様々な生物種の主要組織適合遺伝子複合体の構造解析とゲノム進化のメカニズム

不同物种主要组织相容性复合体的结构分析及基因组进化机制

• 批准号: 12202047
• 负责人: 椎名 隆
• 金额: --
• 依托单位: Tokai University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12202047/
• 关键词: MHC; シークエンシング; 比較ゲノム解析; 重複

MHC領域は進化学的に保存されている遺伝子が数多く存在することやあらゆる生物種の塩基配列情報およびマッピング情報が豊富であることから、遺伝子の動態を追究するには最適な領域である。すなわち、MHC領域はヒトゲノムの形成機序を追究するためのモデル領域となりうる。我々はすでにヒトMHC領域2.2Mbおよびその相同領域の1つである1q22-23 CD1遺伝子群領域1,1 Mbのゲノムシークエンシングを完了したが、さらに機能的に高度に保存されている他種のMHC領域のゲノムシークエンシングを行い、比較解析することによりゲノム進化、形成の分子機構を解明することを試みている。具体的には、ナメクジウオ、ウズラ、ブタ、チンパンジーの各種MHCまたはMHC祖先領域を対象とした。その結果、これまでに合計900kb(ナメクジウオ:240kb、ウズラ:120kb、ブタ:160kb、チンパンジー:380kb)の塩基配列を決定した。特に、ナメクジウオのMHC祖先領域に存在する23個の遺伝子のうち、12個は、MHCまたはMHC相同領域に存在するparalogous遺伝子であることから、ナメクジウオはMHC領域の構造をよく保存していることがわかった。また、16個のチンパンジーのBACクローンを用いて作成した約1MbのMHCクラスI領域をカバーするクローンのうち、2個のBACクローンの塩基配列を決定した結果、欠失や挿入を除けば、ヒトMHC領域の構造と一致しており、ヒトゲノム塩基配列と98%の相同性が認められた。したがって、一般的にはヒトとチンパンジー間の相同性は平均98.4%と言われているが、多様性が蓄積されているMHC領域についてもほぼ同様な数値が得られたことになる。現在これらの生物種の他にラット、サメ、赤毛ザルのシークエンシングも進めている。さらに、これらの成果および他の研究所が決定したゲノム配列を統合したデータベース(M-integra)を構築中である。

は MHC field into chemical に save さ れ て い る heritage 伝 が number more く す る こ と や あ ら ゆ る biological の salt base with column intelligence お よ び マ ッ ピ ン グ intelligence が aboundant で あ る こ と か ら shall be investigated, but 伝 の dynamic を す る に は optimum な field で あ る. Youdaoplaceholder0, in the MHC field, ヒトゲノム ヒトゲノム, を form sequence, するため, モデ, とな field, うる. I 々 は す で に ヒ ト MHC area 2.2 Mb お よ び そ の の same field 1 つ で あ る 1 q22-23 which CD1 伝 subgroup area 1, 1 Mb の ゲ ノ ム シ ー ク エ ン シ ン グ を finished し た が, さ ら に function に highly に save さ れ て い る he の MHC field の ゲ ノ ム シ ー ク エ ン シ ン グ を line い, comparative analytic す る こ と に よ り ゲ ノ ム evolution, forming の molecular mechanism を interpret す る こ と を try み て い る. Specific に は, ナ メ ク ジ ウ オ, ウ ズ ラ, ブ タ, チ ン パ ン ジ ー の various MHC ま た は MHC を ancestors field like と seaborne し た. そ の results, こ れ ま で に amounted to 900 KB (ナ メ ク ジ ウ オ : 240 KB, ウ ズ ラ : 120 KB, ブ タ : 160 KB, チ ン パ ン ジ ー : 380 KB) の salt base with column を decided し た. に, ナ メ ク ジ ウ オ の MHC に ancestors field exist す る 23 の posthumous son 伝 の う ち, 12 は, MHC ま た は MHC に exist same field す る paralogous posthumous son 伝 で あ る こ と か ら, ナ メ ク ジ ウ オ は の MHC field structure を よ く save し て い る こ と が わ か っ た. ま た, 16 の チ ン パ ン ジ ー の BAC ク ロ ー ン を with い て made し た about 1 MB の MHC ク ラ ス I field を カ バ ー す る ク ロ ー ン の う ち, 2 の BAC ク ロ ー ン の salt base with column を decided し た results, owe lost や scions into を except け ば, ヒ ト の MHC field structure consistent と し て お り, ヒ ト ゲ ノ ム salt base with column と 98 % <s:1> similarity が recognize められた. し た が っ て, general に は ヒ ト と チ ン パ ン ジ ー の phase between same-sex は average 98.4% と said わ れ て い る が, many others が accumulation さ れ て い る MHC field に つ い て も ほ ぼ with others な the numerical が must ら れ た こ と に な る. Now こ れ ら の biological の he に ラ ッ ト, サ メ, red hair ザ ル の シ ー ク エ ン シ ン グ も into め て い る. さ ら に, こ れ ら の results お よ び の institute が his decision し た ゲ ノ ム match column を integration し た デ ー タ ベ ー ス (M - integra) を building in で あ る.

项目成果

L.Z.Holland: "Characterization and developmental expression of the amphioxos homolog of Notch : evolotionary conservation of multiple expression domain"Developmental Biology. (印刷中).

L.Z.Holland：“Notch 文昌鱼同源物的表征和发育表达：多表达域的进化保守”发育生物学（正在出版）。