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tRNAのアンチコドンゆらぎ塩基への硫黄・セレン挿入機構

tRNAのアンチコドンゆらぎ塩基への硫黄・セレン挿入機構
硫和硒插入 tRNA 反密码子摆动碱基的机制
批准号:
15780070
负责人:
三原 久明
金额:
$2.37万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份:
2003
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2003 至 2005

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
tRNAの修飾塩基である5-メチルアミノメチル-2-チオウリジン(mnm^5s^2U)は、tRNAのアンチコドンのゆらぎ塩基に特異的に存在し、アミノアシル化およびリボソーム上での翻訳の効率化にとって重要な役割を担っている。本研究ではmnm^5s^2Uとその誘導体である5-メチルアミノメチル-2-セレノウリジン(mnm^5se^2U)の生合成に関与するシステインデスルフラーゼとセレノリン酸シンテターゼ、tRNA硫黄転移酵素(MnmA)の機能解析を目的とした。(1)2-チオ化活性未修飾tRNA^<Lys>を、IscS、野生型および変異型MnmA、[^<35>S]-L-システイン、MgATP、ジチオスレイトール(DTT)とともにインキュベーションし、ホスフォイメージャーを用いて^<35>Sで標識されたtRNAを検出した。その結果、D17A、C102A、C199Aを用いた反応では^<35>S標識tRNAは生成されず、Asp17、Cys102、Cys199がMnmAの酵素活性にとって重要な残基であることが明らかとなった。(2)IscSからMnmAへの硫黄転移反応^<35>S標識ペルスルフィド型IscSを野生型および変異型MnmAとインキュベーションし、PAGEで分離後、ホスフォイメージャーを用いて^<35>S標識MnmAを検出した。その結果、野生型酵素およびC199Aと比較して、C102Aに転移した硫黄の量は著しく少ないことが明らかとなった。この結果より、Cys102がペルスルフィド型IscSから硫黄を受け取る残基であると考えられた。(3)AMP生成反応本酵素反応により生成するATP分解産物を、HPLCを用いて分析した。野生型MnmAをMgATPのみとインキュベーションした場合と比べて、この反応液にtRNA、IscS、L-システインを添加した場合にAMPの生成量が著しく増加した。このことは、本酵素反応において、tRNAがアデニル化される可能性を示唆している。以上の結果より、以下のような反応機構が考えられた。ペルスルフィド型IscSの硫黄はMnmAのCys102に転移する。一方で、MnmAはATPを用いてtRNAの34番目のウリジンの2位の酸素をアデニル化により活性化する。Cys102上のペルスルフィドの硫黄、または遊離した硫黄がピリミジン環の2位炭素を求核攻撃してAMPが遊離し、最終的にs^2Uが生成する。
英文摘要
tRNAの修飾塩基である5-メチルアミノメチル-2-チオウリジン(mnm^5s^2U)は、tRNAのアンチコドンのゆらぎ塩基に特異的に存在し、アミノアシル化およびリボソーム上での翻訳の効率化にとって重要な役割を担っている。本研究ではmnm^5s^2Uとその誘導体である5-メチルアミノメチル-2-セレノウリジン(mnm^5se^2U)の生合成に関与するシステインデスルフラーゼとセレノリン酸シンテターゼ、tRNA硫黄転移酵素(MnmA)の機能解析を目的とした。(1)2-チオ化活性未修飾tRNA^<Lys>を、IscS、野生型および変異型MnmA、[^<35>S]-L-システイン、MgATP、ジチオスレイトール(DTT)とともにインキュベーションし、ホスフォイメージャーを用いて^<35>Sで標識されたtRNAを検出した。その結果、D17A、C102A、C199Aを用いた反応では^<35>S標識tRNAは生成されず、Asp17、Cys102、Cys199がMnmAの酵素活性にとって重要な残基であることが明らかとなった。(2)IscSからMnmAへの硫黄転移反応^<35>S標識ペルスルフィド型IscSを野生型および変異型MnmAとインキュベーションし、PAGEで分離後、ホスフォイメージャーを用いて^<35>S標識MnmAを検出した。その結果、野生型酵素およびC199Aと比較して、C102Aに転移した硫黄の量は著しく少ないことが明らかとなった。この結果より、Cys102がペルスルフィド型IscSから硫黄を受け取る残基であると考えられた。(3)AMP生成反応本酵素反応により生成するATP分解産物を、HPLCを用いて分析した。野生型MnmAをMgATPのみとインキュベーションした場合と比べて、この反応液にtRNA、IscS、L-システインを添加した場合にAMPの生成量が著しく増加した。このことは、本酵素反応において、tRNAがアデニル化される可能性を示唆している。以上の結果より、以下のような反応機構が考えられた。ペルスルフィド型IscSの硫黄はMnmAのCys102に転移する。一方で、MnmAはATPを用いてtRNAの34番目のウリジンの2位の酸素をアデニル化により活性化する。Cys102上のペルスルフィドの硫黄、または遊離した硫黄がピリミジン環の2位炭素を求核攻撃してAMPが遊離し、最終的にs^2Uが生成する。
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会议论文
N-Methyl-L-amino acid dehydrogenase from Pseudomonas putida.A novel member of an unusual NAD(P)-dependent oxidoreductase superfamily
来自恶臭假单胞菌的 N-甲基-L-氨基酸脱氢酶。不寻常的 NAD(P) 依赖性氧化还原酶超家族的新成员
DOI: --
发表时间: 2005
期刊: FEBS J. 272・5
影响因子: --
作者: [Mihara, Hisaaki et al.]
通讯作者: Hisaaki et al.
N-Methyl-L-amino acid dehydrogenase from Pseudomonas putida, a novel member of unusual NAD(P)-dependent oxidoreductase superfamily
来自恶臭假单胞菌的 N-甲基-L-氨基酸脱氢酶,是不寻常的 NAD(P) 依赖性氧化还原酶超家族的新成员
DOI: --
发表时间: 2005
期刊: FEBS J 272・5
影响因子: --
作者: [Mihara, H]
通讯作者: H
Kurihara, T: "Assembly of Iron-Sulfur Clusters Mediated by Cysteine Desulfurases, IscS, CsdB and CSD, from Escherichia coli"Biochem.Biophys.Acta-PROTEINS PROTEOM.. 1647・1-2. 303-309 (2003)
Kurihara, T:“来自大肠杆菌的半胱氨酸脱硫酶、IscS、CsdB 和 CSD 介导的铁硫簇的组装”Biochem.Biophys.Acta-PROTEINS PROTEOM.. 1647・1-309 (2003)。
DOI: --
发表时间:
期刊:
影响因子: --
作者: []
通讯作者:
Crystal structures of Δ^1-piperideine-2-carboxylate/Δ^1-pyrroline-2-carboxylate reductase belonging to a new family of NAD(P)H- dependent oxidoreductases
属于 NAD(P)H 依赖性氧化还原酶新家族的 Δ^1-哌啶-2-羧酸盐/Δ^1-吡咯啉-2-羧酸盐还原酶的晶体结构
DOI: --
发表时间: 2005
期刊: J.Biol.Chem. 280(49)
影响因子: --
作者: [M.Goto, H.Muramatsu, H.Mihara, T.Kurihara, N.Esaki, R.Omi, I.Miyahara, K.Hirotsu]
通讯作者: K.Hirotsu
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    細菌における元素状硫黄呼吸の分子メカニズム
    • 批准号:
      24K01674
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额:
      $11.81万
    • 财政年份:
      2024
    • 负责人:
      三原 久明
    • 依托单位:
    セレンタンパク質の革新的生産プラットフォームの開発
    • 批准号:
      22K19163
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
    • 资助金额:
      $4.16万
    • 财政年份:
      2022
    • 负责人:
      三原 久明
    • 依托单位:
    必須微量元素セレン特異的原子認識機構とセレンタンパク質生合成装置の解明
    • 批准号:
      18780073
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
    • 资助金额:
      $2.3万
    • 财政年份:
      2006
    • 负责人:
      三原 久明
    • 依托单位:
    鉄の輸送に関与するsuf遺伝子領域およびSufタンパク質群の機能解析
    • 批准号:
      13760069
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
    • 资助金额:
      $1.54万
    • 财政年份:
      2001
    • 负责人:
      三原 久明
    • 依托单位:
    海外基金