糖タンパク質の構造グライコミクスを展開するためのデータベースの拡張と応用

糖蛋白结构糖组学开发的数据库扩展和应用

• 批准号: 16014221
• 负责人: 加藤 晃一
• 金额: $ 1.47万
• 依托单位: Nagoya City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16014221/
• 关键词: 糖タンパク質; グライコミクス; 構造生物学; NMR; 多次元HPLC法; 糖鎖; データベース; 質量分析

(1)糖鎖データの拡張これまでの糖鎖構造データベースは、硫酸化糖鎖に関する情報を含んでいなかった。これは、硫酸化糖鎖が天然には微量にしか存在しないために、構造解析が困難であったことによる。そこで、硫酸基転移酵素の遺伝子を導入した動物細胞株を用いて硫酸化糖鎖の大量発現を行い、多次元HPLC法と質量分析法により、それらの構造解析を行った。これによって硫酸化糖鎖の構造データベースを構築することが可能となった。(2)GALAXYを利用した糖鎖プロファイリングGALAXYに搭載している糖鎖構造データベースを利用して、様々な自己免疫疾患における免疫グロブリンの糖鎖プロファイルデータの収集、種々の宿主において発現したインフルエンザウイルスや寄生虫表面の糖鎖プロファイリングを行った。(3)NMRによる糖鎖とレクチンの相互作用解析糖タンパク質の細胞内運命(フォールディング、輸送、分解)を決定する様々なレクチンによる糖鎖認識メカニズムをNMRを用いて研究した。特に、安定同位体標識を施した糖ペプチドをリガンドとして用いることにより、ユビキチンリガーゼSCF^<Fbs1>の標的糖タンパク質の認識メカニズムを原子レベルで明らかにすることに成功した。(4)安定同位体標識糖鎖を利用した質量分析糖鎖は独特な分岐構造を有するなどの理由により数多くの異性体が存在するため、質量分析を利用した構造解析が困難である。最近、MS/MSにおけるフラグメンテーションの様式の違いを利用して糖鎖の異性体を識別しようという試みが行われてきている。そのためには、フラグメンテーションパターンに差異が生じる所以を探求することが重要である。我々は、特定の分岐の非還元末端を安定同位体で標識した種々の糖鎖アイソトポマーを用いて、分岐構造の開裂様式を解析した。この方法を用いることによって分岐構造を有する糖鎖のグルコシド結合における開裂のしやすさの違いなどを系統的に解析することが可能となった。

（1）膨胀聚糖数据以前的聚糖结构数据库不包含有关硫化聚糖的信息。这是因为结构分析很困难，因为硫酸化的糖链仅在自然界中少量存在。因此，使用硫酸盐转移酶引入的动物细胞系来表达大量硫酸盐链，并通过多维HPLC和质谱法进行结构分析。这使得可以构建一个硫化糖链的结构数据库。 （2）使用银河系使用星系的糖基链分析，使用安装在银河系中的糖基化数据库，我们在各种自身免疫性疾病中收集了免疫球蛋白的糖基化数据，以及在各种宿主中表现出的流感病毒和帕拉斯群体表面的糖基化分析。 （3）使用NMR研究了各种凝聚蛋白确定糖蛋白的细胞内命运（折叠，转运，降解）的聚糖识别的机理对聚糖链霉素相互作用的分析。特别是，通过使用稳定的同位素标记的糖肽作为配体，我们成功阐明了在原子水平上识别泛素连接酶SCF^<fbs1>靶糖蛋白的机制。 （4）使用稳定的同位素标记的糖链的质谱法由于存在许多异构体而出于诸如具有独特的分支结构等原因，因此很难使用质谱进行结构分析。最近，已经尝试使用MS/MS中碎片模式中的差异来识别聚糖的异构体。为此，重要的是要探讨为什么在破碎模式中发生差异。我们使用特定分支的非还原末端标记的各种聚糖同位素分析了分支结构的裂解模式。通过使用这种方法，可以系统地分析与分支结构的糖链的糖链糖苷键裂解的差异。

项目成果

ユビキチンリガーゼの機能発現の構造的基盤

泛素连接酶功能表达的结构基础

• 发表时间: 2004
• 期刊: 細胞工学 23
• 作者: Yoshihiko Tashima;et al.;K.Kato et al.;坂田絵理ら
• 通讯作者: 坂田絵理ら

Temperature-dependent isologous Fab-Fab interaction that mediates cryocrystallization of a monoclonal immunoglobulin G

介导单克隆免疫球蛋白 G 冷冻结晶的温度依赖性同源 Fab-Fab 相互作用

• 发表时间: 2004
• 期刊: Mol.Immunol. 41
• 作者: Yoshihiko Tashima;et al.;K.Kato et al.;坂田絵理ら;H.Yagi et al.
• 通讯作者: H.Yagi et al.

Structural basis of sugar-recognizing ubiquitin ligase

• DOI: 10.1038/nsmb732
• 发表时间: 2004-04-01
• 期刊: NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY
• 影响因子: 16.8
• 作者: Mizushima, T;Hirao, T;Tanaka, K
• 通讯作者: Tanaka, K

Gentamicin binds to the lectin site of calreticulin and inhibits its chaperone activity

• DOI: 10.1016/j.bbrc.2004.08.099
• 发表时间: 2004-10-08
• 期刊: BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS
• 影响因子: 3.1
• 作者: Horibe, T;Matsui, H;Kikuchi, M
• 通讯作者: Kikuchi, M

Discrimination of isomeric fragment ions observed in tandem mass spectra of biantennary oligosaccharides by use of selective isotope labeling

利用选择性同位素标记区分双触角寡糖串联质谱中观察到的异构片段离子

• 发表时间: 2004
• 期刊: J.Mass Spectrom.Soc.Japan 52
• 作者: Yoshihiko Tashima;et al.;K.Kato et al.
• 通讯作者: K.Kato et al.