インプリント制御領域へのゲノムワイド的アプローチ

印记控制区域的全基因组方法

• 批准号: 01J05614
• 负责人: 山田 洋一
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: Kanazawa University (2002)The University of Tokyo (2001)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01J05614/
• 关键词: ヒト21番染色体; DMR; CpG island; HpaII-McrBC PCR法

由来する親の性に依存して一方のアレルのみが発現するインプリント遺伝子の近傍には、アレル特異的にメチル化されるゲノム領域(DMR)が存在し、インプリンティングの成立維持への関与が示唆されている。これらDMRはCpGアイランド(CGI)様の配列でしかも縦列反復構造をとるという特徴がある。通常CGIは遺伝子のプロモーター近傍に存在しメチル化を免れているが、その例外がDMRと不活化X染色体上のCGIであり、これらはメチル化アレルと非メチル化アレルの混在型(CMI)を示す。したがって情報学的にCGIを網羅するための完全なゲノム配列とCMIを検出する簡便な方法があればインプリント遺伝子を効率的に同定できる可能性が高い。そこで、我々はこのアプローチの有効性を検証する目的で、配列情報が最も正確であるヒト21番染色体長腕部から情報学的に抽出したCGIに関して、独自に考案したHapll-McrBC PCR法を用いてそれらの末梢血細胞中でのメチル化状態を網羅的に検討した。一定基準で選択された同染色体上のCGIのほぼ全体にあたる149個を解析したところ、完全にメチル化されたものが31個、CMIが7個、どのアレルも部分的にメチル化されたものが8個で、残りはメチル化されていないことが分かった。更に、CMI7個のうちテロメア領域由来の3個については、多型を利用してメチル化のアレル特異性を検討した。その結果、2つは母親由来のアレルのみが選択的にメチル化を受けるが、残る1つに関しては「どちらか一方のアレルが必ずメチル化されるが、そのアレルが由来する親の性は個体によって異なる」という新奇なパターンを示すことが明らかになった。

The origin of the relationship depends on the existence of a party's lost territory, and the existence of a party's lost territory. The DMR is composed of CpG and CGI. Usually CGI is a gene that exists near the chromosome, but not in the region of the chromosome. The exception is DMR, CGI on the inactive X chromosome, and CMI. A simple method for identifying the complete set of CGI in informatics is highly likely. For the purpose of effective detection, we used the Hapll-McrBC PCR method to detect the detection status of peripheral blood cells. There were 149 CGI fragments on the same chromosome, 31 fragments on the same chromosome, 7 fragments on the same chromosome, 8 fragments on the same chromosome, and 8 fragments on the same chromosome. In addition, CMI7 kinds of The result is that the mother's origin is lost, the selection is lost, and the relationship is lost. The parent's origin is lost, the selection is lost, and the relationship is lost.