糖タンパク質の構造グライコミクスを展開するためのデータベースの拡張と応用

糖蛋白结构糖组学开发的数据库扩展和应用

• 批准号: 16014221
• 负责人: 加藤 晃一
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Nagoya City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16014221/
• 关键词: 糖タンパク質; グライコミクス; 構造生物学; NMR; 多次元HPLC法; 糖鎖; データベース; 質量分析

(1)糖鎖データの拡張これまでの糖鎖構造データベースは、硫酸化糖鎖に関する情報を含んでいなかった。これは、硫酸化糖鎖が天然には微量にしか存在しないために、構造解析が困難であったことによる。そこで、硫酸基転移酵素の遺伝子を導入した動物細胞株を用いて硫酸化糖鎖の大量発現を行い、多次元HPLC法と質量分析法により、それらの構造解析を行った。これによって硫酸化糖鎖の構造データベースを構築することが可能となった。(2)GALAXYを利用した糖鎖プロファイリングGALAXYに搭載している糖鎖構造データベースを利用して、様々な自己免疫疾患における免疫グロブリンの糖鎖プロファイルデータの収集、種々の宿主において発現したインフルエンザウイルスや寄生虫表面の糖鎖プロファイリングを行った。(3)NMRによる糖鎖とレクチンの相互作用解析糖タンパク質の細胞内運命(フォールディング、輸送、分解)を決定する様々なレクチンによる糖鎖認識メカニズムをNMRを用いて研究した。特に、安定同位体標識を施した糖ペプチドをリガンドとして用いることにより、ユビキチンリガーゼSCF^<Fbs1>の標的糖タンパク質の認識メカニズムを原子レベルで明らかにすることに成功した。(4)安定同位体標識糖鎖を利用した質量分析糖鎖は独特な分岐構造を有するなどの理由により数多くの異性体が存在するため、質量分析を利用した構造解析が困難である。最近、MS/MSにおけるフラグメンテーションの様式の違いを利用して糖鎖の異性体を識別しようという試みが行われてきている。そのためには、フラグメンテーションパターンに差異が生じる所以を探求することが重要である。我々は、特定の分岐の非還元末端を安定同位体で標識した種々の糖鎖アイソトポマーを用いて、分岐構造の開裂様式を解析した。この方法を用いることによって分岐構造を有する糖鎖のグルコシド結合における開裂のしやすさの違いなどを系統的に解析することが可能となった。

(1)The sugar lock structure data such as the tension of the sugar lock data contains information related to the sulfated sugar lock. The sulfated sugar lock is difficult to analyze in nature. The introduction of sulfated glycogen into animal cell lines, the analysis of sulfated glycogen by HPLC and mass spectrometry The structure of sulfated sugar chain can be constructed. (2)GALAXY is used to detect the presence of sugar chains on the surface of parasites and to detect immune diseases. (3) The interaction analysis of sugar chain by NMR and the determination of intracellular transport of sugar chain by NMR. In particular, stable isotope identification is applied to the identification of sugar, sugar and other substances, and the identification of sugar and other substances is successful<Fbs1>. (4)Stable Isotope Identification Sugar Locks are Difficult to Use for Mass Analysis Sugar Locks are Difficult to Use for Unique Differentiation Structures Recently, MS/MS has been used to identify the heterosexual of sugar chain. The difference between the two is that they are very important. The analysis of the molecular structure of the molecular structure of the molecular structure This method is used to analyze the structure of the polymer chain and the structure of the polymer chain.

项目成果

Temperature-dependent isologous Fab-Fab interaction that mediates cryocrystallization of a monoclonal immunoglobulin G

介导单克隆免疫球蛋白 G 冷冻结晶的温度依赖性同源 Fab-Fab 相互作用

• 发表时间: 2004
• 期刊: Mol.Immunol. 41
• 作者: Yoshihiko Tashima;et al.;K.Kato et al.;坂田絵理ら;H.Yagi et al.
• 通讯作者: H.Yagi et al.

ユビキチンリガーゼの機能発現の構造的基盤

泛素连接酶功能表达的结构基础

• 发表时间: 2004
• 期刊: 細胞工学 23
• 作者: Yoshihiko Tashima;et al.;K.Kato et al.;坂田絵理ら
• 通讯作者: 坂田絵理ら

Recombinant curculin heterodimer, exhibits taste-modifying and sweet-tasting activities

• DOI: 10.1016/j.febslet.2004.07.073
• 发表时间: 2004-08-27
• 期刊: FEBS LETTERS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Suzuki, M;Kurimoto, E;Kato, K
• 通讯作者: Kato, K

Structural basis of sugar-recognizing ubiquitin ligase

• DOI: 10.1038/nsmb732
• 发表时间: 2004-04-01
• 期刊: NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY
• 影响因子: 16.8
• 作者: Mizushima, T;Hirao, T;Tanaka, K
• 通讯作者: Tanaka, K

Discrimination of isomeric fragment ions observed in tandem mass spectra of biantennary oligosaccharides by use of selective isotope labeling

利用选择性同位素标记区分双触角寡糖串联质谱中观察到的异构片段离子

• 发表时间: 2004
• 期刊: J.Mass Spectrom.Soc.Japan 52
• 作者: Yoshihiko Tashima;et al.;K.Kato et al.
• 通讯作者: K.Kato et al.