脱塩基オリゴDNAを用いた一塩基置換のSPR検出

使用无碱基寡聚 DNA 进行单碱基取代的 SPR 检测

• 批准号: 05F05393
• 负责人: 寺前 紀夫
• 金额: $ 1.54万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-05F05393/
• 关键词: 遺伝子分析; SNPs; 脱塩基; 蛍光; リガンド; 一塩基多型; 検出; 脱塩基部位; 表面プラズモン共鳴; DNA; 脱塩基オリゴDNA; 水素結合性リガンド; 蛍光性リガンド

DNA鎖中で一つの塩基が他の塩基で置換される一塩基多型(SNPs)は、薬剤耐性や病気の罹りやすさの指標となることから、迅速・簡易・廉価・正確なSNPsの検出法の開発は、ポストゲノム時代における遺伝情報を利用したテーラーメイド医療の実現に向けて極めて重要である。従来法ではDNAやRNAへの蛍光ラベル化が必要であったり、完全相補DNAとそうでないものとの識別に精密な温度調整が必要などの煩雑さがあった。これに対し、本研究では、脱塩基含有DNAをプローブとし、標的DNAと二重鎖を形成させて脱塩基空間を作り、この空間に核酸塩基認識能を持つ蛍光性小分子をとりこませ、蛍光変化を検出することでSNPsを判定する方法を検討した。脱塩基を含有する23-merのオリゴDNA二重鎖に対して6,7-dimethyllumazineとの1:1の錯生成を仮定すると、解離定数(Kd)はA,T,G,Cに対してそれぞれ、1μM,77μM,312μM,588μMであり、従来達成されなかったアデニン選択的リガンドを新たに見いだすことができた。また、アデニンに関連するSNPs検出の可能性を検討するため、脱塩基空間に隣接する塩基の種類による蛍光応答特性を23-merのオリゴDNAを用いて評価した。その結果、脱塩基空間に隣接する5'位側にある塩基がプリン塩基(G or A)の場合に著しい蛍光消光が見られるが5'位側がピリミジン塩基(C or T)の場合には顕著な消光応答は得られなかった。このことは、蛍光消光にスタッキング効果が寄与していることを示唆するものである。以上、6,7-dimethyllumazineを用いてアデニンに関するSNPsを選択的に検出できることに成功した。

DNA in the lock で つ の salt base が he の salt base で replacement さ れ る a salt Quito (SNPs) は, 薬 tonic patience や disease 気 の who り や す さ の index と な る こ と か ら, rapid, simple, inexpensive 価 right な SNPs の 検 out method の open 発 は, ポ ス ト ゲ ノ ム era に お け る heritage 伝 intelligence を using し た テ ー ラ ー メ イ ド medical の け be に now Youdaoplaceholder0 is extremely めて important である. 従 to method で は DNA や RNA へ の 蛍 light ラ ベ ル change が necessary で あ っ た り, completely repair DNA と そ う で な い も の と の recognition に precise temperature adjustment が な necessary な ど の vexed 雑 さ が あ っ た. こ れ に し polices, this study で は, take off the salt containing DNA を プ ロ ー ブ と と し, target DNA double lock を form さ せ て salt off base space を り, こ の space に nucleic acid salt can knowledge base を hold つ 蛍 optical small molecule を と り こ ま せ, 蛍 light - を 検 out す る こ と で SNPs を determine す る method を beg し 検 た. To take off the salt base containing を す る 23 - killing の オ リ ゴ DNA double lock に し seaborne て 6, 7 - dimethyllumazine と の 1:1 の fault generated を 仮 set す る と, dissociation constant (Kd) は A, T, G, C に し seaborne て そ れ ぞ れ, 1 mu M, 77 microns, 312 microns, 588 mu M で あ り, 従 to achieve さ れ な Youdaoplaceholder2 ったアデニ リガ choose 択 for リガ ドを ドを new たに see だす だす だす とがで た た た ま た, ア デ ニ ン に masato even す る SNPs 検 possibility out の を beg す 検 る た め, take off the salt base space に 隣 meet す る salt base の kinds に よ る 蛍 light 応 23 - killing a characteristic を の オ リ ゴ を DNA with い て review 価 し た. そ の results, take off the salt base space に 隣 meet す る 5 'side に あ る salt base が プ リ ン salt base (G/A) に の occasions the し い 蛍 light extinction が see ら れ る が 5' side が ピ リ ミ ジ ン salt base (C/T) の occasions に は 顕 to answer な extinction 応 は ら れ な か っ た. こ の こ と は 蛍 light extinction に ス タ ッ キ ン グ unseen fruit が send し て い る こ と を in stopping す る も の で あ る. Above, 6, 7 - dimethyllumazine を with い て ア デ ニ ン に masato す る SNPs を sentaku of に 検 out で き る こ と に successful し た.