糖タンパク質の構造グライコミクスを展開するためのデータベースの構築

糖蛋白结构糖组学数据库的构建

• 批准号: 15014228
• 负责人: 加藤 晃一
• 金额: $ 1.79万
• 依托单位: Nagoya City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 2004
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15014228/
• 关键词: 糖タンパク質; グライコミクス; 構造生物学; NMR; 多次元HPLC法; 糖鎖; データベース; 質量分析

1.糖鎖構造決定を支援するデータベースの開発糖タンパク質の構造生物学研究を行うためには、ポリペプチド鎖のアミノ酸配列に加えて、糖鎖の配列・結合様式を異性体の違いも含めて明らかにしておくことが必要である。我々は、この目的を実現するために、多次元HPLC法による糖鎖プロファイリング解析の一層の効率化をはかり、HPLCデータと質量分析データを統合したWEBアプリケーション"GALAXY"を開発してインターネット上での公開を開始した。2.多次元HPLCデータの拡張硫酸転移酵素およびフコース転移酵素の遺伝子を導入したLS12細胞株を用いて硫酸化糖鎖の大量発現を行い、その構造解析に着手した。本年度は当該細胞膜画分より得られた約20種類のアシアロ硫酸化糖鎖について質量分析法を駆使した構造解析を行い、それらの多次元HPLCデータを収集した。3.安定同位体標識を利用した糖鎖の構造解析In vitroにおける糖転移酵素反応を利用して分岐鎖の各非還元末端残基に選択的に安定同位体標識を施したピリジルアミノ化糖鎖のアイソトポマーを調製し、MS/MSスペクトルにおいて観測されるフラグメンテーションパターンを解析した。この方法を用いることによって糖鎖のフラグメントイオンを曖昧性なく同定することが可能となり、分岐構造を有する糖鎖のグリコシド結合における開裂のしやすさの違いなどを系統的に解析する基礎を築くことができた。

1. It is necessary to study the structural biology of glycan structure determination, such as the development of glycan, the coordination of glycan, the coordination of glycan, the combination of glycan, the violation of heterostructure, and the development of glycan. The aim of this study is to develop a new method for the analysis of GALAXY by HPLC. 2. Multi-element HPLC analysis of sulfated glycoproteins and their derivatives was carried out in LS12 cells. This year, about 20 kinds of sulfated glycans were analyzed by mass spectrometry, and several kinds of HPLC samples were collected. 3. The use of stable isotope identification In the analysis of the structure of the sugar lock in vitro, the use of sugar shift enzyme reaction, the use of non-reducing terminal residues of the lock, the use of stable isotope identification in the analysis of the structure of the sugar lock in MS/MS This method is used to analyze the structure of the sugar chain.

项目成果

N.Takahashi et al.: "N-Glycan structures of squid rhodopsin : Existence of the α1-3 and α1-6 difucosylated innermost GlcNAc residue in a molluscan glycoprotein"Eur.J.Biochem. 270. 2627-2632 (2003)

N. Takahashi 等：“鱿鱼视紫红质的 N-聚糖结构：软体动物糖蛋白中 α1-3 和 α1-6 二岩藻糖基化最内 GlcNAc 残基的存在”Eur.J.Biochem. 270. 2627-2632 (2003)

N.Takahashi, K.Kato: "GALAXY (Glycoanalysis by the three axes of MS and chromatography) : a Web application that assists structural analyses of N-glycans"Trends Glycosci.Glycotech.. 15. 235-251 (2003)

N.Takahashi、K.Kato：“GALAXY（通过 MS 和色谱三轴进行糖分析）：辅助 N-聚糖结构分析的 Web 应用程序”Trends Glycosci.Glycotech.. 15. 235-251 (2003)

T.Mizushima et al.: "Structural basis of sugar-recognizing ubiquitin ligase"Nature Struct.Mol.Biol.. (印刷中). (2004)

T. Mizushima 等人：“糖识别泛素连接酶的结构基础”Nature Struct.Mol.Biol..（出版中）。

M.Nagaya et al.: "Two-dimensional high performance liquid chromatography mapping of sugar chains demonstrated the biantennary, complex N-glycan addition to the recombinant glycoprotein produced by baculovirus-infected Antheraea pernyi insect cells"J.Insec

M.Nagaya 等人：“糖链的二维高效液相色谱图谱证明了杆状病毒感染的柞蚕昆虫细胞产生的重组糖蛋白中添加了双触角、复杂的 N-聚糖”J.Insec

山口芳樹, 加藤晃一: "レクチンによる糖鎖認識の構造生物学"生化学. (印刷中). (2004)

Yoshiki Yamaguchi、Koichi Kato：“凝集素识别聚糖的结构生物学”生物化学（出版中）。