课题基金 / 基金详情

脱塩基オリゴDNAを用いた一塩基置換のSPR検出

脱塩基オリゴDNAを用いた一塩基置換のSPR検出
使用无碱基寡聚 DNA 进行单碱基取代的 SPR 检测
批准号：
05F05393
负责人：
寺前 紀夫
金额：
$1.54万
依托单位：
Tohoku University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2005
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2005 至 2007
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-05F05393/
关键词：
遺伝子分析SNPs脱塩基蛍光リガンド一塩基多型検出脱塩基部位表面プラズモン共鳴DNA脱塩基オリゴDNA水素結合性リガンド蛍光性リガンド

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
DNA鎖中で一つの塩基が他の塩基で置換される一塩基多型(SNPs)は、薬剤耐性や病気の罹りやすさの指標となることから、迅速・簡易・廉価・正確なSNPsの検出法の開発は、ポストゲノム時代における遺伝情報を利用したテーラーメイド医療の実現に向けて極めて重要である。従来法ではDNAやRNAへの蛍光ラベル化が必要であったり、完全相補DNAとそうでないものとの識別に精密な温度調整が必要などの煩雑さがあった。これに対し、本研究では、脱塩基含有DNAをプローブとし、標的DNAと二重鎖を形成させて脱塩基空間を作り、この空間に核酸塩基認識能を持つ蛍光性小分子をとりこませ、蛍光変化を検出することでSNPsを判定する方法を検討した。脱塩基を含有する23-merのオリゴDNA二重鎖に対して6,7-dimethyllumazineとの1:1の錯生成を仮定すると、解離定数(Kd)はA,T,G,Cに対してそれぞれ、1μM,77μM,312μM,588μMであり、従来達成されなかったアデニン選択的リガンドを新たに見いだすことができた。また、アデニンに関連するSNPs検出の可能性を検討するため、脱塩基空間に隣接する塩基の種類による蛍光応答特性を23-merのオリゴDNAを用いて評価した。その結果、脱塩基空間に隣接する5'位側にある塩基がプリン塩基(G or A)の場合に著しい蛍光消光が見られるが5'位側がピリミジン塩基(C or T)の場合には顕著な消光応答は得られなかった。このことは、蛍光消光にスタッキング効果が寄与していることを示唆するものである。以上、6,7-dimethyllumazineを用いてアデニンに関するSNPsを選択的に検出できることに成功した。
英文摘要
DNA鎖中で一つの塩基が他の塩基で置換される一塩基多型(SNPs)は、薬剤耐性や病気の罹りやすさの指標となることから、迅速・簡易・廉価・正確なSNPsの検出法の開発は、ポストゲノム時代における遺伝情報を利用したテーラーメイド医療の実現に向けて極めて重要である。従来法ではDNAやRNAへの蛍光ラベル化が必要であったり、完全相補DNAとそうでないものとの識別に精密な温度調整が必要などの煩雑さがあった。これに対し、本研究では、脱塩基含有DNAをプローブとし、標的DNAと二重鎖を形成させて脱塩基空間を作り、この空間に核酸塩基認識能を持つ蛍光性小分子をとりこませ、蛍光変化を検出することでSNPsを判定する方法を検討した。脱塩基を含有する23-merのオリゴDNA二重鎖に対して6,7-dimethyllumazineとの1:1の錯生成を仮定すると、解離定数(Kd)はA,T,G,Cに対してそれぞれ、1μM,77μM,312μM,588μMであり、従来達成されなかったアデニン選択的リガンドを新たに見いだすことができた。また、アデニンに関連するSNPs検出の可能性を検討するため、脱塩基空間に隣接する塩基の種類による蛍光応答特性を23-merのオリゴDNAを用いて評価した。その結果、脱塩基空間に隣接する5'位側にある塩基がプリン塩基(G or A)の場合に著しい蛍光消光が見られるが5'位側がピリミジン塩基(C or T)の場合には顕著な消光応答は得られなかった。このことは、蛍光消光にスタッキング効果が寄与していることを示唆するものである。以上、6,7-dimethyllumazineを用いてアデニンに関するSNPsを選択的に検出できることに成功した。
期刊论文(0)
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会议论文
RNA非翻訳領域を標的とする核酸検出リガンドの創製と機能性RNA研究への応用
  • 批准号：
    22245010
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
  • 资助金额：
    $10.48万
  • 财政年份：
    2010
  • 负责人：
    寺前 紀夫
  • 依托单位：
    Tohoku University
アプタマー含有メソポーラス材料を用いたバイオセンサーの開発
  • 批准号：
    10F00342
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $1.47万
  • 财政年份：
    2010
  • 负责人：
    寺前 紀夫
  • 依托单位：
    Tohoku University
生理活性物質の高選択的高感度検出用電気化学バイオセンサーの開発
  • 批准号：
    07F07057
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $1.41万
  • 财政年份：
    2007
  • 负责人：
    寺前 紀夫
  • 依托单位：
    Tohoku University
脱塩基オリゴDNAを用いた表面プラズモン共鳴による一塩基多型検出
  • 批准号：
    06F06075
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $1.54万
  • 财政年份：
    2006
  • 负责人：
    寺前 紀夫
  • 依托单位：
    Tohoku University
国内基金
海外基金
尼罗罗非鱼SIRT1通过去乙酰化SREBP1调控脂肪酸从头合成缓解脂肪沉积的作用机制及其启动子SNPs介导的遗传调控效应
基于特异性SNPs标记技术测定湘西黄牛杂交优势研究
  • 批准号：
    2025JJ70498
  • 项目类别：
    省市级项目
  • 资助金额：
    --
  • 批准年份：
    2025
  • 负责人：
    郭青春
  • 依托单位：
    怀化职业技术学院
基于CpGs-SNPs微单倍型新型遗传标记的多策略混合检材精准鉴识
  • 批准号：
    82402198
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    30.00万元
  • 批准年份：
    2024
  • 负责人：
    方雅婷
  • 依托单位：
    安徽医科大学
EDN1基因启动子区CpG-SNPs及DNA甲基化与细毛羊毛品质性状的相关性研究