新ゲノム解析オリゴアレイ法による遺伝性対側性色素異常症の病因遺伝子の解明

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遺伝性対側性色素異常症の病因遺伝子を明らかにするために、まずその遺伝子の座位の特定を試み、連鎖解析により座位の特定に成功した。つぎに病因遺伝子の候補領域を数cMの距離にまで絞り込んだが、近傍の組み換え情報を得られるDNAマーカーの数が不足していたため、原因遺伝子の特定までは至らなかった。このためオリゴアレイによる遺伝子プロファイリングを用いて、別方向からの病因遺伝子の推定を計画した。しかし、本研究中にゲノムプロジェクトにより、95%の遺伝子のドラフト配列が明らかにされ、また詳細な物理地図も作成され、公開された物理地図やドラフト配列から、有用なDNAマーカーが得られ、オリゴアレイによる発現解析よりも直接的に病因遺伝子を特定する事が可能となった。そのため、まずDNAマーカーと物理地図を用いて病因遺伝子座位の詳細な解析をまず行い、病因遺伝子を特定した後にオリゴアレイによる発現解析を行うことにした。したがって、まず遺伝性対側性色素異常症の3家系の家系構成員83人のうち、これまでの連鎖解析とハプロタイプ解析から、候補領域を狭めるのに有効な組み換え情報が得られると考えられる17人を対象に、データベースから得られた配列に基づいてマーカーを作成し、疾患とマーカーとの組み替えの有無を調べた。その結果、数cMの候補領域は、物理的距離にして約12Mbに及ぶ事が解かった。その後さらにデータベースの配列から作製したマーカーおよび、患者家系の候補領域の遺伝子において、我々が発見したSNPを用いて、ハプロタイプ解析を行ったところ、候補領域を約3Mbに絞り込むことができた。現在、この候補領域で疾患と関連ありそうな遺伝子の変異を解析中である。