生は脊椎動物の誕生時期と一致すること、哺乳類のMHC領域の誕生には、大規模なゲノム再編成が必要であることを明らかにした。さらに、ゲノム配列の蓄積とともにMHC統合データベース(M-integra)の開発も進めており、これまでにMHC領域の遺伝子地図、Unigeneや完全長cDNA配列との相同性解析結果、多様性プロファイル解析結果の視覚化に成功した。

The topic of this study, the field of MHC, the development of MHC, the location of (1), the location of (1). We know that there are some problems in the MHC ancestral domain, such as the ancestral bifurcation, the bifurcation of the ancestral bifurcation, the movement of the animals, the ancestral domain, the ancestral domain. Yeast tests show that the biological species have improved their MHC, formed their molecular sequences, and quadrupled them through the process of high resolution. According to the results, the results showed that the base configuration was determined based on the results of the total 14.8Mb (14.8Mb: 3725kb, general statistics: 1750kb, benchmark: 3285kb, customer: 979kb, customer: 3828kb, customer: 179kb, customer: 243kb, customer: 209kb, customer: 271kb; baseline: 511kb). In this paper, we compare and analyze the results of the experiment, the basic equipment of the biological laboratory, the basic equipment of the biological medicine, the environmental protection of the living environment, the MHC, the MHC, the baby, the baby. In the field of MHC, we need to know that the number of children in the field of MHC is 1.4%, the number of child seats is 3%, the number of children in the field of MHC is 1.4%, the number of children in the field of health is 1.4%, the number of children in the field of health is 1.4%, the number of children in the field of health is 1.4%, the number of children in the field of health is 1.4%, the number of children in the field of health is 1.4%. The large-scale model is then changed into a necessary one. The results of the analysis of the homogeneity of the complete cDNA of the Unigene, the results of the analysis of the results of the analysis, and the results of the analysis of the results of the analysis of the homogeneity of the data in the field of MHC, in the field of Unigene, and in the analysis of the results of the analysis of the results of the analysis of the homogeneity of the data, and the results of the analysis of the results of the analysis, the results of the analysis of the results of the analysis of the homogeneity of the data, the results of the analysis of the results of the analysis of the results of the analysis of

项目成果

A.Shigenari: "Nucleotide sequencing analysis of the swine 433-kb genomic segment located between the non-classical and classical SLA class I gene clusters."Immunogenetics. (In press). (2004)

A.Shigenari：“对位于非经典和经典 SLA I 类基因簇之间的猪 433-kb 基因组片段进行核苷酸测序分析。”免疫遗传学。

A.Anzai: "Comparative sequencing of human and chimpanzee MHC class I regions unveils insertions/deletions as the major path to genomic divergence."Proc Natl Acad Sci USA.. 100. 7708-7713 (2003)

A.Anzai：“人类和黑猩猩 MHC I 类区域的比较测序揭示了插入/删除是基因组分歧的主要途径。”Proc Natl Acad Sci USA.. 100. 7708-7713 (2003)

A.Vienne: "Evolution of the proto-MHC ancestral region : more evidence for the plesiomorphic organisation of human chromosome 9q34 region."Immunogenetics. 55. 429-436 (2003)

A.Vienne：“原 MHC 祖先区域的进化：人类染色体 9q34 区域的拟态组织的更多证据。”免疫遗传学。

H.Uenishi: "Genomic structure around joining segments and constant regions of swine T-cell receptor alpha/delta(TRA/TRD) locus."Immunology. 109. 515-526 (2003)

H.Uenishi：“猪 T 细胞受体 α/δ（TRA/TRD）位点连接片段和恒定区周围的基因组结构。”免疫学。