Development of diagnostic tools for personalized cancer medicine by genomic and epigenomic analyses

通过基因组和表观基因组分析开发个性化癌症医学诊断工具

• 批准号: 22240090
• 负责人: INAZAWA Johji
• 金额: $ 32.12万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22240090/
• 关键词: 難治がん; 癌遺伝子; 癌抑制遺伝子; ゲノム; エピゲノム; マイクロRNA; DNAメチル化; 分子標的薬

In order to develop useful diagnostic tools for personalized cancer medicine, we performed genetic and epigenomic analyses in cancer, and identified novel cancer-related genes. By using methylation-based screening of tumor suppressor (TS) -miRNAs in oral squamous cell carcinoma (OSCC), we identified miR-596 and it target gene, LGALS3BP. Epithelial-mesenchymal transition (EMT) is relevant to the mechanism of invasion and metastasis in cancer. From a comprehensive gene expression analysis using colorectal cancer (CRC) cell lines, and following the ontology (GO) analysis, SIX1 was identified as an EMT-related gene in CRC. Furthermore, through DNA methylation and gene expression analyses of components in the Wnt signaling pathway, we identified WNT7A and WNT10A as genes silenced by mesenchymal-specific DNA hypermethylation in oral OSCC. In autophagy LC3 has a physiologically important role. Among LC3 family genes, we identified two transcriptional variants of LC3A, LC3Av1 and LC3Av2. Interestingly, we found that LC3Av1 functions in autophagy and indicated that LC3Av1 may be crucial in various types of cancer.

为了开发个性化癌症医学的有用诊断工具，我们对癌症进行了遗传和表观基因组分析，并确定了新的癌症相关基因。通过甲基化筛选口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的肿瘤抑制（TS）-miRNAs，我们鉴定了miR-596及其靶基因LGALS 3BP。上皮间质转化（EMT）与肿瘤的侵袭和转移机制有关。从使用结直肠癌（CRC）细胞系的综合基因表达分析，并遵循本体（GO）分析，SIX 1被鉴定为CRC中的EMT相关基因。此外，通过DNA甲基化和基因表达分析的Wnt信号通路中的组件，我们确定了WNT 7A和WNT 10A的基因沉默间充质特异性DNA甲基化在口腔鳞癌。在自噬中，LC 3具有重要的生理作用。在LC 3家族基因中，我们鉴定了LC 3A的两个转录变体，LC 3Av 1和LC 3Av 2。有趣的是，我们发现LC 3Av 1在自噬中起作用，并表明LC 3Av 1可能在各种类型的癌症中至关重要。

项目成果

Function-based screening of tumor-suppressor microRNAs silenced by DNA hypermethylation in cancer

基于功能的癌症中 DNA 高甲基化沉默的肿瘤抑制 microRNA 的筛选

• 发表时间: 2011
• 作者: S.Matsukawa;R.Shimada;K.Matsui;稲澤讓治
• 通讯作者: 稲澤讓治

肝細胞癌におけるCpGアイランドの過剰メチル化により発現制御される新規がん抑制遺伝子の同定

肝细胞癌中一种新型抑癌基因的鉴定，其表达受 CpG 岛高甲基化调节

• 发表时间: 2010
• 作者: 松村聡、稲澤譲治;他
• 通讯作者: 他

食道扁平上皮癌で高頻度に発現消失する新規癌抑制遺伝子候補protocadherin17

原钙粘蛋白17，一种新型抑癌基因候选物，其表达在食管鳞状细胞癌中经常丢失

• 发表时间: 2010
• 作者: 井本逸勢、稲澤譲治;他
• 通讯作者: 他

がんのゲノム医学入門.

癌症基因组医学简介。

• 作者: 横井左奈;稲澤讓治 他
• 通讯作者: 稲澤讓治 他

子宮体癌細胞株の機能的スクリーニングを用いたエピゲノム異常により発現抑制される癌抑制遺伝子型microRNAの同定

利用子宫内膜癌细胞系的功能筛选鉴定其表达受到表观基因组异常抑制的抑癌基因型 microRNA

• 发表时间: 2010
• 作者: 鶴田智彦、稲澤譲治;他
• 通讯作者: 他