新ゲノム解析オリゴアレイ法による遺伝性対側性色素異常症の病因遺伝子の解明

使用新的基因组分析寡核苷酸阵列方法阐明遗传性​​对侧色素沉着障碍的病因基因

• 批准号: 12877132
• 负责人: 富田 靖
• 金额: $ 1.09万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12877132/
• 关键词: 色素異常症; オリゴアレイ法; マイクロアレイ法; SNP

遺伝性対側性色素異常症の病因遺伝子を明らかにするために、まずその遺伝子の座位の特定を試み、連鎖解析により座位の特定に成功した。つぎに病因遺伝子の候補領域を数cMの距離にまで絞り込んだが、近傍の組み換え情報を得られるDNAマーカーの数が不足していたため、原因遺伝子の特定までは至らなかった。このためオリゴアレイによる遺伝子プロファイリングを用いて、別方向からの病因遺伝子の推定を計画した。しかし、本研究中にゲノムプロジェクトにより、95%の遺伝子のドラフト配列が明らかにされ、また詳細な物理地図も作成され、公開された物理地図やドラフト配列から、有用なDNAマーカーが得られ、オリゴアレイによる発現解析よりも直接的に病因遺伝子を特定する事が可能となった。そのため、まずDNAマーカーと物理地図を用いて病因遺伝子座位の詳細な解析をまず行い、病因遺伝子を特定した後にオリゴアレイによる発現解析を行うことにした。したがって、まず遺伝性対側性色素異常症の3家系の家系構成員83人のうち、これまでの連鎖解析とハプロタイプ解析から、候補領域を狭めるのに有効な組み換え情報が得られると考えられる17人を対象に、データベースから得られた配列に基づいてマーカーを作成し、疾患とマーカーとの組み替えの有無を調べた。その結果、数cMの候補領域は、物理的距離にして約12Mbに及ぶ事が解かった。その後さらにデータベースの配列から作製したマーカーおよび、患者家系の候補領域の遺伝子において、我々が発見したSNPを用いて、ハプロタイプ解析を行ったところ、候補領域を約3Mbに絞り込むことができた。現在、この候補領域で疾患と関連ありそうな遺伝子の変異を解析中である。

Genetic linkage analysis of genetic causes of dyschromatosis The number of candidate fields for the cause gene is insufficient, and the number of candidate fields for the cause gene is insufficient. This is the first time that a patient has been diagnosed as a disease. In this study, 95% of the gene sequences must be clearly identified, physically detailed, and publicly available, useful DNA sequences must be identified, and direct etiological gene sequences must be identified. A detailed analysis of pathogenic gene loci in the physical environment, a detailed analysis of pathogenic gene loci in the physical environment, and a detailed analysis of genetic loci in the physical environment. The genetic linkage analysis and candidate domain analysis of 83 members of 3 families with dyscrasia were performed on 17 individuals. The result is that the number of candidate fields is about 12Mb, and the physical distance is about 12Mb. The list of candidates in the patient's family is about 3Mb. Now, this candidate field

项目成果

Muro et al: "Spectrum of autoantibodies against a dynamin-related protein, Dymple."Arthritis & Rheumatism. 43. 1516-1519 (2000)

Muro 等人：“针对动力相关蛋白 Dymple 的自身抗体谱。”关节炎

Tomita et al.: "Mollecular basis of congenital hypopigmentary cusorders in human and oculocutaneous albinism 1 in Japan."Pigmen Cell Res.. Suppl 8. 130-134 (2000)

Tomita 等人：“日本人类和眼皮肤白化病 1 中先天性色素减退症的分子基础。”Pigmen Cell Res.. Suppl 8. 130-134 (2000)

Kono et al: "Exclusion of linkage between dyschromatosis symetrica hereditaria and chromosome 9."J Dermatol Sci. 22. 88-95 (2000)

Kono 等人：“排除遗传性对称性色素异常与 9 号染色体之间的联系。”J Dermatol Sci。

Watanabe et al: "Corneal infection of herpes simplex virus type 2-induced neuronal apoptosis in the brain stem of mice with……"Acta Neuropathol. 100. 647-653 (2000)

Watanabe 等人：“2 型单纯疱疹病毒的角膜感染诱导小鼠脑干神经细胞凋亡……”Acta Neuropathol。100. 647-653 (2000)

Watanabe et al: "Identification of nuclear export signal in UL37 protein of herpes simplex virus type 2."Biochem Biophys Res Commun. 276. 1248-1254 (2000)

Watanabe 等人：“2 型单纯疱疹病毒 UL37 蛋白中核输出信号的鉴定。”Biochem Biophys Res Commun。